gmx-enemat - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-enemat - استخراج یک ماتریس انرژی از یک فایل انرژی

خلاصه

gmx enemat [-f [<.edr>]] [-گروه ها [<.dat>]] [-eref [<.dat>]]
[-امات [<.xpm>]] [-اتوت [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-xvg ] [- [بدون] جمع]
[-پرش ] [-[بی معنی] [-سطوح ] [-حداکثر ]
[-من ] [-[no]coulsr] [-[no]coullr] [- [نه] ممکن است14]
[-[no]ljsr] [-[no]ljlr] [-[no]lj14] [-[نه]بهمسر]
[-[نه]بهملر] [- [نه] رایگان] [-دمای ]

شرح

gmx انعقاد یک ماتریس انرژی را از فایل انرژی استخراج می کند (-f) با -گروه ها یک فایل باید
در هر خط یک گروه از اتم ها برای استفاده ارائه شود. برای این گروه ها ماتریس از
انرژی های تعاملی با جستجوی گروه های انرژی از فایل انرژی استخراج می شوند
با نام های مربوط به جفت گروه های اتم، به عنوان مثال اگر شما -گروه ها فایل شامل:

2
پروتئين
شیر برقی (سلونوئید)

سپس گروه های انرژی با نام هایی مانند "Coul-SR:Protein-SOL" و "LJ:Protein-SOL" انتظار می رود.
در فایل انرژی (اگرچه gmx انعقاد اگر گروه های زیادی تجزیه و تحلیل شوند بسیار مفید است
همزمان). ماتریس برای انواع مختلف انرژی به طور جداگانه نوشته شده است
کنترل شده توسط - [نه] نمی تواند, - [نه] ممکن است, - [نه] ممکن است14, -[no]lj, -[no]lj14, -[نه]بهم و
- [نه] رایگان گزینه ها. در نهایت، انرژی کل انرژی تعامل در هر گروه می تواند باشد
محاسبه شد (-اتوت).

تقریبی از انرژی آزاد را می توان با استفاده از: E_free = E_0 + kT محاسبه کرد
ورود به سیستم ( ) که در آن "<>" مخفف میانگین زمان است. یک فایل با مرجع رایگان
انرژی ها را می توان برای محاسبه تفاوت انرژی آزاد با برخی از مراجع تامین کرد
دولت. نام گروه (به عنوان مثال نام باقی مانده) در فایل مرجع باید مطابقت داشته باشد
نام گروه همانطور که در -گروه ها فایل، اما یک عدد ضمیمه (مثلاً شماره باقیمانده) در
la -گروه ها در مقایسه نادیده گرفته خواهد شد.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.edr>] (ener.edr) (اختیاری)
فایل انرژی

-گروه ها [<.dat>] (groups.dat)
فایل داده های عمومی

-eref [<.dat>] (eref.dat) (اختیاری)
فایل داده های عمومی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-امات [<.xpm>] (emat.xpm)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-اتوت [<.xvg>] (energy.xvg)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

- [بدون] جمع (نه)
عبارات انرژی انتخاب شده را به جای نمایش همه آنها جمع کنید

-پرش (0)
از تعداد فریم ها بین نقاط داده پرش کنید

-[بی معنی (آره)
با -گروه ها ماتریس انرژی های میانگین را به جای ماتریس برای هر مرحله زمانی استخراج می کند

-سطوح (20)
تعداد سطوح برای رنگ های ماتریس

-حداکثر (1e+20)
حداکثر ارزش برای انرژی ها

-من (-1e+20)
حداقل مقدار انرژی

-[no]coulsr (آره)
انرژی های Coulomb SR را استخراج کنید

-[no]coullr (نه)
انرژی های Coulomb LR را استخراج کنید

- [نه] ممکن است14 (نه)
انرژی های کولن 1-4 را استخراج کنید

-[no]ljsr (آره)
انرژی های لنارد-جونز SR را استخراج کنید

-[no]ljlr (نه)
انرژی های لنارد-جونز LR را استخراج کنید

-[no]lj14 (نه)
انرژی های لنارد-جونز 1-4 را استخراج کنید

-[نه]بهمسر (نه)
انرژی های SR باکینگهام را استخراج کنید

-[نه]بهملر (نه)
انرژی های باکینگهام LR را استخراج کنید

- [نه] رایگان (آره)
محاسبه انرژی آزاد

-دمای (300)
دمای مرجع برای محاسبه انرژی آزاد

از gmx-enemat به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید