Il s'agit de la commande bp_oligo_countp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bp_oligo_count - nombre d'oligos et fréquence
SYNOPSIS
Utilisation : bp_oligo_count [-h/--help] [-l/--length OLIGOLENGTH]
[-f/--format SEQFORMAT] [-i/--in/-s/--séquence SEQFILE]
[-o/--out FICHIER SORTIE]
DESCRIPTION
Ce script compte l'occurrence et la fréquence pour tous les oligonucléotides de longueur donnée.
Il peut être utilisé pour déterminer quelles amorces sont utiles pour l'amorçage fréquent d'acide nucléique
pour l'étiquetage aléatoire.
Notez que ce script peut être exécuté en utilisant le programme compseq qui fait partie de
GAUFRER.
OPTIONS
Le format de séquence par défaut est fasta. Si aucun fichier de sortie n'est fourni, les résultats seront imprimés
à la sortie standard. Toutes les autres options peuvent être saisies de manière interactive.
COMMENTAIRES
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AUTEUR - Charles C. kim
Email [email protected]
HISTOIRE
Écrit le 2 juillet 2001
Soumis au projet de scripts bioperl 2001/08/06
>> Optimisation de la vitesse 100 fois par Heikki Lehvaslaiho
Utilisez bp_oligo_countp en ligne en utilisant les services onworks.net
