bowtie-debug - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

Bowtie - aligneur de lecture courte ultrarapide et efficace en mémoire

DESCRIPTION

Utilisation : nœud papillon [options]* {-1 -2 | --12 | } [ ]

Liste de fichiers séparés par des virgules contenant des contraintes en amont (ou les séquences
eux-mêmes, si -c est défini) associé à des partenaires dans

Liste de fichiers séparés par des virgules contenant des contraintes en aval (ou les séquences
eux-mêmes si -c est défini) associé à des partenaires dans

Liste de fichiers séparés par des virgules contenant des lectures de style arbalète. Peut être un mélange de
apparié et non apparié. Spécifiez "-" pour stdin.

Liste de fichiers séparés par des virgules contenant des lectures non appariées, ou les séquences
eux-mêmes, si -c est réglé. Spécifiez "-" pour stdin.

Fichier dans lequel écrire les hits (par défaut : stdout)

Contribution:
-q les fichiers d'entrée de requête sont FASTQ .fq/.fastq (par défaut)

-f les fichiers d'entrée de requête sont (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r les fichiers d'entrée de requête sont bruts, une séquence par ligne

-c séquences de requêtes données sur la ligne cmd (comme , )

-C les lectures et l'index sont dans l'espace colorimétrique

-Q/--qualités
Fichier(s) QV correspondant aux entrées CSFASTA ; utiliser avec -f -C

--Q1/--Q2
même que -Q, mais pour les fichiers de contrainte 1 et 2 respectivement

-s/--sauter
sauter le premier lit/paire dans l'entrée

-u/--qupto
arrêter après le premier lectures/paires (hors lectures sautées)

-5/--trim5
garniture bases à partir de 5' (gauche) de la fin des lectures

-3/--trim3
garniture bases à partir de l'extrémité 3' (droite) des lectures

--phred33-quals
les qualités d'entrée sont Phred+33 (par défaut)

--phred64-quals
les qualités d'entrée sont Phred+64 (comme --solexa1.3-quals)

--solexa-quals
les qualités d'entrée proviennent de GA Pipeline ver. < 1.3

--solexa1.3-qualités
les qualités d'entrée proviennent de GA Pipeline ver. >= 1.3

--quals-entier
les qualités sont données sous forme d'entiers séparés par des espaces (pas ASCII)

--grand-index
forcer l'utilisation d'un 'grand' index, même si un petit est présent

Alignement:
-v
signaler les résultats de bout en bout avec <=v discordances ; ignorer les qualités

or

-n/--seedmms décalages max dans la graine (peut être 0-3, par défaut : -n 2)

-e/--maqerr
somme maximale des qualités de non-concordance sur l'alignement pour -n (déf : 70)

-l/--graine longueur de graine pour -n (par défaut : 28)

--nomaqround
désactiver l'arrondi de qualité de type Maq pour -n (le plus proche 10 <= 30)

-I/--minins
taille d'insertion minimale pour l'alignement des extrémités appariées (par défaut : 0)

-X/--maxins
taille d'insertion maximale pour l'alignement des extrémités appariées (par défaut : 250)

--fr//-rf/--ff -1, -2 les contraintes alignent fw/rev, rev/fw, fw/fw (par défaut : --fr)

--nouveau/--norque
ne pas aligner sur le brin de référence du complément avant/arrière

--maxbts
max # retours en arrière pour -n 2/3 (par défaut : 125, 800 pour --meilleur)

--pairs
max # tentatives de trouver un partenaire pour un coup d'ancrage (par défaut : 100)

-y/--faire un effort
s'efforcer de trouver des alignements valides, au détriment de la vitesse

--chunkmbs
mégaoctets maximum de RAM pour les meilleures premières images de recherche (def: 64)

Reporting:
-k
rapporter jusqu'à bons alignements par lecture (par défaut : 1)

-a/--tous
signaler tous les alignements par lecture (beaucoup plus lent que faible -k)

-m
supprimer tous les alignements si > exister (def: pas de limite)

-M
comme -m, mais signale 1 appel aléatoire (MAPQ=0) ; a besoin --meilleur

--meilleur coups garantis meilleure strate; liens rompus par la qualité

--couches
les hits dans les strates sous-optimales ne sont pas signalés (nécessite --meilleur)

Sortie :
-t/--temps
imprimer le temps de l'horloge murale pris par les phases de recherche

-B/--hors-base décalage de référence le plus à gauche = en sortie nœud papillon (par défaut : 0)

--silencieux
n'imprime rien d'autre que les alignements

--réfout
écriture des alignements sur les fichiers refXXXXX.map, 1 map par référence

--refidx
se référer à la réf. seqs par index basé sur 0 plutôt que par nom

--Al
écrire des lectures/paires alignées dans le(s) fichier(s)

--ONU
écrire des lectures/paires non alignées dans le(s) fichier(s)

--maximum
écrire des lectures/paires dessus -m limiter au(x) fichier(s)

--réprimer
supprime les colonnes données (délimitées par des virgules) dans la sortie par défaut

--référence complète
écrire le nom complet de la référence (par défaut : jusqu'au 1er espace uniquement)

Espace colorimétrique :
--snpphred
Pénalité Phred pour SNP lors du décodage de l'espace colorimétrique (def: 30)

or

--snpfrac
environ. fraction de bases SNP (par exemple 0.001) ; ensembles --snpphred

--col-cseq
imprimer les séquences d'espaces colorimétriques alignées sous forme de couleurs, pas de bases décodées

--col-cqual
imprimer les qualités de l'espace colorimétrique d'origine, pas les qualités décodées

--col-garde
garder les nucléotides aux extrémités de l'alignement décodé

SAM :
-S/--sam
écrire des hits au format SAM

--mapq
qualité de mappage par défaut (MAPQ) à imprimer pour les alignements SAM

--sam-nohead
supprimer les lignes d'en-tête (commençant par @) pour la sortie SAM

--sam-nosq
supprimer les lignes d'en-tête @SQ pour la sortie SAM

--sam-RG
ajouter (généralement "lab=value") à la ligne @RG de l'en-tête SAM

Performance :
-o/--offrate outrepasser le taux d'indexation ; doit être >= l'offrate de l'index

-p/--fils nombre de threads d'alignement à lancer (par défaut : 1)

- mm utiliser les E/S mappées en mémoire pour l'index ; de nombreux nœuds papillon peuvent partager

--shmem
utiliser la mémoire partagée pour l'index ; de nombreux nœuds papillon peuvent partager

Autres:
--la graine
graine pour générateur de nombres aléatoires

--verbeux
sortie verbeuse (pour le débogage)

--version
imprimer les informations sur la version et quitter

-h/--aider
imprimer ce message d'utilisation

64 bits Construit sur lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:48 UTC 2015 Compilateur : gcc version 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Options : -O3 -Wl,--hash-style=les deux -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
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long long, vide*, size_t, off_t} : {4, 8, 8, 8, 8, 8}

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