Il s'agit de la commande gt-compreads-refcompress qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-compreads-refcompress - Génère un codage compact pour les données fastq à l'aide de Reference
Lectures compressées (RCR).
SYNOPSIS
gt comprime refcompresser [option ...] (-bam fichier -ref fichier)
DESCRIPTION
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-mégal [oui|non]
stocker la qualité du mappage pour chaque lecture (par défaut : non)
-qualités [oui|non]
stocker toutes les valeurs de qualité pour chaque lecture, cela implique l'activation de l'option "vquals"
(par défaut : non)
-vquals [oui|non]
stocker les valeurs de qualité des positions de lecture ayant des variations par rapport à la référence
(par défaut : non)
-desc [oui|non]
stocker le nom de lecture pour chaque lecture (par défaut : non)
-urereads [oui|non]
stocker les lectures non mappées dans un fichier fastq séparé (le nom de base sera la valeur donnée dans
le nom et le suffixe seront " _unmapped.fastq" (par défaut : non)
-réf [un magnifique]
Fichier d'index (généré par l'outil gt encseq) pour le génome de référence. (défaut:
indéfini)
-bam [un magnifique]
Fichier contenant l'alignement des lectures sur le génome (fichier ".bam" trié). (défaut:
indéfini)
-patate douce [un magnifique]
spécifiez le nom de base du RCR à générer. S'il n'est pas défini, le nom de base sera défini sur base
nom de la valeur donnée pour l'option "bam" (par défaut : undefined)
-Aide
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-version
afficher les informations de version et quitter
DE LA LIGNE BOGUES
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