این برنامه لینوکس با نام Grinder است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان Grinder-0.5.4.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام Grinder را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
خرد کننده
Ad
شرح
Grinder یک ابزار بیوانفورماتیک همه کاره منبع باز برای ایجاد کتابخانه‌های شبیه‌سازی شده اسلحه شکاری و آمپلیکون برای همه پلتفرم‌های توالی اصلی است.
امکانات
- تفنگ ساچمه ای یا آمپلیکون (مانند 16S rRNA) کتابخانه ها را می خواند
- پشتیبانی از omics برای تولید مجموعه داده های ژنومی، رونویسی، پروتئومیک، متاژنومی، متاترانسکریپتومی یا متاپروتئومی
- توزیع دلخواه طول خواندن و تعداد خوانده شده
- شبیه سازی PCR و خطاهای توالی یابی (کایمراها، جهش های نقطه ای، هموپلیمرها)
- پشتیبانی از مجموعه داده های جفت (جفت جفت)
- تنظیمات فراوانی رتبه خاص یا فراوانی دستی برای هر ژنوم، ژن یا پروتئین
- ایجاد مجموعه داده با غنای معین (تنوع آلفا)
- مجموعه داده های مرتبط می توانند تعداد متغیری از ژنوم ها را به اشتراک بگذارند (تنوع بتا)
- مدل‌سازی سوگیری ایجاد شده توسط طول ژنوم یا تعداد کپی ژن متفاوت
- مکانیسم نمایه برای ذخیره گزینه های ترجیحی
- در دسترس زیست شناسان یا کاربران قدرتمند از طریق چندین رابط: GUI، CLI و API
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
کنسول / ترمینال
زبان برنامه نویسی
پرل
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/biogrinder/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
