این دستور gt-cds است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gt-cds - ویژگی‌های CDS (توالی کدنویسی) را به ویژگی‌های اگزون داده‌شده در فایل GFF3 اضافه کنید.
خلاصه
gt سی دی [گزینه ...] [GFF3_file]
شرح
-مینورفلن [ارزش]
حداقل طولی را تنظیم کنید که یک قاب خواندن باز (ORF) باید به عنوان CDS اضافه شود
ویژگی (اندازه گیری شده در اسیدهای آمینه) (پیش فرض: 64)
-استارت کدون [بله | نه]
نیاز به یک ORF باید با کدون شروع شروع شود (پیش‌فرض: خیر)
کدون نهایی استاپ [بله | نه]
لازم است که ORF نهایی باید با یک کدون توقف خاتمه یابد (پیش‌فرض: خیر)
-seqfile [نام فایل]
فایل دنباله ای را تنظیم کنید که از آن دنباله ها گرفته شود (پیش فرض: تعریف نشده)
-encseq [نام فایل]
نام نمایه دنباله کدگذاری شده را تنظیم کنید تا دنباله ها از آن گرفته شوند (پیش فرض:
تعریف نشده)
فایل های seq
فایل های دنباله ای را تنظیم کنید که از آن ویژگی ها استفاده می شود -- برای خاتمه دادن به لیست
فایل های دنباله ای
-مطابقت [بله | نه]
توضیحات توالی را از فایل های ورودی برای شناسه های دنباله مورد نظر (در
GFF3)، گزارش بازی اول (پیش‌فرض: خیر)
-matchdescstart [بله | نه]
دقیقاً با توضیحات توالی از فایل های ورودی برای دنباله مورد نظر مطابقت دارد
شناسه‌ها (در GFF3) از ابتدا تا اولین فضای خالی (پیش‌فرض: خیر)
-استفاده از [بله | نه]
از توضیحات توالی برای نگاشت شناسه های دنباله (در GFF3) به دنباله واقعی استفاده کنید
ورودی های. اگر یک توصیف شامل یک محدوده توالی باشد (به عنوان مثال، III:1000001..2000000)،
قسمت اول به عنوان شناسه دنباله استفاده می شود (III) و موقعیت محدوده اول به عنوان افست
(1000001) (پیش فرض: خیر)
نقشه برداری منطقه [رشته]
مجموعه فایل حاوی نگاشت فایل توالی-منطقه به دنباله (پیش فرض: تعریف نشده)
-v [بله | نه]
پرحرف باشد (پیش‌فرض: خیر)
-o [نام فایل]
تغییر مسیر خروجی به فایل مشخص شده (پیش فرض: تعریف نشده)
-gzip [بله | نه]
نوشتن فایل خروجی فشرده gzip (پیش‌فرض: خیر)
-bzip2 [بله | نه]
فایل خروجی فشرده bzip2 را بنویسید (پیش‌فرض: خیر)
-زور [بله | نه]
نوشتن اجباری در فایل خروجی (پیش‌فرض: خیر)
-کمک
نمایش راهنما و خروج
-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج
فرمت فایل برای گزینه نقشه برداری منطقه:
فایل ارائه شده به گزینه -regionmapping یک "نقشه" را تعریف می کند. نقشه برداری
توالی-منطقه ورودی های داده شده در GFF3_file به یک فایل دنباله ای حاوی
دنباله مربوطه نگاشت ها را می توان به یکی از دو شکل زیر تعریف کرد:
نقشه برداری = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz"،
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
نگاشت تابع (توالی_منطقه)
بازگشت "hs_ref_"..sequence_region....".fa.gz"
پایان
شکل اول یک Lua را تعریف می کند (http://www.lua.org) جدولی با نام "نقشه برداری" که هر کدام را نقشه برداری می کند
منطقه توالی به فایل دنباله مربوطه. دومی تابع Lua را تعریف می کند
"نقشه"، که باید نام فایل دنباله را هنگام فراخوانی با آن برگرداند
sequence_region به عنوان آرگومان.
گزارش نویسی اشکالات
گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.
با استفاده از خدمات onworks.net از gt-cds به صورت آنلاین استفاده کنید
