Il s'agit de la commande libscane qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
libscan - Recherches diagnostiques de familles de protéines.
SYNOPSIS
libscan -mode liste -grib booléen -hénik booléen -Hmm booléen -sam booléen -pssm booléen
-sig booléen -hmmchemin un magnifique -hmextn un magnifique -hmmoutpath un magnifique -hmmouttextn un magnifique
-sampath un magnifique -mêmextn un magnifique -samoutpath un magnifique -samoutexn un magnifique
-pssmpath un magnifique -pssmextn un magnifique -nitre entier -battre flotter -maxhit entier
-pssmoutpath un magnifique -pssmouttextn un magnifique -gbvchemin un magnifique -gbvextn un magnifique
-gbvgapo flotter -gbvgape flotter -gbvoutchemin un magnifique -gbvoustextn un magnifique
-hnfpath un magnifique -hnfextn un magnifique -hnfgapo flotter -hnfgape flotter -hnfoutchemin un magnifique
-hnfoutextn un magnifique -chemin de signature un magnifique -sigextn un magnifique -nterm liste -sous matricef
-sigapo flotter -siggape flotter -sigoutpath un magnifique -sigoutextn un magnifique -Db ensemble de séquences
-scopf dans le fichier
libscan -Aide
DESCRIPTION
libscan est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Protéine:Structure 3D".
OPTIONS
-mode liste
libscan fonctionne dans l'un des deux modes soit (i) mode de recherche de base de données ou (ii) bibliothèque
mode écran. En mode de recherche de base de données, libscan lit un ou plusieurs répertoires chacun
contenant un seul type d'élément discriminant, les types autorisés sont clairsemés
signature de séquence, profil de Gribskov, profil de Henikoff ou modèle de Markov caché. Dans
mode d'écran de la bibliothèque, libscan lit un ensemble de séquences, examine chaque séquence par rapport au
bibliothèque (répertoires d'éléments discriminants) et écrit un fichier d'analyse de bibliothèque (de
familles les mieux notées) pour chacun. Valeur par défaut : 2
-grib booléen
Valeur par défaut : N
-hénik booléen
Valeur par défaut : N
-Hmm booléen
Valeur par défaut : N
-sam booléen
Valeur par défaut : N
-pssm booléen
Valeur par défaut : O
-sig booléen
Valeur par défaut : N
-hmmchemin un magnifique
Valeur par défaut: ./lib/
-hmextn un magnifique
Valeur par défaut : .hmm
-hmmoutpath un magnifique
Valeur par défaut: ./
-hmmouttextn un magnifique
Valeur par défaut : .hmmout
-sampath un magnifique
Valeur par défaut: ./
-mêmextn un magnifique
Valeur par défaut : .mod
-samoutpath un magnifique
Valeur par défaut: ./
-samoutexn un magnifique
Valeur par défaut : .samout
-pssmpath un magnifique
Valeur par défaut : /data/structure/lib/pssm/
-pssmextn un magnifique
Valeur par défaut : .chk
-nitre entier
Valeur par défaut : 1
-battre flotter
Valeur par défaut : 100
-maxhit entier
Valeur par défaut : 1000
-pssmoutpath un magnifique
Valeur par défaut: ./
-pssmouttextn un magnifique
Valeur par défaut : .pssmout
-gbvchemin un magnifique
Valeur par défaut: ./
-gbvextn un magnifique
Valeur par défaut : .grib
-gbvgapo flotter
Valeur par défaut : 10.0
-gbvgape flotter
Valeur par défaut : 0.5
-gbvoutchemin un magnifique
Valeur par défaut: ./
-gbvoustextn un magnifique
Valeur par défaut : .gribout
-hnfpath un magnifique
Valeur par défaut: ./
-hnfextn un magnifique
Valeur par défaut : .henik
-hnfgapo flotter
Valeur par défaut : 10.0
-hnfgape flotter
Valeur par défaut : 0.5
-hnfoutchemin un magnifique
Valeur par défaut: ./
-hnfoutextn un magnifique
Valeur par défaut : .henikout
-chemin de signature un magnifique
Valeur par défaut: ./
-sigextn un magnifique
Valeur par défaut : .sig
-nterm liste
Valeur par défaut : 1
-sous matricef
Valeur par défaut : EBLOSUM62
-sigapo flotter
Valeur par défaut : 10.0
-siggape flotter
Valeur par défaut : 0.5
-sigoutpath un magnifique
Valeur par défaut: ./
-sigoutextn un magnifique
Valeur par défaut : .sigout
-Db ensemble de séquences
En mode de recherche dans la base de données, libscan analyse chaque élément discriminant par rapport à une séquence
ensemble. En mode écran de bibliothèque, libscan lit un ensemble de séquences et filtre chaque séquence
par rapport à la bibliothèque (répertoires des éléments discriminants) Valeur par défaut : 49142.vdhf
-scopf dans le fichier
Dans l'un ou l'autre mode, un « fichier de classification scop » est requis comme source de famille
données de classement. Un fichier de classification scop contient la classification et d'autres données
pour les domaines de la base de données scop. Le fichier est au format embl-like et est généré
par scopparse. Les informations de séquence de domaine peuvent être ajoutées au fichier à l'aide de scopseqs.
Valeur par défaut : /data/structure/dcf/scop_raw.dcf
Utiliser libscane en ligne à l'aide des services onworks.net
