fastqc - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

FastQC - outil d'analyse QC de séquence à haut débit

SYNOPSIS

fastqc fichier seq1 fichier seq2 .. fichier seqN

fastqc [-o dir de sortie] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam]

[-c fichier contaminant] seqfile1 .. seqfileN

DESCRIPTION

FastQC lit un ensemble de fichiers séquence et produit à partir de chacun un contrôle qualité
rapport composé d'un certain nombre de modules différents, dont chacun aidera à
identifier un autre type de problème potentiel dans vos données.

Si aucun fichier à traiter n'est spécifié sur la ligne de commande, le programme
démarrer comme une application graphique interactive. Si des fichiers sont fournis sur le
ligne de commande, le programme s'exécutera sans qu'aucune interaction de l'utilisateur ne soit requise. Dans ce
il convient à l'inclusion dans un pipeline d'analyse standardisé.

Les options du programme sont les suivantes :

-h --Aidez-moi
Imprimez ce fichier d'aide et quittez

-v --version
Imprimer la version du programme et quitter

-o --répertoire extérieur
Créez tous les fichiers de sortie dans le répertoire de sortie spécifié. Veuillez noter que ce
répertoire doit exister car le programme ne le créera pas. Si cette option n'est pas définie
alors le fichier de sortie pour chaque fichier de séquence est créé dans le même répertoire que le
fichier de séquence qui a été traité.

--manioc
Les fichiers proviennent de la sortie brute de casava. Fichiers du même groupe d'échantillons (différents uniquement
par le numéro de groupe) seront analysés comme un ensemble plutôt qu'individuellement. Séquences
avec l'indicateur de filtre défini dans l'en-tête seront exclus de l'analyse. Des dossiers
doivent avoir les mêmes noms que ceux que le casava leur a donnés (y compris être gzippés et
se terminant par .gz) sinon ils ne seront pas regroupés correctement.

--extrait
Si défini, le fichier de sortie compressé sera décompressé dans le même répertoire après
il a été créé. Par défaut, cette option sera définie si fastqc est exécuté dans
mode non interactif.

-j --Java
Fournit le chemin complet vers le binaire Java que vous souhaitez utiliser pour lancer fastqc. Si non
fourni, alors java est supposé être dans votre chemin.

--noextrait
Ne décompressez pas le fichier de sortie après l'avoir créé. Vous devez définir cette option si
vous ne souhaitez pas décompresser la sortie lors de l'exécution en mode non interactif.

--pas de groupe
Désactiver le regroupement des bases pour les lectures > 50 pb. Tous les rapports afficheront des données pour chaque
base dans la lecture. AVERTISSEMENT : L'utilisation de cette option entraînera le plantage et la gravure de fastqc.
si vous l'utilisez sur de très longues lectures, et vos tracés peuvent finir par une taille ridicule.
Tu étais prévenu!

-f --format
Contourne la détection normale du format de fichier de séquence et force le programme à utiliser
le format spécifié. Les formats valides sont bam, sam, bam_mapped, sam_mapped et fastq

-t --threads
Spécifie le nombre de fichiers pouvant être traités simultanément. Chaque fil
se verra allouer 250 Mo de mémoire, vous ne devriez donc pas exécuter plus de threads que votre
la mémoire disponible fera face, et pas plus de 6 threads sur une machine 32 bits

-c Spécifie un fichier autre que celui par défaut qui contient la liste des

--contaminants
contaminants pour cribler les séquences surreprésentées. Le fichier doit contenir
ensembles de contaminants nommés sous la forme name[tab]sequence. Les lignes précédées d'un
le hachage sera ignoré.

-k --kmers
Spécifie la longueur de Kmer à rechercher dans le module de contenu Kmer. Kmer spécifié
la longueur doit être comprise entre 2 et 10. La longueur par défaut est 5 si elle n'est pas spécifiée.

-q --silencieux
Supprimer tous les messages de progression sur stdout et ne signaler que les erreurs.

Utilisez fastqc en ligne en utilisant les services onworks.net