Il s'agit de la commande danoise qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
dan - Calcule la température de fusion des acides nucléiques
SYNOPSIS
dan -séquence suite -la taille de la fenêtre entier -incrément de décalage entier -dnaconc flotter
-selconc flotter [-produit basculer] -formamide flotter -décalage flotter -prodlen entier
[-thermique basculer] -Température flotter -arna booléen -terrain basculer -mintemp flotter
-graphique xygraphe -fichier de sortie rapport
dan -Aide
DESCRIPTION
dan est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
Requis
-la taille de la fenêtre entier
Les valeurs du point de fusion et d'autres propriétés thermodynamiques de la séquence sont
déterminé en prenant une courte longueur de séquence connue sous le nom de fenêtre et en déterminant le
propriétés de la séquence dans cette fenêtre. La fenêtre est déplacée progressivement le long de la
séquence avec les propriétés calculées à chaque nouvelle position. Valeur par défaut : 20
-incrément de décalage entier
Il s'agit de la quantité dont la fenêtre est déplacée à chaque incrément afin de trouver le
point de fusion et d'autres propriétés le long de la séquence. Valeur par défaut : 1
-dnaconc flotter
Valeur par défaut : 50.
-selconc flotter
Valeur par défaut : 50.
Supplémentaire
Produit Options
-produit basculer
Cela demande le pourcentage de formamide, le pourcentage de discordances autorisées et la longueur du produit.
-formamide flotter
Ceci spécifie le pourcentage de formamide à utiliser dans les calculs (il est ignoré sauf si
-le produit est utilisé). Valeur par défaut : 0.
-décalage flotter
Ceci spécifie le pourcentage de non-concordance à utiliser dans les calculs (il est ignoré sauf si
-le produit est utilisé). Valeur par défaut : 0.
-prodlen entier
Ceci spécifie la longueur du produit à utiliser dans les calculs (elle est ignorée sauf si
-le produit est utilisé). Valeur par défaut : $(taille de la fenêtre)
Thermodynamique Options
-thermique basculer
Sortir les valeurs DeltaG, DeltaH et DeltaS des fenêtres de séquence vers les données de sortie
fichier.
-Température flotter
Si -thermo a été spécifié, cela spécifie la température à laquelle
calculer les valeurs DeltaG, DeltaH et DeltaS. Valeur par défaut : 25.
Avancé
-arna booléen
Ceci spécifie que la séquence est une séquence d'ARN et non une séquence d'ADN.
Sortie
-terrain basculer
Si cela n'est pas spécifié alors le fichier de données de sortie est produit, sinon un tracé de la
point de fusion le long de la séquence est produit.
-mintemp flotter
Entrez une valeur minimale pour l'échelle de température (axe des y) du tracé. Valeur par défaut:
55.
-graphique xygraphe
-fichier de sortie rapport
Si un tracé n'est pas produit, des données sur le point de fusion, etc., dans chaque fenêtre
le long de la séquence est sorti dans le fichier.
Utilisez dane en ligne en utilisant les services onworks.net
