gt-gff3 - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gt-gff3 - Analyse, éventuellement transformation et sortie des fichiers GFF3.

SYNOPSIS

gt gff3 [option ...] [GFF3_fichier ...]

DESCRIPTION

-sorte [oui|non]
trier les fonctionnalités GFF3 (la consommation de mémoire est proportionnelle à la taille du ou des fichiers d'entrée)
(par défaut : non)

-lignes de tri [oui|non]
trier les caractéristiques GFF3 sur une base de ligne stricte (pas trié comme défini par GenomeTools)
(par défaut : non)

-numéro de tri [oui|non]
activer le tri numérique naturel pour les régions de séquence (non triées comme défini par
GenomeTools) (par défaut : non)

-bien rangé [oui|non]
essayez de ranger les fichiers GFF3 pendant l'analyse (par défaut : non)

-retainids [oui|non]
lorsqu'ils sont disponibles, utilisez les identifiants d'origine fournis dans le fichier source (consommation de mémoire
est proportionnel à la(aux) taille(s) du fichier d'entrée) (par défaut : non)

-checkids [oui|non]
assurez-vous que les attributs d'ID sont uniques dans la portée de chaque GFF3_file, comme requis
par spécification GFF3 (la consommation de mémoire est proportionnelle à la taille des fichiers d'entrée).
Si les entités avec le même attribut Parent ne sont pas séparées par un # ligne le GFF3
l'analyseur essaye de les traiter comme une fonctionnalité multiligne. Cela nécessite au moins une correspondance
ID et types de séquences. (par défaut : non)

-ajoute [oui|non]
ajouter automatiquement les lignes "##sequence-region" manquantes (par défaut : oui)

-fixer les limites de la région [oui|non]
ajuste automatiquement les lignes "##sequence-region" pour contenir toutes leurs caractéristiques (mémoire
la consommation est proportionnelle à la taille des fichiers d'entrée) (par défaut : non)

-addintrons [oui|non]
ajouter des fonctionnalités intron entre les fonctionnalités exon existantes (par défaut : non)

-décalage [Plus-value]
transformer toutes les entités par le décalage donné

-fichier de décalage [nom de fichier]
transformer toutes les entités par les décalages donnés dans le fichier (par défaut : undefined)

-setsource [un magnifique]
définir la la source valeur (2ème colonne) de chaque caractéristique (par défaut : undefined)

-vérification de type [un magnifique]
utiliser une ontologie donnée dans un fichier OBO pour valider les relations parent-enfant. Sinon
est donné, le fichier sofa.obo du répertoire gtdata/obo_files est utilisé. Si
un argument est donné, il est utilisé comme nom de fichier OBO. Dans le cas où un tel fichier ne
n'existe pas .obo est ajouté à l'argument et charge le nom de fichier résultant à partir du
Le répertoire gtdata/obo_files est tenté. (par défaut : non défini)

-xrfcheck [un magnifique]
vérifier les attributs Dbxref et Ontology_term pour une syntaxe correcte selon un
fichier de définition d'abréviation. Si aucun argument n'est donné, le fichier GO.xrf_abbs du
Le répertoire gtdata/xrf_abbr est utilisé. Si un argument est donné, il est utilisé comme un
nom de fichier pour un fichier d'abréviation. Dans le cas où un tel fichier n'existe pas,
.xrf_abbr est ajouté à l'argument et charge le nom de fichier résultant à partir du
Le répertoire gtdata/xrf_abbr est tenté. (par défaut : non défini)

-spectacle [oui|non]
afficher la sortie GFF3 (par défaut : oui)

-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)

-largeur [Plus-value]
définir la largeur de sortie pour l'impression de séquence FASTA (0 désactive le formatage) (par défaut : 0)

-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)

-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)

-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)

-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)

-Aide
afficher l'aide et quitter

-version
afficher les informations de version et quitter

Format de fichier pour l'option -fichier de décalage:

Le fichier fourni à l'option -fichier de décalage définit une table de mappage nommée « offsets ». Il cartographie
les entrées de région de séquence données dans le fichier GFF3 aux décalages. Il peut être défini comme
suit:

décalages = {
chr1 = 1000,
chr2 = 500
}

Lorsque cet exemple est utilisé, toutes les fonctionnalités avec le seqid "chr1" seront décalées de 1000 et toutes
fonctionnalités avec seqid "chr2" par 500.

If -fichier de décalage est utilisé, les décalages pour toutes les régions de séquence contenues dans les fichiers GFF3 donnés
doit être défini.

DE LA LIGNE BOGUES

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