C'est la commande infernale qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
Infernal - analyse de séquence à l'aide de profils de séquence d'ARN et de structure secondaire
consensus
SYNOPSIS
cmaligner
Aligner les séquences sur un modèle de covariance
cmbuild
Construire des modèles de covariance à partir de séquences multiples d'ARN structurellement annotées
alignement(s)
cmcalibrer
Ajuster les queues exponentielles pour la détermination de la valeur E du modèle de covariance
cmconvertir
Convertir les fichiers de modèle de covariance infernale
cmmettre
Exemples de séquences à partir d'un modèle de covariance
cmfetch
Récupérer le(s) modèle(s) de covariance à partir d'un fichier
cmpress
Préparer une base de données de modèle de covariance pour cmscan
cmscan
Séquence(s) de recherche par rapport à une base de données de modèle de covariance
cmrecherche
Rechercher des modèles de covariance par rapport à une base de données de séquences
cmstat
statistiques récapitulatives pour un fichier de modèle de covariance
DESCRIPTION
Infernal est une suite de plusieurs programmes pour l'alignement et la base de données de séquences d'ARN structurels
recherche d'homologie. Il utilise des modèles probabilistes appelés « modèles de covariance » (MC) pour
représentent les homologues évolutifs probables d'un alignement multiple (ou séquence unique) de
une famille de séquences d'ARN structurales.
Accompagné de la base de données Rfam des familles d'ARN et des CM associés
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal peut être utilisé pour annoter des homologues de structures connues
Familles d'ARN dans les génomes.
Infernal est étroitement lié à la suite logicielle HMMER pour l'analyse de familles de séquences utilisant
HMM de profil (http://hmmer.org), mais est conçu spécifiquement pour la séquence d'ARN structurel
des familles. En plus de modéliser la séquence conservée d'une famille comme le font les HMM de profil,
Les CM modélisent la structure secondaire conservée et bien emboîtée (non pseudo-nouée) de la famille comme
bien. Par conséquent, les méthodes de recherche et d'alignement CM sont relativement
cher. Infernal utilise des HMM de profil comme filtres et pour dériver des contraintes afin de rendre le
Méthodes CM plus pratiques.
Infernal est utilisé dans trois modes principaux : pour rechercher dans une base de données de séquences de nouveaux homologues d'un
Famille d'ARN (ou annoter des homologues dans un génome) ; rechercher une base de données CM (comme Rfam) pour trouver
à quelle famille connue appartient une séquence de requête ; et pour construire automatiquement de grands
alignements multiples (c'est-à-dire avec un nombre effectivement illimité de séquences) à l'aide d'un CM
représentatif d'une famille de séquences.
Supposons que vous ayez un alignement de séquences multiples annoté structurellement d'une séquence d'ARN
famille d'intérêt et vous souhaitez rechercher dans une base de données de séquences des homologues supplémentaires.
La cmbuild le programme construit des modèles de covariance à partir de plusieurs alignements et cmcalibrer
détermine les paramètres importants pour estimer la signification statistique de la base de données
hits au modèle dans les recherches ultérieures.
La cmrecherche le programme recherche le(s) CM(s) dans une base de données de séquences.
Supposons que vous ayez des séquences que vous souhaitez analyser à l'aide d'une base de données CM basée sur Infernal
comme Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). La cmpress le programme formate un modèle de covariance
(comme le fichier que vous téléchargeriez depuis Rfam) dans une base de données binaire Infernal. Les
cmscan le programme recherche la ou les séquences dans cette base de données.
Supposons que vous vouliez aligner de nombreuses séquences. Vous pouvez construire un petit
alignement structurel d'un ensemble représentatif de séquences, construire un CM avec cmbuild, ainsi que
utiliser le cmaligner programme pour aligner un nombre quelconque de séquences sur ce CM.
Infernal comprend également des outils auxiliaires pour travailler avec de grandes bases de données CM. cmfetch
récupère un ou plusieurs CM dans une base de données. cmstat imprime des statistiques récapitulatives sur un CM
fichier.
Pour la compatibilité avec les versions précédentes d'Infernal, ainsi qu'avec HMMER, le cmconvertir
programme convertit les fichiers CM en quelques autres formats.
La cmmettre programme génère (simule) des séquences "homologues" par échantillonnage à partir d'un CM. Ce
peut également générer une séquence "consensuelle".
Chaque programme a sa propre page de manuel.
Utilisez infernal en ligne en utilisant les services onworks.net
