Il s'agit de la commande coverCount qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
coverCount - compter la couverture des lectures mappées à chaque emplacement sur l'ensemble
génome de référence
DESCRIPTION
coverCount Version 1.5.0-p1
Ce programme calcule la couverture des lectures mappées à chaque emplacement sur
le génome de référence. Il génère un fichier binaire pour chaque chromosome en concaténant les
niveaux de couverture sous forme de nombres entiers de 4 octets.
Utilisation
Nombre de couvertures [options] -i -o
Arguments requis :
-i
Nom du fichier d'entrée au format SAM ou BAM.
-o
Préfixe des fichiers de sortie. Chaque fichier de sortie contient des nombres entiers à quatre octets
Arguments facultatifs :
--maxMOp Nombre maximal d'opérations « M » autorisées dans une chaîne CIGAR.
10 par défaut. 'X' et '=" sont tous deux traités comme 'M' et les opérations 'M' adjacentes sont
fusionné dans la chaîne CIGAR.
coverCount Version 1.5.0-p1
Ce programme calcule la couverture des lectures mappées à chaque emplacement sur
le génome de référence. Il génère un fichier binaire pour chaque chromosome en concaténant les
niveaux de couverture sous forme de nombres entiers de 4 octets.
Utilisation
Nombre de couvertures [options] -i -o
Arguments requis :
-i
Nom du fichier d'entrée au format SAM ou BAM.
-o
Préfixe des fichiers de sortie. Chaque fichier de sortie contient des nombres entiers à quatre octets
Arguments facultatifs :
--maxMOp Nombre maximal d'opérations « M » autorisées dans une chaîne CIGAR.
10 par défaut. 'X' et '=" sont tous deux traités comme 'M' et les opérations 'M' adjacentes sont
fusionné dans la chaîne CIGAR.
Utiliser la couverture en ligne en utilisant les services onworks.net