Il s'agit de la commande amap qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
amap - Alignement multiple de protéines par annelage de séquences
SYNOPSIS
une carte [OPTION] [FICHIER MFA] [FICHIER MFA]
DESCRIPTION
AMAP est un outil permettant d'effectuer des alignements multiples de séquences peptidiques. Il utilise postérieur
décodage et un alignement de recuit de séquence, au lieu du traditionnel
méthode d'alignement. C'est le seul programme d'alignement qui permet de contrôler le
compromis sensibilité / spécificité. Il est basé sur le code source de ProbCons, mais utilise
précision de la métrique d'alignement et élimine la transformation de cohérence.
Dans sa configuration par défaut, AMAP est réglé pour maximiser la métrique d'alignement attendue
Score de précision (AMA) - une nouvelle mesure de précision d'alignement, basée sur une métrique pour le
espace à alignement multiple, qui intègre la sensibilité et la spécificité dans un seul
mesure équilibrée. L'AMA est définie comme la fraction de résidus correctement alignés (soit pour
un autre résidu ou à une brèche) sur le nombre total de résidus dans toutes les séquences.
une carte aligne les séquences fournies au format MFA. Ce format se compose de plusieurs séquences.
Chaque séquence au format MFA commence par une description sur une seule ligne, suivie de lignes de
données de séquence. La ligne de description se distingue des données de séquence par un
symbole supérieur à (">") dans la première colonne.
OPTIONS
-clustalw
utiliser le format de sortie CLUSTAW au lieu de MFA
-c --cohérence REP
utiliser 0 <= REP <= 5 (défaut : 0) passes de transformation de cohérence
-ir --iterative-raffinement REP
utiliser 0 <= REP <=1000 (par défaut : 0) passes de raffinement itératif
-pré --pré-formation REP
utiliser 0 <= REP <= 20 (par défaut : 0) tours de pré-entraînement
-paires
générer des alignements par paires de toutes les paires
-viterbi
utiliser l'algorithme de Viterbi pour générer toutes les paires (active automatiquement -paires)
-v --verbeux
Signaler la progression lors de l'alignement (par défaut : désactivé)
-pas NOM DE FICHIER
écrire une annotation pour un alignement multiple sur NOM DE FICHIER
-t --former NOM DE FICHIER
calculer les probabilités de transition EM, stocker dans NOM DE FICHIER (par défaut : aucune formation)
-e --émissions
réestimer également les probabilités d'émission (par défaut : désactivé)
-p --fichierparam NOM DE FICHIER
lire les paramètres de NOM DE FICHIER (défaut: )
-a --ordre d'alignement
imprimer les séquences dans l'ordre d'alignement plutôt que dans l'ordre d'entrée (par défaut : désactivé)
-g --facteur d'écart GF
utilisé GF comme paramètre de facteur d'écart, défini sur 0 pour une meilleure sensibilité, des valeurs plus élevées pour
meilleure spécificité (par défaut : 0.5)
-w --edge-weight-threshold W
arrêter le processus de recuit de séquence lorsque le meilleur bord a un poids inférieur à W, mis à 0
pour une meilleure sensibilité, des valeurs plus élevées pour une meilleure spécificité (par défaut : 0)
-programme --progressive
utiliser l'alignement progressif au lieu de l'alignement de recuit de séquence (par défaut : désactivé)
-pas d'ordre --pas de réorganisation des bords
désactiver la réorganisation des arêtes pendant l'alignement du recuit de séquence (par défaut : désactivé)
-pasmax --use-max-stepsize
utiliser la taille de pas d'amélioration maximale au lieu du classement des bords tGf (par défaut : désactivé)
-impression --print-postérieurs
n'imprime que les matrices de probabilité postérieures (par défaut : désactivé)
-gui La START ÉTAPE
sortie d'impression pour l'interface graphique Java basée sur AMAP Display (par défaut : ) à partir du poids La START
(par défaut : infini) avec la taille du pas ÉTAPE (défaut: )
EXEMPLES
Pour exécuter AMAP avec les options par défaut, remplacez aligner répertoire et tapez :
% une carte
Si aucun nom de fichier n'est fourni, la liste des options est imprimée.
Afin d'utiliser l'affichage AMAP, exécutez AMAP avec l'option -gui et enregistrez la sortie dans un
fichier, puis utilisez le fichier comme entrée pour AmapDisplay. Par exemple, tapez :
% aligner/amap -gui exemples/BB12020.tfa > exemples/BB12020.tfa.out
% Java -pot display/AmapDisplay.jar exemples/BB12020.tfa.out
(sur les systèmes Debian, le exemples le répertoire est dans /usr/share/doc/amap-align/exemples
REMARQUE
Dans les anciennes versions ( < 2.0-1) du paquet pour les systèmes Debian(TM), le une carte la commande était
renommé amap-aligner car il y avait déjà un autre outil appelé une carte (qui effectue certains
diagnostic de réseau informatique). Un lien symbolique amap-aligner est toujours fourni pour la mise à niveau
mais sera supprimé dans les versions Debian postérieures à Etch (Debian 4.0).
Utilisez amap en ligne en utilisant les services onworks.net
