این دستور gdcmimg است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gdcmimg - فایل تصویری DICOM را دستکاری کنید.
gdcmimg ابزاری در سطح پایین است که اجازه می دهد کپسوله کردن از/به تصویر DICOM انجام شود. این ابزار انجام می دهد
تبدیل Transfer Syntax را متوجه نمی شوید. داده های خام را همانطور که هست کپسوله می کند. این
در برخی موارد تاثیر دارد، هشدارهای ویژه را در زیر ببینید.
توجه به این نکته مهم است که gdcmimg فقط می تواند فایل ورودی مناسب را کپسوله کند، برای مثال
JPG و یا JP2 پذیرفته می شوند زیرا یک نحو انتقال DICOM مرتبط را می توان یافت.
با این حال ورودی هایی مانند TIFF و/یا PNG نیستند، زیرا DICOM از آنها پشتیبانی نمی کند. دیدن
در عوض ابزاری مانند gdcm2vtk.
خلاصه
gdcmimg [گزینه‌ها] فایل-in- file-out
شرح
La gdcmimg ابزار خط فرمان را می توان به دو صورت استفاده کرد:
· 1. تبدیل فرمت فایل شناسایی شده به همتای DICOM محصور شده آن،
· 2. ناشناس کردن یک بخش مستطیلی از یک فایل DICOM.
پارامترهای
نام فایل ورودی فایل (غیر DICOM)
فایل خروجی نام فایل خروجی DICOM
OPTIONS
-i --input نام فایل ورودی
-o --output نام فایل خروجی
خاص OPTIONS
--Endian %s Endianness (LSB/MSB).
-d --depth %d عمق (یا 8/16/32 یا BitsAllocated به عنوان مثال 12 زمانی که مشخص باشد).
--sign %s علامت پیکسل (0/1).
--spp %d نمونه در هر پیکسل (1/3).
-s --size %d،%d اندازه.
-C --sop-class-uid SOP کلاس UID (نام یا مقدار).
-T --study-uid مطالعه UID.
-S --series-uid سری UID.
--root-uid Root UID.
پر کنید OPTIONS
-R --region %d،%d منطقه.
-F --fill %d با مقدار پیکسل مشخص شده پر کنید.
عمومی OPTIONS
-h -- کمک
این متن راهنما را چاپ کنید و خارج شوید
-v -- نسخه
چاپ اطلاعات نسخه و خروج
-V -- پرحرف
حالت پرحرف (هشدار + خطا).
-W -- هشدار
حالت هشدار، اطلاعات هشدار چاپ
-E --خطا
حالت خطا، اطلاعات خطای چاپ
-D - اشکال زدایی
حالت اشکال زدایی، چاپ اطلاعات اشکال زدایی
محیط زیست متغیر
GDCM_ROOT_UID Root UID
پشتیبانی فایل FORMAT (مناسب فایل افزونه)
gdcmimg فرآیند تبدیل خود را بر اساس پسوند فایل پایه گذاری می کند. دنبال لیست از
پسوند فایل شناخته شده هنگامی که هیچ پسوندی یافت نشد، فایل DICOM فرض می شود.
فرمت ورودی
* خام (خام، راول، خاکستری، rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm، pnm، ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2، j2k، j2c، jpx، jpc)
* JPEG (jpg، jpeg، ljpg، ljpeg)
* DICOM ()
فرمت خروجی:
* PGM (pgm، pnm، ppm)
* DICOM ()
برای فرمت فایل RAW، باید مراقب گزینه –endian باشید. برای (قدیمی)
فرمت فایل JPEG، هر دو فرمت ضرر و زیان پشتیبانی می شوند، کاربر باید پرداخت کند
به گزینه –sign توجه کنید. برای فرمت فایل مانند RLE یا RAW، کاربر انتظار می رود
اطلاعات مورد نیاز برای یافتن ابعاد و نوع داده ورودی را پر کنید زیرا وجود ندارد
راه دیگری برای یافتن این اطلاعات برای تمام فرمت های فایل دیگر، ویژگی ها مشتق شده اند
از خود فرمت فایل
فایل PNM قرار است اندیان بزرگ باشد (برای عمق > 8 مهم است)
معمول طریقه استفاده
برداشتن a مستطیل بخش of la تصویر
برای پر کردن منطقه [0,100]x[0,100] یک تصویر DICOM به سادگی انجام دهید:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
هشدار: اگر Pixel Data فشرده شده باشد، ابتدا تصویر از حالت فشرده خارج می شود تا پیکسل
را می توان روی 0 تنظیم کرد، اما دوباره فشرده نمی شود.
تبدیل RAW به DICOM
پسوند شناسایی شده .raw، .rawl، .gray یا .rgb است (بدون حساس به حروف کوچک و بزرگ)
$ gdcmimg --اندازه 512,512 --عمق 16 -i input.raw -o output.dcm
تصویر یک عکس ثانویه خواهد بود.
وقتی ورودی 3 جزء است، باید به صراحت Samples Per Pixel را مشخص کرد:
$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm
هنگامی که نام فایل حاوی .rgb به عنوان خروجی پسوند فایل باشد به طور خودکار به عنوان شناخته می شود
RGB بدون نیاز به مشخص کردن –spp
$ gdcmimg --size 512,512 input.rgb output_rgb.dcm
شما می توانید با استفاده از dd خط cmd برای رد شدن از هر سرصفحه ای که می خواهید نادیده بگیرید، به عنوان مثال، اگر
شما می خواهید 108 بایت اول را رد کنید، به سادگی انجام دهید:
$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
پسوند raw و .rawl معادل هستند. شما باید به صراحت endianness را مشخص کنید
به صورت دستی:
$ gdcmimg -- MSB endian -- اندازه 512,512 -- عمق 16 -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --Endian LSB --اندازه 512,512 --عمق 16 -i input.raw -o output.dcm
تبدیل PGM/PNM/PPM به DICOM
پسوندهای شناسایی شده عبارتند از pgm.، pnm.، ppm. (بدون حساس به حروف کوچک و بزرگ)
$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm
تصویر یک عکس ثانویه خواهد بود
تبدیل RLE به DICOM
پسوند شناسایی شده .rle است (بدون حساسیت به حروف کوچک و بزرگ)
$ gdcmimg -- اندازه 512,512 -- عمق 16 -i input.rle -o output.dcm
تصویر یک عکس ثانویه خواهد بود
تبدیل JPEG به DICOM
پسوندهای شناسایی شده عبارتند از .jpg، .jpeg، .ljpg، .ljpeg (بدون حساس به حروف کوچک و بزرگ)
$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm
تصویر یک عکس ثانویه خواهد بود
تبدیل J2K به DICOM
پسوندهای شناسایی شده عبارتند از .j2k، .jp2، .jpc، jpx، j2c (بدون حساس به حروف کوچک و بزرگ)
$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm
تصویر یک عکس ثانویه خواهد بود.
تمام اطلاعات پیکسل (بیت‌های ذخیره‌شده/تخصیص‌شده...) از خود تصویر مشتق می‌شوند،
و نه از گزینه های خط فرمان.
تعیین a SOP طبقه UID
به جای ذخیره‌سازی تصویر ثانویه پیش‌فرض، ممکن است بخواهید مثلاً VL را مشخص کنید
ذخیره سازی عکس عکاسی
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg خروجی.dcm
چند برابر فایل ها
gdcmimg مجموعه ای از فایل ها را به خوبی مدیریت می کند (به عنوان مثال jpeg):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg خروجی.dcm
مهم است که یک کلاس SOP را مشخص کنید که از تصاویر چند فریمی پشتیبانی می کند
gdcmimg شکست خواهد خورد.
استارت انحراف
در برخی موارد، ممکن است کسی بخواهد از یک حجم دلخواه (مثلاً سه بعدی) یک برش دو بعدی ایجاد کند. که در
که -offset مفید می شود:
$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775. raw slice_1770.dcm
هشدار
چند مشکل در پیاده سازی gdcmimg وجود دارد:
برای فایل RAW، باید توجه داشت که هنگام استفاده از –endian MSB، Pixel Data خواهد بود
همانطور که هست محصور شده است (gdcmimg لمس نمی کند). بنابراین تنها نحو انتقال ممکن است
در دسترس است ضمنی VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM این خصوصی را مدیریت می کند
نحو انتقال بنابراین اگر نیاز دارید که این Transfer Syntax را به دیگری تبدیل کنید (و اجازه دهید
دستکاری داده های پیکسل)، می توانید از موارد زیر استفاده کنید:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
برای فایل JFIF و فایل JP2 (با هدر)، سرصفحه در عنصر Pixel Data کپی می‌شود.
که برای JP2 غیرقانونی است. از gdcmconv برای رمزگذاری مجدد صحیح فایل JP2/JFIF در J2K/JPG استفاده کنید.
$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm
برای فایل RLE، هیچ بررسی برای عبور از مرز ردیف انجام نمی شود. استفاده از آن توصیه می شود
gdcmconv –rle برای رمزگذاری مجدد در یک فایل RLE مناسب در صورت شک.
البته اگر فشرده سازی با تنظیمات شما خوب نیست، همیشه می توانید آن را کپسوله کنید
فایل DICOM (معمولاً JPEG) با استفاده از gdcmconv به فرم غیر کپسوله شده:
$ gdcmconv --input_jpeg خام.dcm output_raw.dcm
با استفاده از خدمات onworks.net از gdcmimg آنلاین استفاده کنید
