libscane - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

libscan - جستجوهای تشخیصی برای خانواده های پروتئینی.

خلاصه

libscan حالت فهرست چنگ زدن بولی -هنیک بولی -هوم بولی -سام بولی -pssm بولی
-سیگ بولی -همپات رشته -hmmextn رشته -hmmoutpath رشته -hmmoutextn رشته
-سمپات رشته -samextn رشته -samoutpath رشته -samoutextn رشته
-pssmpath رشته -pssmextn رشته -نیتر عدد صحیح کوبیدن شناور -maxhit عدد صحیح
-pssmoutpath رشته -pssmoutextn رشته -gbvpath رشته -gbvextn رشته
-gbvgapo شناور -gbvgape شناور -gbvoutpath رشته -gbvoutextn رشته
-hnfpath رشته -hnfextn رشته -هنفگاپو شناور -hnfgape شناور -hnfoutpath رشته
-hnfoutextn رشته -مسیر رشته -sigextn رشته -nterm فهرست -زیر matrixf
-سیگاپو شناور -چشم زدن شناور -مسیر خروج رشته -sigoutextn رشته -db seqset
-scopf پرونده

libscan -کمک

شرح

libscan یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Protein: 3D Structure" است.

OPTIONS

حالت فهرست
libscan در یکی از دو حالت (i) حالت جستجوی پایگاه داده یا (ii) کتابخانه اجرا می شود
حالت صفحه نمایش. در حالت جستجوی پایگاه داده libscan هر کدام یک یا چند فهرست را می خواند
که حاوی یک نوع عنصر متمایز است، انواع مجاز پراکنده هستند
امضای توالی، پروفایل گریبسکوف، نمایه هنیکوف یا مدل پنهان مارکوف. که در
حالت صفحه نمایش کتابخانه، libscan یک مجموعه توالی را می خواند، هر دنباله را در مقابل صفحه نمایش می دهد
کتابخانه (دایرکتوری های عناصر متمایز) و یک فایل اسکن کتابخانه (از
خانواده های با امتیاز بالا) برای هر یک. مقدار پیش فرض: 2

چنگ زدن بولی
مقدار پیش فرض: N

-هنیک بولی
مقدار پیش فرض: N

-هوم بولی
مقدار پیش فرض: N

-سام بولی
مقدار پیش فرض: N

-pssm بولی
مقدار پیش فرض: Y

-سیگ بولی
مقدار پیش فرض: N

-همپات رشته
مقدار پیش فرض: ./lib/

-hmmextn رشته
مقدار پیش فرض: .hmm

-hmmoutpath رشته
مقدار پیش فرض: ./

-hmmoutextn رشته
مقدار پیش فرض: hmmout

-سمپات رشته
مقدار پیش فرض: ./

-samextn رشته
مقدار پیش فرض: .mod

-samoutpath رشته
مقدار پیش فرض: ./

-samoutextn رشته
مقدار پیش فرض: .samout

-pssmpath رشته
مقدار پیش فرض: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn رشته
مقدار پیش فرض: .chk

-نیتر عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1

کوبیدن شناور
مقدار پیش فرض: 100

-maxhit عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 1000

-pssmoutpath رشته
مقدار پیش فرض: ./

-pssmoutextn رشته
مقدار پیش فرض: pssmout

-gbvpath رشته
مقدار پیش فرض: ./

-gbvextn رشته
مقدار پیش فرض: .grib

-gbvgapo شناور
مقدار پیش فرض: 10.0

-gbvgape شناور
مقدار پیش فرض: 0.5

-gbvoutpath رشته
مقدار پیش فرض: ./

-gbvoutextn رشته
مقدار پیش فرض: .gribout

-hnfpath رشته
مقدار پیش فرض: ./

-hnfextn رشته
مقدار پیش فرض: .henik

-هنفگاپو شناور
مقدار پیش فرض: 10.0

-hnfgape شناور
مقدار پیش فرض: 0.5

-hnfoutpath رشته
مقدار پیش فرض: ./

-hnfoutextn رشته
مقدار پیش فرض: .heniout

-مسیر رشته
مقدار پیش فرض: ./

-sigextn رشته
مقدار پیش فرض: .sig

-nterm فهرست
مقدار پیش فرض: 1

-زیر matrixf
مقدار پیش فرض: EBLOSUM62

-سیگاپو شناور
مقدار پیش فرض: 10.0

-چشم زدن شناور
مقدار پیش فرض: 0.5

-مسیر خروج رشته
مقدار پیش فرض: ./

-sigoutextn رشته
مقدار پیش فرض: .sigout

-db seqset
در حالت جستجوی پایگاه داده، libscan هر عنصر متمایز را در برابر یک دنباله اسکن می کند
تنظیم. در حالت صفحه نمایش کتابخانه، libscan یک مجموعه توالی را می خواند و هر دنباله را نمایش می دهد
در برابر کتابخانه (دایرکتوری های عناصر متمایز کننده) مقدار پیش فرض: 49142.vdhf

-scopf پرونده
در هر دو حالت، یک "پرونده طبقه بندی scop" به عنوان منبع خانواده مورد نیاز است
داده های طبقه بندی یک فایل طبقه بندی scop حاوی طبقه بندی و سایر داده ها است
برای دامنه ها از پایگاه داده scop. فایل با فرمت embl مانند است و تولید می شود
توسط scoparse. اطلاعات توالی دامنه را می توان با استفاده از scopseqs به فایل اضافه کرد.
مقدار پیش‌فرض: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

با استفاده از خدمات onworks.net از libscane آنلاین استفاده کنید