snakemake - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

snakemake - یک زبان و محیط اجرایی مبتنی بر پایتون برای گردش‌های کاری GNU Makelike

شرح

استفاده: snakemake [-h] [--snakefile FILE] [--gui [PORT]] [--cores [N]]

[--منابع [NAME=INT [NAME=INT ...]]] [--پیکربندی [KEY=VALUE [KEY=VALUE ...]]]
[--پیکربندی فایل] [--list] [--list-target-rules] [--directory DIR] [--dryrun]
[--printshellcmds] [--dag] [--قاعده] [--d3dag] [--خلاصه] [--جزئیات-خلاصه]
[--لمس] [--ادامه دادن] [--اجبار] [--اجبار کردن] [--forcerun TARGET [هدف ...]]
[--اولویت بندی هدف [هدف ...]] [--اجازه-ابهام] [--Cluster CMD |
--cluster-sync CMD | --درما [ARGS]] [--cluster-config FILE] [--immediate-submit]
[--jobscript SCRIPT] [--jobname NAME] [--reason] [--stats FILE] [--nocolor]
[--آرام] [--nolock] [--باز کردن قفل] [--cleanup-metadata [FILE [FILE ...]]]
[--تکرار-ناقص] [--نادیده گرفتن-ناقص] [--list-version-changes]
[--list-code-changes] [--list-input-changes] [--list-params-changes]
[--تأخیر-انتظار ثانیه ها] [--wait-for-files [FILE [FILE ...]]] [--Benchmark-repeats
N] [--notemp] [--keep-target-files] [--allowed-rules ALLOWED_RULES [ALLOWED_RULES
...]] [--مهر زمانی] [--غیص و طمع GREDINESS] [--print-compilation]
[--overwrite-shellcmd OVERWRITE_SHELLCMD] [--کلمه] [--اشکال زدایی] [--پروفایل FILE]
[--bash-completion] [--نسخه] [هدف [هدف ...]]

موقعیتی استدلال ها:
هدف گذاری برای ساختن ممکن است قوانین یا فایل هایی باشد.

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

--پرونده مار فایل، -s فایل
تعریف گردش کار در فایل snakefile.

--gui [بندر]
یک رابط کاربری مبتنی بر HTML را به پورت داده شده ارائه کنید (پیش‌فرض: 8000). در صورت امکان،
یک پنجره مرورگر باز می شود.

-- هسته ها [N]، --شغل ها [N]، -j [نه]
از حداکثر N هسته به صورت موازی استفاده کنید (پیش‌فرض: 1). اگر N حذف شود، حد تعیین می شود
تعداد هسته های موجود

--منابع [NAME=INT [NAME=INT ...]]، --res [NAME=INT [NAME=INT ...]]
منابع اضافی را که باید برنامه ریزی را به طور مشابه محدود کنند، تعریف کنید
رشته ها (به بالا مراجعه کنید). یک منبع به عنوان یک نام و یک مقدار صحیح تعریف می شود. به عنوان مثال
--منابع gpu=1. قوانین می توانند از منابع با تعریف کلمه کلیدی منبع استفاده کنند، به عنوان مثال
منابع: gpu=1. اگر اکنون دو قانون به 1 منبع "gpu" نیاز دارند، دیگر اینگونه نخواهند بود
به صورت موازی توسط زمانبندی اجرا شود.

- پیکربندی [KEY=VALUE [KEY=VALUE ...]]
مقادیر را در شیء پیکربندی گردش کار تنظیم یا بازنویسی کنید. شی پیکربندی گردش کار
به عنوان پیکربندی متغیر در داخل گردش کار قابل دسترسی است. مقادیر پیش فرض را می توان توسط
ارائه یک فایل JSON (به مستندات مراجعه کنید).

-- پیکربندی فایل
فایل پیکربندی گردش کار را مشخص یا بازنویسی کنید (به اسناد مراجعه کنید). ارزش های
مشخص شده در قالب JSON یا YAML در فرهنگ لغت پیکربندی جهانی موجود است
داخل گردش کار

-- لیست, -l
نمایش قوانین موجود در Snakefile داده شده.

-لیست-هدف-قوانین, --Lt
نمایش قوانین هدف موجود در Snakefile داده شده.

--فهرست راهنما DIR ، -d DIR
دایرکتوری کاری را مشخص کنید (مسیرهای نسبی در فایل snake از این به عنوان خود استفاده می کنند
اصل و نسب).

--dryrun, -n
چیزی را اجرا نکنید.

--printshellcmds, -p
دستورات پوسته ای که اجرا خواهند شد را چاپ کنید.

--داگ هیچ کاری را اجرا نکنید و نمودار غیر چرخه ای جهت کارها را در نقطه چاپ کنید
زبان استفاده توصیه شده در سیستم های یونیکس: snakemake --داگ | نقطه | نمایش دادن

--قاعده نگار
چیزی را اجرا نکنید و نمودار وابستگی قوانین را در نقطه چاپ کنید
زبان این شلوغی کمتری نسبت به مشاغل بالای DAG خواهد داشت، اما کمتر نشان می دهد
اطلاعات توجه داشته باشید که هر قانون یک بار نمایش داده می شود، بنابراین نمودار نمایش داده می شود
اگر یک قانون در چندین مرحله از گردش کار ظاهر شود، چرخه ای باشد. در صورت بالا از این استفاده کنید
گزینه منجر به DAG بسیار بزرگ می شود. استفاده توصیه شده در سیستم های یونیکس:
مارسازی --قاعده نگار | نقطه | نمایش دادن

--d3dag
DAG را در قالب JSON سازگار با D3.js چاپ کنید.

--خلاصه, -S
خلاصه ای از تمام فایل های ایجاد شده توسط گردش کار را چاپ کنید. موارد زیر را دارد
ستون ها: نام فایل، زمان اصلاح، نسخه قانون، وضعیت، طرح. بدین ترتیب حکومت کنید
نسخه حاوی نسخه ای است که فایل با آن ایجاد شده است (کلمه کلیدی نسخه را ببینید
قوانین)، و وضعیت نشان می دهد که آیا فایل موجود نیست، فایل های ورودی آن جدیدتر هستند یا خیر
یا اگر نسخه یا اجرای قانون از زمان ایجاد فایل تغییر کرده باشد. سرانجام
آخرین ستون نشان می دهد که آیا فایل در طول بعدی به روز می شود یا ایجاد می شود
اجرای گردش کار

--جزئیات-خلاصه, -D
خلاصه ای از تمام فایل های ایجاد شده توسط گردش کار را چاپ کنید. موارد زیر را دارد
ستون‌ها: نام فایل، زمان اصلاح، نسخه قانون، فایل(های) ورودی، فرمان پوسته،
وضعیت، طرح بنابراین نسخه قانون شامل نسخه ای است که فایل با آن ایجاد شده است
(کلمه کلیدی نسخه قوانین را ببینید)، و وضعیت نشان می دهد که آیا فایل وجود ندارد یا خیر،
فایل های ورودی آن جدیدتر هستند یا اگر نسخه یا اجرای قانون از آن زمان تغییر کرده باشد
ایجاد فایل فایل ورودی و ستون های فرمان پوسته به خودی خود توضیح می دهند.
در نهایت آخرین ستون نشان می دهد که آیا فایل در طول آن به روز می شود یا ایجاد می شود
اجرای گردش کار بعدی

--دست زدن به, -t
فایل‌های خروجی را لمس کنید (آن‌ها را به‌روز علامت بزنید بدون اینکه واقعاً تغییرشان دهید)
اجرای دستورات خود این برای تظاهر به اینکه قوانین اجرا شده اند استفاده می شود
به منظور فریب دادن فراخوان های آینده مارسازی. اگر فایلی هنوز وجود نداشته باشد، خراب می شود.

-- ادامه بده, -k
اگر شغلی شکست خورد، به کارهای مستقل ادامه دهید.

--زور, -f
اجرای هدف انتخابی یا قانون اول را بدون توجه به اینکه قبلاً انجام داده اید، مجبور کنید
خروجی ایجاد کرد

-- اجباری کردن, -F
اجرای قانون انتخاب شده (یا اولین) و همه قوانین موجود را اجباری کنید
وابسته به خروجی از قبل ایجاد شده است.

--فورسرون هدف [هدف ...]، -R هدف [هدف ...]
اجرای مجدد یا ایجاد قوانین یا فایل های داده شده را مجبور کنید. اگر از این گزینه استفاده کنید
شما یک قانون را تغییر داده اید و می خواهید تمام خروجی آن در گردش کار خود به روز شود.

-- اولویت بندی هدف [هدف ...]، -P هدف [هدف ...]
به زمان‌بندی بگویید ایجاد اهداف معین (و همه وابستگی‌های آنها) را تعیین کند.
بالاترین اولویت. (تجربی)

--اجازه-ابهام, -a
قوانین مبهم را بررسی نکنید و اگر چندین قواعد می توانند آن را تولید کنند، به سادگی از اولین استفاده کنید
همان فایل این به کاربر اجازه می دهد تا قوانین را بر اساس ترتیب خود در اولویت قرار دهد
مار مار.

--خوشه CMD، -c CMD
قوانین snakemake را با دستور ارسال داده شده اجرا کنید، به عنوان مثال qsub. مارساز
کارها را در اسکریپت هایی که با داده شده به خوشه ارسال می شود، جمع آوری می کند
دستور، زمانی که تمام فایل های ورودی برای یک کار خاص وجود دارد. دستور ارسال
می توان آن را تزئین کرد تا از ویژگی های شغلی خاص (ورودی، خروجی، پارامترها،
عام، لاگ، رشته ها و وابستگی ها (به آرگومان زیر مراجعه کنید))، به عنوان مثال: $
مارسازی --خوشه qsub -پلی اتیلن threaded {threads}'.

--cluster-sync CMD
دستور ارسال کلاستر مسدود می شود و وضعیت خروج از راه دور را از راه دور برمی گرداند
خاتمه (برای مثال، اگر دستور خوشه 'qsub' باشد، باید از آن استفاده شود -sync
y' (SGE)

--درما [ARGS]
اجرای snakemake در خوشه ای که از طریق DRMAA قابل دسترسی است، Snakemake کارها را در
اسکریپت هایی که با دستور داده شده به خوشه ارسال می شوند، پس از ورود همه
فایل هایی برای یک کار خاص وجود دارد. ARGS می تواند برای تعیین گزینه های مورد استفاده قرار گیرد
سیستم خوشه ای زیربنایی، در نتیجه با استفاده از ویژگی های شغلی ورودی، خروجی، پارامترها،
حروف عام، گزارش، رشته ها و وابستگی ها، به عنوان مثال: --درما ' -پلی اتیلن threaded {threads}'.
توجه داشته باشید که ARGS باید به صورت نقل قول و با یک فاصله سفید پیشرو داده شود.

-cluster-config فایل، -u فایل
یک فایل JSON یا YAML که حروف عام مورد استفاده در 'cluster' را برای قوانین خاص تعریف می کند،
به‌جای اینکه آن‌ها را در Snafile مشخص کنید. برای مثال، برای قانون «شغل» شما
ممکن است: { 'job' : { 'time' : '24:00:00' } } را برای تعیین زمان برای قانون 'job' تعریف کند.

-- فوری-ارائه, --است
به جای منتظر ماندن برای ورودی فعلی، فوراً همه مشاغل را به خوشه ارسال کنید
فایل ها. این شکست خواهد خورد، مگر اینکه خوشه را از وابستگی های شغلی آگاه کنید، به عنوان مثال
از طریق: $ snamake --خوشه دسته -- وابستگی {وابستگی ها}. با فرض اینکه شما
ارسال اسکریپت (در اینجا sbatch) شناسه شغلی تولید شده را به اولین خط stdout خروجی می دهد.
{وابستگی‌ها} با شناسه‌های شغلی جدا از هم پر می‌شود که این کار به آن بستگی دارد.

--کارنامه اسکریپت، --js اسکریپت
یک اسکریپت شغلی سفارشی برای ارسال به خوشه ارائه دهید. اسکریپت پیش فرض
به عنوان "jobscript.sh" در دایرکتوری نصب قرار دارد.

--اسم شغل نام، --jn نام
یک نام سفارشی برای اسکریپت شغلی که به خوشه ارسال می‌شود، ارائه دهید (نگاه کنید به
--خوشه). NAME به صورت پیش فرض "snakejob.{rulename}.{jobid}.sh" است. وایلد کارت
{jobid} باید در نام موجود باشد.

--دلیل, -r
دلیل هر قانون اجرا شده را چاپ کنید.

--آمار فایل
آماری در مورد اجرای Snakefile با فرمت JSON در فایل داده شده بنویسید.

--بدون رنگ
از خروجی رنگی استفاده نکنید.

--ساکت, -q
هیچ اطلاعات پیشرفت یا قانون را خروجی نگیرید.

--بدون قفل
دایرکتوری کار را قفل نکنید

-- باز کردن قفل
قفل دایرکتوری کاری را بردارید.

--پاکسازی-فراداده [فایل [فایل ...]]، --سانتی متر [فایل [فایل ...]]
ابرداده فایل های داده شده را پاک کنید. این بدان معنی است که snakemake هر ردیابی را حذف می کند
اطلاعات نسخه و هر علامتی که فایل ها ناقص هستند.

--تکرار-ناقص, --ri
همه کارهایی که خروجی آنها ناقص تشخیص داده می شود را دوباره اجرا کنید.

--نادیده گرفتن-ناقص, --ii
کارهای ناقص را نادیده بگیرید.

--list-version-changes, --lv
لیست تمام فایل های خروجی که با نسخه های مختلف ایجاد شده اند (به عنوان
با کلمه کلیدی نسخه تعیین می شود).

--list-code-changes, --lc
فهرست تمام فایل های خروجی که بدنه قانون (اجرا یا پوسته) در آن تغییر کرده است
فایل مار.

--list-input-changes, --li
فهرست تمام فایل های خروجی که فایل های ورودی تعریف شده برای آنها تغییر کرده است
Snafile (مثلاً فایل های ورودی جدید در تعریف قانون اضافه شدند یا فایل ها اضافه شدند
تغییر نام داد). برای فهرست کردن اصلاحات فایل ورودی در سیستم فایل، استفاده کنید --خلاصه.

--list-params-changes, --lp
لیست تمام فایل های خروجی که پارامترهای تعریف شده برای آنها در Snakefile تغییر کرده است.

--تاخیر-انتظار ثانیه ها، --خروجی-انتظار ثانیه ها، -w ثانیه ها
اگر فایل خروجی یک کار بعد از کار وجود نداشت، چند ثانیه صبر کنید
تمام شده. اگر سیستم فایل شما از تأخیر رنج می برد (پیش فرض 5) به شما کمک می کند.

--wait-for-files [فایل [فایل ...]]
صبر کنيد --تاخیر-انتظار چند ثانیه برای اینکه این فایل ها قبل از اجرا وجود داشته باشند
جریان کار. این گزینه به صورت داخلی برای رسیدگی به تأخیر سیستم فایل در کلاستر استفاده می شود
محیط.

--معیار-تکرار می شود N
اگر برای محک زدن علامت گذاری شده است، یک کار را N بار تکرار کنید (پیش فرض 1).

--notemp, --nt
اعلان‌های temp() را نادیده بگیرید. این زمانی مفید است که فقط بخشی از آن را اجرا کنید
گردش کار، زیرا temp() منجر به حذف فایل‌های احتمالاً مورد نیاز توسط دیگران می‌شود
بخش هایی از گردش کار

--keep-target-files
مسیرهای فایل های هدف داده شده را نسبت به دایرکتوری کاری تنظیم نکنید.

- قوانین مجاز ALLOWED_RULES [ALLOWED_RULES ...]
فقط از قوانین داده شده استفاده کنید. اگر حذف شود، تمام قوانین موجود در Snakefile استفاده می شود.

--مهر زمان, -T
یک مهر زمانی به تمام خروجی های ورود به سیستم اضافه کنید

-- حریص بودن حرص و آز
حریص برنامه ریزی را تنظیم کنید. این مقدار بین 0 و 1 میزان دقت را تعیین می کند
مشاغل برای اجرا انتخاب می شوند. مقدار پیش فرض (1.0) بهترین سرعت را ارائه می دهد
و همچنان کیفیت برنامه ریزی قابل قبولی دارد.

--چاپ-تدوین
نمایش پایتون گردش کار را چاپ کنید.

-- رونویسی-shellcmd OVERWRITE_SHELLCMD
یک دستور پوسته ارائه کنید که باید به جای دستورهایی که در دستور داده شده اجرا شود
جریان کار. این فقط برای اهداف اشکال زدایی است.

-- پرحرف
چاپ خروجی اشکال زدایی

- رفع اشکال
به یکی اجازه دهید تا قوانین را با مثلا PDB اشکال زدایی کند. این پرچم اجازه می دهد تا نقاط شکست را در اجرا تنظیم کنید
بلوک

--مشخصات فایل
Snakemake را نمایه کنید و خروجی را در FILE بنویسید. این نیاز به یاپی دارد
نصب شده است.

--باش تکمیل
کد خروجی برای ثبت تکمیل bash برای snakemake. موارد زیر را در خود قرار دهید
.bashrc (از جمله لهجه ها): `مارساز --باش تکمیل` یا آن را در یک
جلسه ترمینال باز

- نسخه, -v
نمایش شماره نسخه برنامه و خروج

با استفاده از خدمات onworks.net از snakemake به صورت آنلاین استفاده کنید