hmmpgmd - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

hmmpgmd - démon pour rechercher une requête de protéine dans une base de données de protéines

SYNOPSIS

hmmpgmd [choix]

DESCRIPTION

Le manuel de formation hmmpgmd Le programme est le démon que nous utilisons en interne pour le serveur Web hmmer.org, et
se situe essentiellement devant les programmes de recherche de protéines phmmer, hmmrechercheet hmmscan.

Utiliser hmmpgmd, une instance doit d'abord être démarrée en tant que maître serveur, et fourni avec
au moins un d'un séquence base de données (en utilisant le --seqdb drapeau) et/ou un HMM base de données (À L'Aide De
le --hmmdb Une base de données de séquences doit être au format hmmpgmd, qui peut être
produit en utilisant esl-reformat. Une base de données HMM est de la forme produite par hmmconstruireL’
Les bases de données d'entrée seront chargées en mémoire par le maître. Une fois le maître terminé,
lors du chargement de la ou des bases de données, il imprime la ligne : « Données chargées en mémoire. Le maître est prêt. »

Ce n'est qu'une fois que le maître est prêt qu'une ou plusieurs instances de hmmpgmd peuvent être démarrées en tant que travailleurs.
Ces travailleurs peuvent être (et sont généralement) sur des machines différentes du maître, mais doivent
avoir accès aux mêmes fichiers de base de données que ceux fournis au maître, avec le même chemin d'accès.
avec le maître, chaque travailleur charge la ou les bases de données en mémoire et indique l'achèvement
en imprimant : « Données chargées en mémoire. Le travailleur est prêt. »

Le serveur maître et les workers doivent rester opérationnels. Un ou plusieurs clients doivent alors
se connecter au maître et soumettre éventuellement de nombreuses requêtes. Le maître répartit le travail de
une requête parmi les travailleurs, collecte les résultats et les fusionne avant de répondre à la
client. Deux exemples de programmes clients sont inclus dans le répertoire src de HMMER3.1 : le C
Programme hmmc2 et le script perl hmmpgmd_client_example.pl. Ceux-ci sont destinés à
exemples seulement, et doivent être étendus si nécessaire pour répondre à vos besoins.

Une requête est soumise au maître par le client sous forme de chaîne de caractères. Les requêtes peuvent être
le genre qui serait normalement traité par phmmer (séquence protéique vs base de données protéique),
hmmrecherche (requête HMM sur les protéines vs base de données sur les protéines), ou hmmscan (requête sur les protéines vs. protéines
(base de données HMM).

La forme générale d'une requête client consiste à commencer par une seule ligne du formulaire @[options],
suivi de plusieurs lignes de texte représentant soit la requête HMM, soit le format fasta
séquence. La dernière ligne de chaque requête est le séparateur //.

Par exemple, pour effectuer une phmmer recherche de type d'une séquence dans une base de données de séquences
fichier, la première ligne est de la forme @--seqdb 1, puis la séquence de requête formatée fasta
en commençant par la ligne d'en-tête >nom-de-séquence, suivi d'une ou plusieurs lignes de séquence,
et enfin la clôture //.

Pour effectuer un hmmrecherche type de recherche, la séquence de requête est remplacée par le texte intégral d'un
Requête au format HMMER HMM.

Pour effectuer un hmmscan tapez la recherche, le texte correspond à celui du phmmer recherche de type, sauf
que la première ligne change en @--hmmdb 1.

Dans le fichier de base de données de séquences au format hmmpgmd, chaque séquence peut être associée à une
ou plusieurs sous-bases de données. --seqdb Le drapeau indique laquelle de ces sous-bases de données sera
interrogé. Le format de base de données HMM ne prend pas en charge les sous-bases de données.

Le résultat de chaque requête est une structure de données non documentée au format binaire. À l'avenir
les données seront renvoyées dans une structure sérialisée appropriée, mais pour l'instant, cela nécessite
Déballage minutieux au sein du client. Les exemples clients illustrent cette démarche.

OPTIONS

-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.

EXPERT OPTIONS

--Maître
Exécuter en tant que serveur maître.

--ouvrier
Exécuter en tant que travailleur, en se connectant au serveur maître qui s'exécute sur l'adresse IP .

--démon
Exécuter en tant que démon à l'aide du fichier de configuration : /etc/hmmpgmd.conf

--cport
Port à utiliser pour la communication entre les clients et le serveur maître. Port par défaut.
est 51371.

--wport
Port à utiliser pour la communication entre les travailleurs et le serveur maître. Port par défaut.
est 51372.

--ccncts
Nombre maximal de connexions client à accepter. La valeur par défaut est 16.

--wcncts
Nombre maximal de connexions de travailleurs à accepter. La valeur par défaut est 32.

--pid
Nom du fichier dans lequel l'ID du processus sera écrit.

--seqdb
Nom du fichier (au format hmmpgmd) contenant les séquences protéiques. Le contenu de
ce fichier sera mis en cache pour les recherches.

--hmmdb
Nom du fichier contenant les HMM protéiques. Le contenu de ce fichier sera mis en cache.
pour les recherches.

--CPU
Nombre de threads parallèles à utiliser (pour --ouvrier ).

Utilisez hmmpgmd en ligne à l'aide des services onworks.net