این دستور داده است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
dan - دمای ذوب اسید نوکلئیک را محاسبه می کند
خلاصه
دان -توالی seqall -اندازه پنجره عدد صحیح -افزایش شیفت عدد صحیح -dnaconc شناور
-کنک نمک شناور [-تولید - محصول تغییر وضعیت] - فرمامید شناور -عدم تطابق شناور -پردلن عدد صحیح
[حرارتی تغییر وضعیت] -درجه حرارت شناور -rna بولی -طرح تغییر وضعیت -mintemp شناور
-گراف Xygraph -outfile گزارش
دان -کمک
شرح
دان یک برنامه خط فرمان از EMBOSS («نرم‌افزار باز زیست‌شناسی مولکولی اروپا» است
سوئیت»). این بخشی از گروه(های) فرمان "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
ضروری بخش
-اندازه پنجره عدد صحیح
مقادیر نقطه ذوب و سایر خواص ترمودینامیکی دنباله عبارتند از
با گرفتن طول کوتاهی از دنباله معروف به پنجره و تعیین مقدار تعیین می شود
ویژگی های دنباله در آن پنجره پنجره به صورت تدریجی در امتداد حرکت می کند
دنباله ای با خواصی که در هر موقعیت جدید محاسبه می شود. مقدار پیش فرض: 20
-افزایش شیفت عدد صحیح
این مقداری است که با آن پنجره در هر افزایش به منظور یافتن حرکت داده می شود
نقطه ذوب و سایر خواص در طول توالی. مقدار پیش فرض: 1
-dnaconc شناور
مقدار پیش فرض: 50.
-کنک نمک شناور
مقدار پیش فرض: 50.
اضافی بخش
محصول گزینه های
-تولید - محصول تغییر وضعیت
این امر باعث می شود که درصد فرمامید، درصد عدم تطابق مجاز و طول محصول وجود داشته باشد.
- فرمامید شناور
این درصد فرمامید مورد استفاده در محاسبات را مشخص می کند (مگر اینکه نادیده گرفته شود
- محصول استفاده می شود). مقدار پیش فرض: 0.
-عدم تطابق شناور
این درصد عدم تطابق مورد استفاده در محاسبات را مشخص می کند (مگر اینکه نادیده گرفته شود
- محصول استفاده می شود). مقدار پیش فرض: 0.
-پردلن عدد صحیح
این طول محصول مورد استفاده در محاسبات را مشخص می کند (مگر اینکه نادیده گرفته شود
- محصول استفاده می شود). مقدار پیش فرض: $(اندازه پنجره)
ترمودینامیک گزینه های
حرارتی تغییر وضعیت
خروجی مقادیر DeltaG، DeltaH و DeltaS پنجره های دنباله به داده های خروجی
فایل.
-درجه حرارت شناور
اگر -thermo مشخص شده باشد، این درجه حرارت را مشخص می کند
مقادیر DeltaG، DeltaH و DeltaS را محاسبه کنید. مقدار پیش فرض: 25.
فناوری بخش
-rna بولی
این مشخص می کند که توالی یک توالی RNA است نه یک توالی DNA.
تولید بخش
-طرح تغییر وضعیت
اگر این مشخص نشده باشد، فایل داده های خروجی تولید می شود، در غیر این صورت نموداری از آن تولید می شود
نقطه ذوب در طول توالی تولید می شود.
-mintemp شناور
حداقل مقدار را برای مقیاس دمایی (محور y) طرح وارد کنید. مقدار پیش فرض:
55.
-گراف Xygraph
-outfile گزارش
اگر نمودار تولید نمی شود، داده های مربوط به نقطه ذوب و غیره در هر پنجره
در امتداد دنباله به فایل خروجی می شود.
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از Dan استفاده کنید
