extractfeate - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

Extractfeat - استخراج ویژگی ها از دنباله(های)

خلاصه

استخراج شکست -توالی seqall [-قبل از عدد صحیح] [-بعد از عدد صحیح] [منبع رشته]
[نوع رشته] [-احساس، مفهوم عدد صحیح] [-مین امتیاز شناور] [-حداکثر امتیاز شناور]
[-تگ رشته] [-ارزش رشته] [-پیوستن بولی] [-featinname بولی]
[-توصیف کردن رشته] -بیرون دنباله رو

استخراج شکست -کمک

شرح

استخراج شکست یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "ویرایش، جداول ویژگی" است.

OPTIONS

ورودی بخش
-توالی seqall

اضافی بخش
-قبل از عدد صحیح
اگر این مقدار بزرگتر از 0 باشد، آن تعداد پایه یا باقیمانده قبل از
ویژگی در دنباله استخراج شده گنجانده شده است. این به شما امکان می دهد تا زمینه را دریافت کنید
ویژگی اگر این مقدار منفی باشد، شروع دنباله استخراج شده خواهد بود
این تعداد پایه / باقیمانده قبل از پایان ویژگی باشد. بنابراین مقدار '10'
استخراج 10 باز / باقیمانده را قبل از شروع دنباله آغاز می کند و الف
مقدار '-10' استخراج 10 پایه/باقی مانده را قبل از پایان دوره آغاز می کند
ویژگی. دنباله خروجی با نویسه های 'N' یا 'X' در صورت دنباله پر می شود
پس از شروع لازم استخراج شروع می شود.

-بعد از عدد صحیح
اگر این مقدار بزرگتر از 0 باشد، آن تعداد پایه یا باقیمانده بعد از
ویژگی در دنباله استخراج شده گنجانده شده است. این به شما امکان می دهد تا زمینه را دریافت کنید
ویژگی اگر این مقدار منفی باشد، انتهای دنباله استخراج شده خواهد بود
این تعداد پایه / باقی مانده پس از شروع ویژگی. بنابراین مقدار '10' خواهد بود
پایان استخراج 10 پایه / باقی مانده پس از پایان دنباله، و مقدار
'-10' پس از شروع ویژگی، استخراج 10 پایه/پسماند را پایان می دهد. در
دنباله خروجی با نویسه های 'N' یا 'X' پر می شود اگر دنباله قبل از آن به پایان برسد
پایان مورد نیاز استخراج

منبع رشته
به طور پیش فرض هر منبع ویژگی در جدول ویژگی نشان داده شده است. شما می توانید این را برای مطابقت تنظیم کنید
هر منبع ویژگی که می خواهید نشان دهید. نام منبع معمولاً یا نام آن است
برنامه ای که ویژگی را شناسایی کرده است یا جدول ویژگی ها (به عنوان مثال: EMBL) است
ویژگی از منبع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید بیشتر نشان دهید
بیش از یک منبع، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: ژن* | embl پیش فرض
ارزش: *

نوع رشته
به طور پیش فرض هر ویژگی در جدول ویژگی ها استخراج می شود. شما می توانید این را به هر نوع تنظیم کنید
نوع ویژگی که می خواهید استخراج کنید. دیدن http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ برای فهرستی از
ویژگی EMBL را تایپ کنید و راهنمای کاربر Uniprot را در اینجا ببینید
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation برای لیستی از ویژگی Uniprot
انواع این نوع ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. اگر می خواهید بیش از یک مورد استخراج کنید
تایپ کنید، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: *UTR | اینترون مقدار پیش فرض: *

-احساس، مفهوم عدد صحیح
به طور پیش فرض هر نوع ویژگی در جدول ویژگی ها استخراج می شود. می توانید این را تنظیم کنید
با هر حس ویژگی که می خواهید مطابقت دهید. 0 - هر حس، 1 - حس رو به جلو، -1 - حس معکوس

-مین امتیاز شناور
حداقل امتیاز ویژگی برای استخراج (همچنین به حداکثر امتیاز مراجعه کنید) مقدار پیش فرض: 0.0

-حداکثر امتیاز شناور
حداکثر امتیاز ویژگی برای استخراج. اگر حداقل امتیاز و حداکثر امتیاز صفر باشند (
پیش فرض)، سپس هر نمره نادیده گرفته می شود مقدار پیش فرض: 0.0

-تگ رشته
برچسب ها انواع مقادیر اضافی هستند که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. به عنوان مثال در EMBL
جدول ویژگی، یک نوع ویژگی «CDS» ممکن است دارای برچسب‌های «/codon»، «/codon_start» باشد،
'/db_xref'، '/EC_number'، '/Evidence'، '/exception'، '/function'، '/gene'، '/label'،
'/map'، '/note'، '/number'، '/جزئی'، '/product'، '/protein_id'، '/شبه'،
'/standard_name'، '/translation'، '/transl_except'، '/transl_table' یا '/usedin'.
برخی از این تگ ها مقادیری نیز دارند، برای مثال '/gene' می تواند مقدار the را داشته باشد
نام ژن به طور پیش فرض هر تگ ویژگی در جدول ویژگی ها استخراج می شود. می توانید تنظیم کنید
این برای مطابقت با هر برچسب ویژگی که می خواهید نشان دهید. برچسب ممکن است با استفاده از حروف اضافه شود
'*'. اگر می خواهید بیش از یک تگ استخراج کنید، نام آنها را با کاراکتر جدا کنید
'|'، به عنوان مثال: ژن | برچسب مقدار پیش فرض: *

-ارزش رشته
مقادیر تگ مقادیر مرتبط با تگ ویژگی هستند. برچسب ها انواع اضافی هستند
مقادیری که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. برای مثال در جدول ویژگی EMBL، یک نوع CDS از
ویژگی ممکن است دارای برچسب‌های '/codon'، '/codon_start'، '/db_xref'، '/EC_number'،
'/شواهد'، '/ استثنا'، '/تابع'، '/ژن'، '/برچسب'، '/نقشه'، '/توجه'، '/شماره'،
'/جزئی'، '/محصول'، '/protein_id'، '/شبه'، '/نام_استاندارد'، '/ترجمه'،
'/transl_except'، '/transl_table'، یا '/usedin'. فقط برخی از این برچسب ها می توانند داشته باشند
مقادیر، به عنوان مثال '/gene' می تواند مقدار نام ژن را داشته باشد. به طور پیش فرض هر
مقدار تگ ویژگی در جدول ویژگی نشان داده شده است. شما می توانید این را برای مطابقت با هر ویژگی تنظیم کنید
مقدار برچسبی که می خواهید نشان دهید مقدار تگ ممکن است با استفاده از "*" علامت گذاری شود. در صورت تمایل
برای نشان دادن بیش از یک مقدار تگ، نام آنها را با فاصله یا کاراکتر جدا کنید
'|'، به عنوان مثال: pax* | 10 مقدار پیش فرض: *

تولید بخش
-پیوستن بولی
برخی از ویژگی ها مانند CDS (توالی کد کننده) و mRNA از اینترون ها تشکیل شده اند
به هم چسبیده بسته به نوع، ممکن است اشکال دیگری از توالی «پیوسته» وجود داشته باشد
جدول ویژگی اگر این گزینه TRUE تنظیم شود، هر گروهی از این ویژگی ها خواهد بود
خروجی به صورت یک دنباله واحد اگر مقدمات «قبل» و «بعد» تنظیم شده باشد،
سپس فقط دنباله قبل از اولین ویژگی و بعد از آخرین ویژگی اضافه می شود.
مقدار پیش فرض: N

-featinname بولی
برای کمک به شما در شناسایی نوع ویژگی خروجی، نوع
ویژگی به ابتدای توضیحات توالی خروجی اضافه می شود. گاهی اوقات
توصیف یک دنباله در پردازش بعدی فایل توالی ها از بین می رود، بنابراین
مفید است که نوع بخشی از نام شناسه دنباله باشد. اگر این را تنظیم کنید
TRUE سپس نام به نام شناسه دنباله خروجی اضافه می شود. مقدار پیش فرض: N

-توصیف کردن رشته
برای کمک به شما در شناسایی برخی ویژگی های بیشتر یک ویژگی که خروجی شده است،
این به شما امکان می دهد یک یا چند نام تگ را مشخص کنید که باید به خروجی اضافه شود
توالی متن توضیحات، همراه با مقادیر آنها (در صورت وجود). به عنوان مثال، اگر این
به عنوان "ژن" تنظیم شده است، سپس اگر هر ویژگی خروجی دارای برچسب باشد (مثلا)
'/gene=BRCA1' مرتبط با آن است، سپس متن '(gene=BRCA1)' به
خط توضیحات. برچسب ها انواع مقادیر اضافی هستند که یک ویژگی ممکن است داشته باشد. برای
به عنوان مثال در جدول ویژگی EMBL، یک نوع ویژگی «CDS» ممکن است دارای برچسب‌های «/codon» باشد،
'/codon_start'، '/db_xref'، '/EC_number'، '/evidence'، '/exception'، '/function'،
'/gene'، '/label'، '/map'، '/note'، '/number'، '/جزئی'، '/product'، '/protein_id'،
'/شبه'، '/نام_استاندارد'، '/ترجمه'، '/transl_except'، '/transl_table'، یا
'/استفاده می شود'. برخی از این تگ ها مقادیری نیز دارند، به عنوان مثال '/gene' می تواند دارای مقدار باشد
از نام ژن به طور پیش فرض هیچ تگ ویژگی نمایش داده نمی شود. شما می توانید این را برای مطابقت تنظیم کنید
هر برچسب ویژگی که می خواهید نشان دهید. تگ ممکن است با استفاده از "*" حروف اضافه شود. در صورت تمایل
برای استخراج بیش از یک تگ، نام آنها را با کاراکتر '|' جدا کنید، به عنوان مثال: gene |
برچسب

-بیرون دنباله رو

با استفاده از خدمات onworks.net از extractfeate به صورت آنلاین استفاده کنید