Il s'agit de la commande gmx-distance qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-distance - Calculer les distances entre des paires de positions
SYNOPSIS
distance gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oxyz [<.xvg>]]
[-Oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-toi ] [-xvg ]
[-[non]rmpbc] [-[non]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-seltype ] [-sélectionner ] [-len ]
[-tol ] [-binw ]
DESCRIPTION
gmx distance calcule les distances entre des paires de positions en fonction du temps. Chaque
la sélection spécifie un ensemble indépendant de distances à calculer. Chaque sélection doit
se composent de paires de positions, et les distances sont calculées entre les positions 1-2, 3-4,
et ainsi de suite
-oav écrit la distance moyenne en fonction du temps pour chaque sélection. -oall écrit
toutes les distances individuelles. -oxyz fait de même, mais les composantes x, y et z du
distance sont écrits à la place de la norme. -Oh écrit un histogramme des distances pour
chaque sélection. L'emplacement de l'histogramme est défini avec -len et -tol. La largeur du bac est définie
avec -binw. -oallstat écrit la moyenne et l'écart type pour chaque individu
distance, calculée sur les trames.
Notez que gmx distance calcule les distances entre les paires fixes (1-2, 3-4, etc.) dans un
sélection unique. Pour calculer les distances entre deux sélections, y compris le minimum,
distances maximales et par paires, utilisez gmx pairdiste.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Facultatif)
Trajectoire d'entrée ou configuration unique : xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure d'entrée : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Groupes d'index supplémentaires
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-oav [<.xvg>] (distave.xvg) (Facultatif)
Distances moyennes en fonction du temps
-oall [<.xvg>] (dist.xvg) (Facultatif)
Toutes les distances en fonction du temps
-oxyz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (Facultatif)
Composantes de distance en fonction du temps
-Oh [<.xvg>] (disthist.xvg) (Facultatif)
Histogramme des distances
-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (Facultatif)
Statistiques pour les distances individuelles
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utiliser le cadre que si t MOD dt == première fois (ps)
-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrâce)
Formatage du tracé : aucun, xmgrace, xmgr
-[non]rmpbc (Oui)
Rendre les molécules entières pour chaque image
-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques pour le calcul de la distance
-sf
Fournir des sélections à partir de fichiers
-selrpos (atome)
Positions de référence de sélection : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-seltype (atome)
Positions de sortie de sélection par défaut : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-sélectionner
Paires de position pour calculer les distances pour
-len (0.1)
Distance moyenne pour l'histogramme
-tol (1)
Largeur de distribution complète en fraction de -len
-binw (0.001)
Largeur du bac pour l'histogramme
Utilisez gmx-distance en ligne en utilisant les services onworks.net
