جهنمی - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

تجزیه و تحلیل توالی دوزخی با استفاده از پروفایل های توالی RNA و ساختار ثانویه
اجماع

خلاصه

هماهنگ کردن
توالی ها را با یک مدل کوواریانس تراز کنید

cmbuild
مدل(های) کوواریانس را از توالی چندگانه RNA مشروح ساختاری بسازید
تراز(های)

cm کالیبره کنید
برازش دنباله های نمایی برای تعیین ارزش E مدل کوواریانس

cmconvert
تبدیل فایل های مدل کوواریانس دوزخی

cmemit
نمونه توالی از یک مدل کوواریانس

cmfetch
مدل(های) کوواریانس را از یک فایل بازیابی کنید

cmpress
یک پایگاه داده مدل کوواریانس برای cmscan آماده کنید

cmscan
دنباله(های) جستجو در برابر پایگاه داده مدل کوواریانس

cmsearch
جستجوی مدل(های) کوواریانس در مقابل پایگاه داده توالی

cmstat
آمار خلاصه برای فایل مدل کوواریانس

شرح

Infernal مجموعه ای از چندین برنامه برای همترازی توالی RNA ساختاری و پایگاه داده است
جستجوی همسانی از مدل های احتمالی به نام "مدل های کوواریانس" (CMs) استفاده می کند
نشان دهنده همولوگ های تکاملی احتمالی یک هم ترازی چندگانه (یا توالی منفرد) از
یک خانواده توالی RNA ساختاری

همراه با پایگاه داده Rfam خانواده های RNA و CM های مرتبط
(http://rfam.sanger.ac.uk) Infernal می تواند برای حاشیه نویسی همولوگ های ساختاری شناخته شده استفاده شود
خانواده های RNA در ژنوم

Infernal ارتباط نزدیکی با مجموعه نرم افزار HMMER برای تجزیه و تحلیل خانواده توالی دارد
HMM های نمایه (http://hmmer.org، اما به طور خاص برای توالی RNA ساختاری طراحی شده است
خانواده ها. علاوه بر مدل سازی دنباله حفظ شده یک خانواده همانطور که HMM های پروفایل انجام می دهند،
CMها ساختار ثانویه محافظت شده و تودرتو (غیر شبه گره) خانواده را به عنوان
خوب. در نتیجه، روش‌های جستجوی CM و هم‌ترازی نسبتاً محاسباتی هستند
گران. Infernal از HMM های پروفایل به عنوان فیلتر و برای استخراج محدودیت ها برای ایجاد آن استفاده می کند
روش های CM کاربردی تر است.

Infernal در سه حالت اصلی استفاده می شود: برای جستجوی پایگاه داده توالی برای همولوگ های جدید an
خانواده RNA (یا حاشیه نویسی همولوگ در ژنوم)؛ برای جستجو در پایگاه داده CM (مانند Rfam) برای یافتن
دنباله پرس و جو به کدام خانواده شناخته شده تعلق دارد. و به طور خودکار ساخت بزرگ
ترازهای متعدد (یعنی با تعداد نامحدودی از دنباله ها) با استفاده از یک CM
نماینده یک خانواده سکانسی

فرض کنید یک همترازی توالی چندگانه از نظر ساختاری از یک توالی RNA دارید.
خانواده مورد علاقه، و می خواهید یک پایگاه داده توالی برای همولوگ های اضافی جستجو کنید.
La cmbuild برنامه مدل(های) کوواریانس را از تراز(های) چندگانه می سازد و cm کالیبره کنید
پارامترهای مهم برای برآورد اهمیت آماری پایگاه داده را تعیین می کند
در جستجوهای بعدی به مدل ضربه می زند.

La cmsearch برنامه CM(ها) را بر اساس پایگاه داده توالی جستجو می کند.

فرض کنید دنباله(هایی) دارید که می خواهید با استفاده از پایگاه داده CM مبتنی بر Infernal آنالیز کنید
مثل Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). cmpress برنامه یک مدل کوواریانس را قالب بندی می کند
(مانند فایلی که از Rfam دانلود می کنید) در پایگاه داده باینری Infernal. را
cmscan برنامه دنباله(های) را در مقابل آن پایگاه داده جستجو می کند.

فرض کنید می خواهید تعداد زیادی توالی را تراز کنید. شما می توانید یک کوچک قابل مدیریت بسازید
تراز ساختاری مجموعه ای نماینده از دنباله ها، ساخت یک CM با cmbuild، و
با استفاده از هماهنگ کردن برنامه ای برای تراز کردن هر تعداد دنباله با آن CM.

Infernal همچنین شامل برخی از ابزارهای کمکی برای کار با پایگاه داده های بزرگ CM است. cmfetch
یک یا چند CM را از پایگاه داده واکشی می کند. cmstat آمار خلاصه ای را در مورد یک CM چاپ می کند
فایل.

برای سازگاری با نسخه های قبلی Infernal و همچنین با HMMER، cmconvert
برنامه فایل های CM را به چند فرمت دیگر تبدیل می کند.

La cmemit برنامه توالی های "همسان" را با نمونه برداری از یک CM تولید می کند (شبیه سازی می کند). آی تی
همچنین می تواند یک دنباله "اجماع" ایجاد کند.

هر برنامه دارای صفحه شخصی خود است.

با استفاده از خدمات onworks.net از Infernal آنلاین استفاده کنید