این دستور mirabait است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
mirabait - خوانده شده را از مجموعه خوانده شده انتخاب کنید
خلاصه
میربایت [-f ] [-t [-t ...]] [-iklor] فایل baitfile
شرح
میربایت مطالب خوانده شده را از یک مجموعه خوانده شده انتخاب می کند که تا حدی مشابه یا برابر باشد
توالی هایی که به عنوان طعمه های هدف تعریف می شوند. شباهت با یافتن یک قابل تنظیم توسط کاربر تعریف می شود
تعداد k-mer های رایج (توالی k پایه های متوالی) که در طعمه یکسان هستند.
دنباله ها و توالی های غربال شده که باید انتخاب شوند، چه به صورت جلو یا عقب
مکمل جهت
OPTIONS
-f
این نوع فایل های پروژه را بارگیری کنید، که Fromtype عبارت است از:
دنباله های caf از CAF
سکانس های maf از MAF
دنباله های phd از یک PHD
دنباله های gbf از یک GBF
دنباله های فاستا از FASTA
دنباله های fastq از یک FASTQ
-t
دنباله ها را به این نوع بنویسید (چند ذکر از -t مجاز):
دنباله های fasta به FASTA
دنباله های fastq به FASTQ
دنباله های caf به CAF
دنباله های maf به MAF
نام دنباله txt به فایل متنی
-k k-mer، طول طعمه در پایه (<32، پیش فرض = 31)
-n حداقل تعداد طعمه های k-mer مورد نیاز (پیش فرض = 1)
-i ضربه معکوس: فقط دنباله هایی را می نویسد که طعمه را نمی زند
-r عدم بررسی جهت معکوس مکمل
-o افست با کیفیت fastq (فقط برای -f = 'fastq') تعدیل مقادیر کیفیت در FASTQ
فایل. پیش فرض: 33 مقدار 0 سعی می کند به طور خودکار شناسایی شود.
-f
این نوع فایل های پروژه را بارگیری کنید، که Fromtype عبارت است از:
دنباله های caf از CAF
سکانس های maf از MAF
دنباله های phd از یک PHD
دنباله های gbf از یک GBF
دنباله های فاستا از FASTA
دنباله های fastq از یک FASTQ
-t
دنباله ها را به این نوع بنویسید (چند ذکر از -t مجاز):
دنباله های fasta به FASTA
دنباله های fastq به FASTQ
دنباله های caf به CAF
دنباله های maf به MAF
نام دنباله txt به فایل متنی
-k k-mer، طول طعمه در پایه (<32، پیش فرض = 31)
-n حداقل تعداد طعمه های k-mer مورد نیاز (پیش فرض = 1)
-i ضربه معکوس: فقط دنباله هایی را می نویسد که طعمه را نمی زند
-r عدم بررسی جهت معکوس مکمل
-o افست با کیفیت fastq (فقط برای -f = 'fastq') تعدیل مقادیر کیفیت در FASTQ
فایل. پیش فرض: 33 مقدار 0 سعی می کند به طور خودکار شناسایی شود.
با استفاده از خدمات onworks.net از mirabait آنلاین استفاده کنید
