mia-2dmyoicapgt - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mia-2dmyoicapgt - Exécute un enregistrement d'une série d'images 2D.

SYNOPSIS

mia-2dmyoicapgt -i -o [choix]

DESCRIPTION

mia-2dmyoicapgt Ce programme implémente un algorithme de compensation de mouvement à deux passes. D'abord un
l'enregistrement linéaire est exécuté sur la base d'une variante de Gupta et al. "Entièrement automatique
enregistrement et segmentation des séquences d'images IRM de perfusion myocardique de premier passage",
Academic Radiology 17, 1375-1385 comme décrit dans Wollny G, Kellman P, Santos A,
Ledesma-Carbayo MJ, « Compensation automatique du mouvement de la respiration libre acquise myocardique
Données de perfusion à l'aide d'une analyse en composantes indépendantes", Analyse d'images médicales, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004, suivi d'un enregistrement non linéaire basé sur Chao Li et
Ying Sun, « Enregistrement non rigide de l'IRM de perfusion myocardique à l'aide d'une pseudo-vérité au sol »,
En Proc. Imagerie médicale et intervention assistée par ordinateur MICCAI 2009, 165-172,
2009. Notez que pour cette correction de mouvement non linéaire une étape d'enregistrement linéaire précédente
est généralement requis. Cette version du programme peut exécuter toutes les inscriptions en parallèle.

OPTIONS

Faux Sol vérité estimation
-A --alpha=0.1
poids de pénalité de quartier spatial poids de pénalité de quartier spatial

-B --bêta=4
pénalité de dérivée seconde temporelle poids pénalité de dérivée seconde temporelle
poids

-T --rho-seuil=0.85
seuil de corrélation pour l'analyse de voisinageseuil de corrélation pour
analyse de quartier

Fichier-IO
-i --in-file=(entrée, requise); chaîne de caractères
jeu de données de perfusion d'entrée

-o --out-file=(sortie, requise); chaîne de caractères
ensemble de données de perfusion de sortie

-r --enregistré=
Base de nom de fichier pour les images enregistrées. Type d'image et schéma de numérotation
sont extraites des images d'entrée telles qu'elles sont données dans l'ensemble de données d'entrée.

--save-cropped=(sortie); chaîne de caractères
enregistrer l'ensemble recadré dans ce fichier, les fichiers image utiliseront la racine du nom
comme base de nom de fichier

--save-feature=(sortie); chaîne de caractères
enregistrer les images des caractéristiques de segmentation et la matrice de mélange ICA initiale

--save-refs=(sortie); chaîne de caractères
pour chaque passe d'enregistrement, enregistrez les images de référence dans des fichiers avec le
base de nom

--save-regs=(sortie); chaîne de caractères
pour chaque passe d'enregistrement enregistrer les images enregistrées intermédiaires

d’aide & Info
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

ICA
-C --composants=0
Composantes ICA 0 = estimation automatique Composantes ICA 0 = automatique
estimation

--normaliser
circuits intégrés normalisés

--no-meantrip
ne pas enlever la moyenne des courbes de mélange

-s --segscale=0
segmenter et mettre à l'échelle la zone de recadrage autour du segment LV (0=pas de segmentation) et
redimensionner la zone de recadrage autour du LV (0=pas de segmentation)

-k --skip = 0
sauter les images au début de la série par exemple parce qu'elles sont d'autres
les modalités ignorent les images au début de la série, par exemple parce qu'elles
sont d'autres modalités

-m --max-ica-iter=400
nombre maximum d'itérations dans ICAnombre maximum d'itérations dans ICA

-E --segmethod=caractéristiques
Méthode de segmentation
delta-pic ‐ différence des images d'amélioration de pic
Caractéristiques - des images de vedette
delta-fonctionnalité ‐ différence des images caractéristiques

-b --min-respiration-fréquence=-1
fréquence moyenne minimale dont une courbe de mélange peut être considérée comme provenant de
respiration. Un taux de respiration au repos sain est de 12 par minute. Une valeur négative
désactive le test. Une valeur 0.0 force la série à être identifiée comme
acquise avec l'apnée initiale.fréquence moyenne minimale une courbe de mélange peut
doivent être considérés comme provenant de la respiration. Un rythme respiratoire sain au repos est
12 par minute. Une valeur négative désactive le test. Une valeur 0.0 force le
série à identifier comme acquise avec apnée initiale.

En cours
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

Inscription
-L --linear-optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
Optimiseur utilisé pour minimiser l'enregistrement linéaire La valeur de chaîne
sera utilisé pour construire un plug-in. Pour les plugins pris en charge, voir
PLUGINS : minimiseur/coût unique

--linear-transform=affiné
transformation linéaire à utiliser La valeur de chaîne sera utilisée pour construire un
brancher. Pour les plugins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/transform

-O --non-linear-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Optimiseur utilisé pour la minimisation dans l'enregistrement non linéaire. La chaîne
value sera utilisé pour construire un plug-in. Pour les plugins pris en charge, voir
PLUGINS : minimiseur/coût unique

-a --start-c-rate=16
taux de coefficient de démarrage dans les épines, est divisé par --c-rate-divider avec
chaque taux de coefficinet pass.start dans les épines, est divisé par
--c-rate-divider à chaque passage.

--c-rate-diviseur=2
Diviseur de débit suffisant pour chaque passe.Diviseur de débit suffisant pour chaque passe.

-d --start-divcurl=10000
Commencer le poids divcurl, est divisé par --divcurl-divider avec chaque
pass.Start divcurl weight, est divisé par --divcurl-divider avec chaque
passer.

--divcurl-diviseur=2
Mise à l'échelle du poids Divcurl à chaque nouvelle passe. Mise à l'échelle du poids Divcurl à chaque
nouveau laissez-passer.

-R --référence=-1
La référence globale sur laquelle toutes les images doivent être alignées. Si défini sur une valeur non négative
valeur, les images seront alignées sur ces références et la sortie recadrée
la date de l'image sera injectée dans les images originales. Partez à -1 si vous
ne vous en souciez pas. Dans ce cas, toutes les images doivent être enregistrées à une position moyenne de
la référence movementGlobal sur laquelle toutes les images doivent être alignées. Si réglé sur un
valeur non négative, les images seront alignées sur ces références, et le
la date de l'image de sortie recadrée sera injectée dans les images d'origine. Laisser
à -1 si vous ne vous en souciez pas. Dans ce cas, toutes les images doivent être enregistrées dans un
position moyenne du mouvement

-w --imagecost=image:poids=1,coût=ssd
coût de l'image, ne spécifiez pas les paramètres src et ref, ceux-ci seront définis par
le programme. La valeur de chaîne sera utilisée pour construire un plug-in. Pour
plugins pris en charge voir PLUGINS:2dimage/fullcost

-l --mg-niveaux=3
niveaux multi-résolutionniveaux multi-résolution

-p --passes-linéaires=3
passes de repérage linéaire (0 à désactiver)passes de repérage linéaire (0 à
désactiver)

-P --non-linear-passes=3
passes d'enregistrement non linéaires (0 pour désactiver)passes d'enregistrement non linéaires
(0 pour désactiver)

PLUGINS : 1j/splinebc

miroir Conditions aux limites d'interpolation de spline qui se reflètent sur la limite

(pas de paramètres)

répéter Conditions aux limites d'interpolation de spline qui répètent la valeur à la limite

(pas de paramètres)

zéro Conditions aux limites d'interpolation spline qui supposent zéro pour les valeurs extérieures

(pas de paramètres)

PLUGINS : 1j/splinekernel

bspline Création du noyau B-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [0, 5]
Degré de spline.

mamans Création du noyau OMoms-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [3, 3]
Degré de spline.

PLUGINS : 2dimage/coût

lncc corrélation croisée normalisée locale avec prise en charge du masquage., paramètres pris en charge
sont:

w = 5 ; uint dans [1, 256]
demi-largeur de la fenêtre utilisée pour évaluer la croix localisée
corrélation.

lsd Mesure de la distance des moindres carrés

(pas de paramètres)

mi Informations mutuelles basées sur Spline parzen., les paramètres pris en charge sont :

cut = 0 ; flotter dans [0, 40]
Pourcentage de pixels à couper à haute et basse intensités à supprimer
valeurs aberrantes.

mbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image animée.

noyau = [bspline:d=3] ; usine
Noyau Spline pour l'hinstogram parzen d'images animées. Pour les plug-ins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image de référence.

noyau = [bspline:d=0] ; usine
Noyau Spline pour l'image de référence parzen hinstogram. Pour les plug-ins pris en charge
ins voir PLUGINS:1d/splinekernel

nCC corrélation croisée normalisée.

(pas de paramètres)

nfg Cette fonction évalue la similarité de l'image sur la base du gradient normalisé
des champs. Divers noyaux d'évaluation sont disponibles, les paramètres pris en charge sont :

eval = ds ; dict
sous-type de plug-in. Les valeurs prises en charge sont :
sq - carré de la différence
ds ‐ carré de la différence mise à l'échelle
point ‐ noyau de produit scalaire
traverser ‐ noyau de produit croisé

ssd Coût imaga 2D : somme des différences au carré, les paramètres pris en charge sont :

battage automatique = 0 ; flotter dans [0, 1000]
Utiliser le masquage automatique de l'image en mouvement en ne prenant que les valeurs d'intensité
en compte qui sont plus grands que le seuil donné.

norme = 0 ; bobo
Définissez si la métrique doit être normalisée par le nombre de pixels de l'image.

masque automatique ssd
Coût de l'image 2D : somme des différences au carré, avec masquage automatique basé sur
seuils, les paramètres pris en charge sont :

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image de référence.

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image source.

PLUGINS : 2dimage/plein coût

image Fonction de coût de similarité d'image généralisée qui gère également la multi-résolution
En traitement. La mesure de similarité réelle est donnée comme paramètre supplémentaire.,
les paramètres pris en charge sont :

sables moins coûteux = ssd; usine
Noyau de fonction de coût. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/cost

déboguer = 0 ; bobo
Enregistrez les résultats intermédiaires pour le débogage.

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

étiquetteimage
Fonction de coût de similarité qui mappe les étiquettes de deux images et gère les étiquettes-
en préservant le traitement multi-résolution., les paramètres pris en charge sont :

déboguer = 0 ; entier dans [0, 1]
écrire les transformations de distance sur une image 3D.

étiquette max = 256 ; entier dans [2, 32000]
nombre maximal d'étiquettes à considérer.

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

image masquée
Fonction de coût de similarité d'image masquée généralisée qui gère également plusieurs
traitement de résolution. Les masques fournis doivent être des régions densément remplies dans
traitement multi-résolution car sinon les informations de masque peuvent être perdues
lors de la réduction d'échelle de l'image. Le masque de référence et le masque transformé du
l'image d'étude sont combinées par ET binaire. La mesure de similarité réelle est donnée
es paramètre supplémentaire., les paramètres pris en charge sont :

sables moins coûteux = ssd; usine
Noyau de fonction de coût. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS :2dimage/maskedcost

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

ref-masque =(entrée, chaîne)
Masque d'image de référence (binaire).

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

src-masque =(entrée, chaîne)
Masque d'image d'étude (binaire).

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

PLUGINS : image 2D/io

bmp Prise en charge d'entrée/sortie d'images BMP 2D

Extensions de fichiers reconnues : .BMP, .bmp

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

dico io d'image 2D pour DICOM

Extensions de fichiers reconnues : .DCM, .dcm

Types d'éléments pris en charge :
signé 16 bits, non signé 16 bits

exr un plugin 2dimage io pour les images OpenEXR

Extensions de fichiers reconnues : .EXR, .exr

Types d'éléments pris en charge :
32 bits non signé, virgule flottante 32 bits

jpg un plugin 2dimage io pour les images jpeg en niveaux de gris

Extensions de fichiers reconnues : .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Types d'éléments pris en charge :
8 bits non signé

png un plugin 2dimage io pour les images png

Extensions de fichiers reconnues : .PNG, .png

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés

brut Prise en charge de la sortie d'images RAW 2D

Extensions de fichiers reconnues : .RAW, .raw

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

tif Prise en charge d'entrée/sortie d'images TIFF 2D

Extensions de fichiers reconnues : .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés, 32 bits non signés

vue un plugin 2dimage io pour les images vista

Extensions de fichiers reconnues : .V, .VISTA, .v, .vista

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

PLUGINS : 2dimage/coût masqué

lncc corrélation croisée normalisée locale avec prise en charge du masquage., paramètres pris en charge
sont:

w = 5 ; uint dans [1, 256]
demi-largeur de la fenêtre utilisée pour évaluer la croix localisée
corrélation.

mi Informations mutuelles basées sur Spline parzen avec masquage., les paramètres pris en charge sont :

cut = 0 ; flotter dans [0, 40]
Pourcentage de pixels à couper à haute et basse intensités à supprimer
valeurs aberrantes.

mbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image animée.

noyau = [bspline:d=3] ; usine
Noyau Spline pour l'hinstogram parzen d'images animées. Pour les plug-ins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image de référence.

noyau = [bspline:d=0] ; usine
Noyau Spline pour l'image de référence parzen hinstogram. Pour les plug-ins pris en charge
ins voir PLUGINS:1d/splinekernel

nCC corrélation croisée normalisée avec support de masquage.

(pas de paramètres)

ssd Somme des différences au carré avec masquage.

(pas de paramètres)

PLUGINS : 2dimage/transformer

affiner Transformation affine (six degrés de liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

rigide Transformations rigides (c'est-à-dire rotation et translation, trois degrés de
liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

centre de pourriture = [[0,0]] ; 2dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5> correspond au centre du
rectangle de soutien.

rotation Transformations de rotation (c'est-à-dire rotation autour d'un centre donné, un degré de
liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

centre de pourriture = [[0,0]] ; 2dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5> correspond au centre du
rectangle de soutien.

spline Transformation de forme libre qui peut être décrite par un ensemble de coefficients B-spline
et un noyau B-spline sous-jacent., les paramètres pris en charge sont :

aniser = [[0,0]] ; 2dfvector
taux de coefficient anisotrope en pixels, les valeurs non positives seront
écrasé par la valeur 'rate'.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

kernel = [bspline:d=3] ; usine
noyau spline de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

peine = ; usine
Terme de pénalité de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 2dtransform/spline pénalité

taux = 10 ; flotter dans [1, inf)
taux de coefficient isotrope en pixels.

traduire Traduction uniquement (deux degrés de liberté), les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

vf Ce plug-in implémente une transformation qui définit une traduction pour chaque
point de la grille définissant le domaine de la transformation., pris en charge
les paramètres sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

PLUGINS : 2dtransform/splinepénalité

diviser divcurl pénalité sur la transformation, les paramètres pris en charge sont :

boucle = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur curl.

div = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur divergence.

norme = 0 ; bobo
Mis à 1 si la pénalité doit être normalisée par rapport à l'image
Taille.

poids = 1 ; flotter dans (0, inf)
poids de l'énergie de pénalité.

PLUGINS : minimiseur/coût unique

gda Descente de gradient avec correction automatique de la taille du pas., les paramètres pris en charge sont :

folr = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si l'évolution relative du critère est en dessous.

max-pas = 2 ; doubler (0, inf)
Taille de pas absolue maximale.

maximum = 200 ; uint dans [1, inf)
Critère d'arrêt : le nombre maximum d'itérations.

min-pas = 0.1 ; doubler (0, inf)
Taille de pas absolue minimale.

Xtola = 0.01 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si la norme inf du changement appliqué à x est en dessous de cette valeur.

gdsq Descente de gradient avec estimation du pas quadratique, les paramètres pris en charge sont :

folr = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si l'évolution relative du critère est en dessous.

gtola = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si la norme inf du gradient est en dessous de cette valeur.

maximum = 100 ; uint dans [1, inf)
Critère d'arrêt : le nombre maximum d'itérations.

escaliers = 2 ; doubler (1, inf)
Mise à l'échelle de la taille de pas fixe de secours.

étape = 0.1 ; doubler (0, inf)
Taille du pas initial.

Xtola = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez-vous si la norme inf de x-update est inférieure à cette valeur.

gsl plugin d'optimisation basé sur les optimiseurs multimin de la bibliothèque scientifique GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, les paramètres pris en charge sont :

eps = 0.01 ; doubler (0, inf)
optimiseurs basés sur le gradient : s'arrêter lorsque |grad| < eps, simplex : s'arrêter quand
taille simplex < eps..

iter = 100 ; uint dans [1, inf)
nombre maximal d'itérations.

opter = gd ; dict
Optimiseur spécifique à utiliser. Les valeurs prises en charge sont :
bfg ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (version la plus efficace)
cg-fr ‐ Algorithme de gradient conjugué de Flecher-Reeves
gd - Descente graduelle.
simplex ‐ Algorithme simplex de Nelder et Mead
cg-pr ‐ Algorithme de gradient conjugué de Polak-Ribiere

étape = 0.001 ; doubler (0, inf)
taille de pas initiale.

tol = 0.1 ; doubler (0, inf)
certains paramètres de tolérance.

nlop Algorithmes de minimisation utilisant la bibliothèque NLOPT, pour une description des
optimiseurs s'il vous plaît voir 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', les paramètres pris en charge sont :

ftola = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : la variation absolue de la valeur objectif est inférieure
cette valeur.

folr = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : la variation relative de la valeur objectif est inférieure
cette valeur.

augmentation = inf ; double
Limite supérieure (égale pour tous les paramètres).

opt-local = aucun ; dict
algorithme de minimisation local qui peut être requis pour le principal
algorithme de minimisation. Les valeurs prises en charge sont :
gn-orig-direct-l ‐ Division de rectangles (implémentation originale,
biaisé localement)
gn-direct-l-noscal ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, biaisés localement)
gn-isres ‐ Amélioration de la stratégie d'évolution du classement stochastique
ld-tnewton ‐ Newton tronqué
gn-direct-l-rand ‐ Division de rectangles (localement biaisée, randomisée)
ln-newuoa ‐ Optimisation sans contrainte et sans dérivée par itération
Approximation quadratique construite
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, localement
biaisé, randomisé)
gn-orig-direct ‐ Division de rectangles (implémentation originale)
ld-tnewton-précond ‐ Newton tronqué préconditionné
ld-tnewton-redémarrer ‐ Newton tronqué avec redémarrage en descente la plus raide
gn-direct ‐ Division de rectangles
In-neldermead ‐ Algorithme du simplexe de Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Optimisation Contrainte PAR Approximation Linéaire
gn-crs2-lm ‐ Recherche aléatoire contrôlée avec mutation locale
ld-var2 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 2
ld-var1 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 1
ld-mma ‐ Méthode de déplacement des asymptotes
ld-lbfgs-nocedal - Rien
ld-lbfgs ‐ BFGS à faible stockage
gn-direct-l ‐ Division de rectangles (localement biaisée)
aucun ‐ ne pas spécifier d'algorithme
ln-bobyqa ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée
ln-sbplx ‐ Variante Subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-lié ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée par
Approximation quadratique construite de manière itérative
en pratique ‐ Optimisation locale sans gradient via l'axe principal
Method
gn-direct-noscal ‐ Division de rectangles (sans échelle)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton tronqué préconditionné avec
redémarrage de la descente la plus raide

baisser = -inf; double
Limite inférieure (égale pour tous les paramètres).

maximum = 100 ; int dans [1, inf)
Critère d'arrêt : le nombre maximum d'itérations.

opter = ld-lbfgs ; dict
algorithme de minimisation principal. Les valeurs prises en charge sont :
gn-orig-direct-l ‐ Division de rectangles (implémentation originale,
biaisé localement)
g-mlsl-lds ‐ Liaison unique à plusieurs niveaux (séquence à faible écart,
nécessitent une optimisation et des limites basées sur le gradient local)
gn-direct-l-noscal ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, biaisés localement)
gn-isres ‐ Amélioration de la stratégie d'évolution du classement stochastique
ld-tnewton ‐ Newton tronqué
gn-direct-l-rand ‐ Division de rectangles (localement biaisée, randomisée)
ln-newuoa ‐ Optimisation sans contrainte et sans dérivée par itération
Approximation quadratique construite
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, localement
biaisé, randomisé)
gn-orig-direct ‐ Division de rectangles (implémentation originale)
ld-tnewton-précond ‐ Newton tronqué préconditionné
ld-tnewton-redémarrer ‐ Newton tronqué avec redémarrage en descente la plus raide
gn-direct ‐ Division de rectangles
auglag-eq ‐ Algorithme lagrangien augmenté avec contraintes d'égalité
uniquement
In-neldermead ‐ Algorithme du simplexe de Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Optimisation Contrainte PAR Approximation Linéaire
gn-crs2-lm ‐ Recherche aléatoire contrôlée avec mutation locale
ld-var2 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 2
ld-var1 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 1
ld-mma ‐ Méthode de déplacement des asymptotes
ld-lbfgs-nocedal - Rien
g-mlsl ‐ Multi-Level Single-Linkage (nécessite une optimisation locale et
bornes)
ld-lbfgs ‐ BFGS à faible stockage
gn-direct-l ‐ Division de rectangles (localement biaisée)
ln-bobyqa ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée
ln-sbplx ‐ Variante Subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-lié ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée par
Approximation quadratique construite de manière itérative
août ‐ Algorithme lagrangien augmenté
en pratique ‐ Optimisation locale sans gradient via l'axe principal
Method
gn-direct-noscal ‐ Division de rectangles (sans échelle)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton tronqué préconditionné avec
redémarrage de la descente la plus raide
ld-slsqp ‐ Programmation séquentielle des moindres carrés quadratique

étape = 0 ; double dans [0, inf)
Taille du pas initial pour les méthodes sans gradient.

Arrêtez = -inf; double
Critère d'arrêt : la valeur de la fonction est inférieure à cette valeur.

Xtola = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : le changement absolu de toutes les valeurs x est inférieur à ce
valeur.

xtolr = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : le changement relatif de toutes les valeurs x est inférieur à ce
valeur.

EXEMPLE

Enregistrez la série de perfusion donnée dans 'segment.set' en utilisant d'abord l'ICA automatique
estimation pour exécuter l'enregistrement linéaire, puis l'enregistrement PGT. Passer deux images
au début et sinon utiliser les paramètres par défaut. Stockez le résultat dans
'ensemble.enregistré'.

mia-2dmyoicapgt -i segment.set -o registration.set -k 2

Auteurs)

Gert Wollny

DROIT D'AUTEUR

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avec ABSOLUMENT AUCUNE GARANTIE et vous pouvez le redistribuer selon les termes du GNU
LICENCE PUBLIQUE GENERALE Version 3 (ou ultérieure). Pour plus d'informations, exécutez le programme avec le
l'option '--copyright'.

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