gmx-spatial - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-spatial - تابع توزیع فضایی را محاسبه کنید

خلاصه

gmx فضایی [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[اکنون] [- [نه] پی سی]
[-[no]div] [-آتش زدن ] [-صندوقچه ] [-ناب ]

شرح

gmx فضایی تابع توزیع فضایی را محاسبه می کند و آن را به شکلی خروجی می دهد که بتواند
توسط VMD به صورت مکعب Gaussian98 خوانده شود. برای سیستمی با 32,000 اتم و 50 ns
در مسیر، SDF را می توان در حدود 30 دقیقه تولید کرد که بیشتر زمان آن اختصاص داده شده است
به دو اجرا می شود از طریق trjconv که باید همه چیز را به درستی متمرکز کنند. این
همچنین یک دسته کامل فضا را اشغال می کند (3 کپی از فایل مسیر). با این حال، تصاویر
وقتی انتخاب مناسب به درستی انجام شود، زیبا و بسیار آموزنده هستند. 3-4 اتم در
یک گروه بسیار متحرک (مانند یک اسید آمینه آزاد در محلول) به خوبی کار می کند، یا انتخاب کنید
ستون فقرات پروتئین در یک ساختار تا شده پایدار برای دریافت SDF حلال و نگاه کردن به آن
پوسته حل به طور متوسط ​​زمان. همچنین امکان استفاده از این برنامه برای تولید SDF وجود دارد
بر اساس برخی مختصات دکارتی دلخواه. برای انجام این کار، به سادگی موارد اولیه را حذف کنید gmx
trjconv مراحل

طریقه استفاده:

1. استفاده gmx make_ndx برای ایجاد گروهی حاوی اتم هایی که در اطراف آن SDF می خواهید

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -ur جمع و جور -pbc هیچ

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -مناسب rot+trans

4. دویدن gmx فضایی در c.tng خروجی مرحله 3

5. بارگیری کنید شبکه.مکعب وارد VMD شده و به صورت ایزورفیس مشاهده کنید.

توجه داشته باشید که سیستم هایی مانند میسل به آن نیاز دارند gmx trjconv -pbc خوشه بین مراحل 1
و 2.

هشدارها
SDF برای مکعبی تولید می‌شود که شامل همه سطل‌هایی است که مقداری غیرصفر دارند
تصرف. با این حال، مقدماتی -مناسب rot+trans گزینه ای برای gmx trjconv دلالت دارد
سیستم شما در حال چرخش و ترجمه در فضا (به منظور گروه انتخاب شده) خواهد بود
نمی کند). بنابراین مقادیری که برگردانده می شوند فقط برای برخی از مناطق معتبر خواهند بود
در اطراف گروه مرکزی / مختصات شما که با حجم سیستم در سراسر همپوشانی کامل دارد
کل سیستم ترجمه شده/چرخش در طول مسیر. به عهده دارد
کاربر اطمینان حاصل کند که این مورد است.

خطرناک گزینه های
برای کاهش مقدار فضا و زمان مورد نیاز، می‌توانید فقط همخوان‌هایی را که هستند خروجی بگیرید
در مرحله اول و بعدی استفاده خواهد شد gmx trjconv. با این حال، مطمئن باشید
مجموعه ای از -ناب از آنجایی که حافظه برای سطل های مکعبی تخصیص داده شده است، گزینه ای به مقدار کافی بالا است
بر اساس مختصات اولیه و -ناب مقدار گزینه

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

- [نه] پی سی (نه)
از شرایط مرزی دوره ای برای محاسبه فواصل استفاده کنید

-[no]div (آره)
محاسبه و اعمال مقسوم برای اشغال bin بر اساس اتم / مکعب حداقل
اندازه. تنظیم به عنوان TRUE برای تجسم و به عنوان FALSE (-nodiv) برای بدست آوردن شمارش دقیق
در هر فریم

-آتش زدن (-1)
این تعداد مکعب بیرونی را نمایش ندهید (مقادیر مثبت ممکن است مرز را کاهش دهد
لکه ها -1 تضمین می کند که سطح بیرونی قابل مشاهده است)

-صندوقچه (0.05)
عرض سطل ها (nm)

-ناب (4)
تعداد سطل های اضافی برای اطمینان از تخصیص مناسب حافظه

شناخته شده مسائل

· هنگامی که حافظه اختصاص داده شده به اندازه کافی بزرگ نباشد، ممکن است یک خطای بخش بندی رخ دهد. این هست
معمولاً شناسایی می شود و برنامه قبل از خطا متوقف می شود در حالی که یک هشدار نمایش داده می شود
پیام پیشنهاد استفاده از -ناب گزینه (تعداد سطل های اضافی). با این حال
برنامه همه این رویدادها را شناسایی نمی کند. اگر با خطای بخش بندی مواجه شدید، آن را اجرا کنید
دوباره با افزایش -ناب ارزش.

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-spatial آنلاین استفاده کنید