mia-3dmany2one-nonrigid - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mia-3dmany2one-nonrigid - Enregistrement de séries d'images 3D

SYNOPSIS

mia-3dmany2one-non rigide -i [choix]

DESCRIPTION

mia-3dmany2one-non rigide Ce programme exécute le recalage non rigide d'une série d'images en
enregistrer toutes les images dans une référence sélectionnée par l'utilisateur.

OPTIONS

Fichier-IO
-i --in-file=(entrée, requise); io
jeu de données de perfusion d'entrée Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(sortie); io
nom de fichier pour les fichiers enregistrés Pour les types de fichiers pris en charge, voir
PLUGINS : 3dimage/io

Inscription
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Optimiseur utilisé pour la minimisation

-l --mg-niveaux=3
niveaux multi-résolutionniveaux multi-résolution

-f --transForm=spline
type de transformationtype de transformation Pour les plugins pris en charge, voir
PLUGINS:3dimage/transformer

-r --réf=-1
cadre de référence (-1 == utiliser l'image au milieu)cadre de référence (-1 == utiliser
image au milieu)

d’aide & Info
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

En cours
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

PLUGINS : 1j/noyau spatial

Cdiff Noyau de filtre de différence centrale, des conditions aux limites de miroir sont utilisées.

(pas de paramètres)

Gauss noyau de filtre de Gauss spatial, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; uint dans [0, inf)
demi-largeur de filtre.

PLUGINS : 1j/splinebc

miroir Conditions aux limites d'interpolation de spline qui se reflètent sur la limite

(pas de paramètres)

répéter Conditions aux limites d'interpolation de spline qui répètent la valeur à la limite

(pas de paramètres)

zéro Conditions aux limites d'interpolation spline qui supposent zéro pour les valeurs extérieures

(pas de paramètres)

PLUGINS : 1j/splinekernel

bspline Création du noyau B-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [0, 5]
Degré de spline.

mamans Création du noyau OMoms-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [3, 3]
Degré de spline.

PLUGINS : 3dimage/combinateur

absdiff Combineur d'images 'absdiff'

(pas de paramètres)

ajouter Combineur d'images 'ajouter'

(pas de paramètres)

div Combineur d'images 'div'

(pas de paramètres)

mul Combineur d'images 'mul'

(pas de paramètres)

dessous Combineur d'images 'sous'

(pas de paramètres)

PLUGINS : 3dimage/coût

lncc corrélation croisée normalisée locale avec prise en charge du masquage., paramètres pris en charge
sont:

w = 5 ; uint dans [1, 256]
demi-largeur de la fenêtre utilisée pour évaluer la croix localisée
corrélation.

mi Informations mutuelles basées sur Spline parzen., les paramètres pris en charge sont :

cut = 0 ; flotter dans [0, 40]
Pourcentage de pixels à couper à haute et basse intensités à supprimer
valeurs aberrantes.

mbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image animée.

noyau = [bspline:d=3] ; usine
Noyau Spline pour l'hinstogram parzen d'images animées. Pour les plug-ins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image de référence.

noyau = [bspline:d=0] ; usine
Noyau Spline pour l'image de référence parzen hinstogram. Pour les plug-ins pris en charge
ins voir PLUGINS:1d/splinekernel

nCC corrélation croisée normalisée.

(pas de paramètres)

nfg Cette fonction évalue la similarité de l'image sur la base du gradient normalisé
des champs. Étant donné les champs de gradient normalisés $ _S$ de l'image src et $ _R$ du
ref image divers évaluateurs sont implémentés., les paramètres pris en charge sont :

eval = ds ; dict
sous-type de plugin (sq, ds, dot, cross). Les valeurs prises en charge sont :
ds ‐ carré de la différence mise à l'échelle
point ‐ noyau de produit scalaire
traverser ‐ noyau de produit croisé

ssd Coût de l'image 3D : somme des différences au carré, les paramètres pris en charge sont :

battage automatique = 0 ; flotter dans [0, 1000]
Utiliser le masquage automatique de l'image en mouvement en ne prenant que les valeurs d'intensité
en compte qui sont plus grands que le seuil donné.

norme = 0 ; bobo
Définissez si la métrique doit être normalisée par le nombre de pixels de l'image.

masque automatique ssd
Coût de l'image 3D : somme des différences au carré, avec masquage automatique basé sur
seuils, les paramètres pris en charge sont :

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image de référence.

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image source.

PLUGINS : 3dimage/filtre

passe-bande filtre passe-bande d'intensité, les paramètres pris en charge sont :

max = 3.40282e+38 ; flotter
maximum de la bande.

m. = 0 ; flotter
minimum de la bande.

binariser filtre de binarisation d'image, les paramètres pris en charge sont :

max = 3.40282e+38 ; flotter
maximum de la plage acceptée.

m. = 0 ; flotter
minimum de la plage acceptée.

close proche morphologique, les paramètres pris en charge sont :

allusion = noir ; chaîne de caractères
un indice sur le contenu de l'image principale (noir|blanc).

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/shape

combinateur Combinez deux images avec l'opérateur de combinaison donné. si 'reverse' est réglé sur
false, le premier opérateur est l'image passée à travers le pipeline de filtrage, et
la deuxième image est chargée à partir du fichier donné avec le paramètre 'image' le
au moment où le filtre est exécuté., les paramètres pris en charge sont :

image =(entrée, obligatoire, chaîne)
deuxième image qui est nécessaire dans le combineur.

op =(obligatoire, usine)
Combineur d'images à appliquer aux images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 3dimage/combinateur

inverser = 0 ; bobo
inverser l'ordre dans lequel les images sont passées au combineur.

convertir filtre de conversion de format de pixel d'image, les paramètres pris en charge sont :

a = 1 ; flotter
paramètre de conversion linéaire a.

b = 0 ; flotter
paramètre de conversion linéaire b.

Localisation = opter ; dict
mappage de conversion. Les valeurs prises en charge sont :
opter ‐ appliquer une transformation linéaire qui mappe la plage d'entrée réelle sur
toute la plage de sortie
gamme ‐ appliquer une transformation linéaire qui mappe le type de données d'entrée
plage à la plage de type de données de sortie
copier ‐ copier les données lors de la conversion
linéaire ‐ appliquer la transformation linéaire x -> a*x+b
optstat ‐ appliquer une transformation linéaire qui correspond à la moyenne d'entrée et
variation sur toute la plage de sortie

représentant = uoctet ; dict
type de pixel de sortie. Les valeurs prises en charge sont :
aucun ‐ aucun type de pixel défini
flotter - virgule flottante 32 bits
octet ‐ signé 8 bits
longtemps - 64 bits non signé
double - virgule flottante 64 bits
Saint Nicolas ‐ signé 32 bits
ucourt - 16 bits non signé
court ‐ signé 16 bits
uint - 32 bits non signé
long ‐ signé 64 bits
Bits - données binaires
uoctet - 8 bits non signé

récolte Recadrer une région d'une image, la région est toujours fixée à l'image d'origine
size dans le sens où la plage donnée est conservée., les paramètres pris en charge sont :

fin = [[4294967295,4294967295,4294967295]] ; diffusable
fin de la plage de recadrage, maximum = (-1,-1,-1).

Commencer = [[0,0,0]] ; diffusable
début de la plage de recadrage.

dilater Filtre de dilatation de pile d'images 3D, les paramètres pris en charge sont :

allusion = noir ; chaîne de caractères
un indice sur le contenu de l'image principale (noir|blanc).

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/shape

distance Évaluer la transformation de distance 3D d'une image. Si l'image est un masque binaire,
alors le résultat de la transformée de distance en chaque point correspond à l'euclidien
distance au masque. Si l'image d'entrée est d'une valeur de pixel scalaire, alors le
ce scalaire est interprété comme un champ de hauteur et la valeur par pixel s'ajoute au
distance.

(pas de paramètres)

bas de gamme Réduisez l'échelle de l'image d'entrée en utilisant une taille de bloc donnée pour définir la réduction d'échelle
facteur. Avant la mise à l'échelle, l'image est filtrée par un filtre de lissage pour
éliminer les données à haute fréquence et éviter les artefacts d'alias., pris en charge
les paramètres sont :

b = [[1,1,1]] ; 3dbounds
taille de bloc.

bx = 1 ; uint dans [1, inf)
taille de bloc dans la direction x.

by = 1 ; uint dans [1, inf)
taille de bloc dans la direction y.

bz = 1 ; uint dans [1, inf)
taille de bloc dans la direction z.

kernel = gauss; chaîne de caractères
noyau de filtre de lissage à appliquer, la taille du filtre est estimée
basé sur la taille du bloc ..

éroder Filtre d'érosion de la pile d'images 3D, les paramètres pris en charge sont :

allusion = noir ; chaîne de caractères
un indice sur le contenu de l'image principale (noir|blanc).

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/shape

Gauss filtre de Gauss 3D isotrope, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [0, inf)
paramètre de largeur de filtre.

gradnorme Image 3D vers filtre de norme de gradient

(pas de paramètres)

masque de croissance Utilisez un masque binaire d'entrée et une image de référence en niveaux de gris pour faire croître la région
en ajoutant les pixels de voisinage d'un pixel déjà ajouté s'ils ont un plus faible
intensité supérieure au seuil donné., les paramètres pris en charge sont :

m. = 1 ; flotter
seuil inférieur pour la croissance du masque.

ref =(entrée, obligatoire, chaîne)
image de référence pour la croissance de la région du masque.

forme = 6n; usine
masque de quartier. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/shape

inverser filtre inverseur d'intensité

(pas de paramètres)

isovoxel Ce filtre met à l'échelle une image pour rendre la taille du voxel isométrique et sa taille à
correspondent à la valeur donnée, les paramètres pris en charge sont :

interpréter = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolation à utiliser. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

taille = 1 ; flotter dans (0, inf)
taille de voxel cible isométrique.

kméens Filtre k-means d'image 3D. Dans l'image de sortie, la valeur du pixel représente le
l'appartenance à une classe et les centres de classe sont stockés en tant qu'attribut dans l'image.,
les paramètres pris en charge sont :

c = 3 ; int dans [2, inf)
nombre de cours.

étiquette Un filtre pour étiqueter les composants connectés d'une image binaire., pris en charge
les paramètres sont :

n = 6n; usine
masque de quartier. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/shape

mappage d'étiquettes Filtre d'image pour remapper les identifiants des étiquettes. Applicable uniquement aux images avec une valeur entière
intensités/étiquettes., les paramètres pris en charge sont :

Localisation =(entrée, obligatoire, chaîne)
Fichier de mappage d'étiquettes.

échelle d'étiquette
Un filtre qui ne crée que des voxels de sortie déjà créés dans l'entrée
image. La mise à l'échelle est effectuée en utilisant un algorithme de vote qui sélectionne la cible
valeur de pixel basée sur le nombre de pixels le plus élevé d'une certaine étiquette dans le
région source correspondante. Si la région comprend deux labels de même
count, celui avec le nombre le plus bas gagne., les paramètres pris en charge sont :

surdimensionné =(obligatoire, 3dbounds)
taille cible donnée sous forme de deux valeurs séparées par une virgule.

charge Chargez l'image d'entrée à partir d'un fichier et utilisez-la pour remplacer l'image actuelle dans le
pipeline., les paramètres pris en charge sont :

filet =(entrée, obligatoire, chaîne)
nom du fichier d'entrée à charger depuis..

lvdownscale
Il s'agit d'un filtre de réduction d'échelle de vote d'étiquette. Il réduit une image 3D par blocs.
Pour chaque bloc, l'étiquette (non nulle) qui apparaît la plupart du temps dans le bloc est
émis comme pixel de sortie dans l'image cible. Si deux étiquettes apparaissent le même numéro
de fois, celui avec la valeur absolue la plus faible gagne., les paramètres pris en charge sont :

b = [[1,1,1]] ; 3dbounds
blocksize pour la réduction d'échelle. Chaque bloc sera représenté par un pixel
dans l'image cible..

masque Masquer une image, une image est extraite de la liste des paramètres et l'autre de
l'entrée de filtre normale. Les deux images doivent être de mêmes dimensions et une doit
être binaire. Les attributs de l'image provenant du pipeline de filtrage sont
conservé. Le type de pixel de sortie correspond à l'image d'entrée qui n'est pas
binaire., les paramètres pris en charge sont :

contribution =(entrée, obligatoire, chaîne)
nom du deuxième fichier image d'entrée.

signifier Filtre moyen d'image 3D, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
demi-largeur de filtre.

médiane filtre 3D médian, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
paramètre de largeur de filtre.

mlv Filtre d'image 3D de la moyenne de la moindre variance, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
paramètre de largeur de filtre.

msnormaliseur
Filtre de normalisation moyenne-sigma d'image 3D, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
demi-largeur de filtre.

ouvert Les paramètres morphologiques ouverts et pris en charge sont :

allusion = noir ; chaîne de caractères
un indice sur le contenu de l'image principale (noir|blanc).

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/shape

réorienter Filtre de réorientation d'image 3D, les paramètres pris en charge sont :

Localisation = xyz ; dict
mappage d'orientation à appliquer. Les valeurs prises en charge sont :
p-zxy ‐ permuter x->y->z->x
r-x180 ‐ tourner autour de l'axe des x dans le sens des aiguilles d'une montre à 180 degrés
xyz - garder l'orientation
p-yzx ‐ permuter x->z->y->x
r-z180 ‐ tourner autour de l'axe z dans le sens des aiguilles d'une montre à 180 degrés
r-y270 ‐ tourner autour de l'axe y dans le sens des aiguilles d'une montre à 270 degrés
f-xz ‐ retourner xz
f-yz ‐ retourner yz
r-x90 ‐ tourner autour de l'axe des x dans le sens des aiguilles d'une montre à 90 degrés
r-y90 ‐ tourner autour de l'axe y dans le sens des aiguilles d'une montre à 90 degrés
r-x270 ‐ tourner autour de l'axe des x dans le sens des aiguilles d'une montre à 270 degrés
r-z270 ‐ tourner autour de l'axe z dans le sens des aiguilles d'une montre à 270 degrés
r-z90 ‐ tourner autour de l'axe z dans le sens des aiguilles d'une montre à 90 degrés
f-xy ‐ retourner xy
r-y180 ‐ tourner autour de l'axe y dans le sens des aiguilles d'une montre à 180 degrés

redimensionner Redimensionner une image. Les données d'origine sont centrées dans la nouvelle image de taille.,
les paramètres pris en charge sont :

taille = [[0,0,0]] ; diffusable
nouvelle taille de l'image une taille 0 indique pour garder la taille pour le
dimension correspondante..

sable filtre sel et poivre 3d, les paramètres pris en charge sont :

battre = 100 ; flotter dans [0, inf)
valeur de seuil.

w = 1 ; int dans [1, inf)
paramètre de largeur de filtre.

escaliers Filtre d'image 3D qui s'adapte à une taille cible donnée, les paramètres pris en charge sont :

interpréter = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolation à utiliser. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

s = [[0,0,0]] ; 3dbounds
taille cible pour définir tous les composants à la fois (composant 0 : utiliser l'image d'entrée
Taille).

sx = 0 ; uint dans [0, inf)
taille cible dans la direction x (0 : utiliser la taille de l'image d'entrée).

sy = 0 ; uint dans [0, inf)
taille cible dans la direction y (0 : utiliser la taille de l'image d'entrée).

sz = 0 ; uint dans [0, inf)
taille cible dans la direction y (0 : utiliser la taille de l'image d'entrée).

sélectionnergrand Un filtre qui crée un masque binaire représentant l'intensité la plus élevée
nombre de pixels. La valeur de pixel 0 sera ignorée, et si deux intensités ont le
même nombre de pixels, le résultat n'est pas défini. Le pixel d'entrée doit avoir un
type de pixel intégral.

(pas de paramètres)

septconv Filtre de convolution séparable d'intensité d'image 3D, les paramètres pris en charge sont :

kx = [gauss:w=1] ; usine
filtrer le noyau dans la direction x. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:1d/noyau spatial

ky = [gauss:w=1] ; usine
filtrer le noyau dans la direction y. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:1d/noyau spatial

kz = [gauss:w=1] ; usine
noyau de filtre dans la direction z. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:1d/noyau spatial

psl tête d'eau ensemencée. L'algorithme extrait exactement autant de régions que l'initiale
les étiquettes sont données dans l'image de départ., les paramètres pris en charge sont :

grad = 0 ; bobo
Interprétez l'image d'entrée comme un dégradé. .

marque = 0 ; bobo
Marquez les bassins versants segmentés avec une valeur d'échelle de gris spéciale.

n = [sphère:r=1] ; usine
Quartier pour la région de la tête d'eau en pleine croissance. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:3dimage/forme

seed =(entrée, obligatoire, chaîne)
image d'entrée de départ contenant les étiquettes pour les régions initiales.

tee Enregistrez l'image d'entrée dans un fichier et transmettez-la également au filtre suivant,
les paramètres pris en charge sont :

filet =(sortie, obligatoire, chaîne)
nom du fichier de sortie pour enregistrer l'image aussi..

amincissement Amincissement morphologique 3D, basé sur : Lee et Kashyap, 'Building Skeleton Models
via des algorithmes d'amincissement de la surface médiale/de l'axe 3D, des modèles graphiques et des images
Traitement, 56(6):462-478, 1994. Cette implémentation ne prend en charge que les 26
quartier.

(pas de paramètres)

transform Transformez l'image d'entrée avec la transformation donnée., paramètres pris en charge
sont:

filet =(entrée, obligatoire, chaîne)
Nom du fichier contenant la transformation..

frontière img = ; chaîne de caractères
remplacer les conditions aux limites d'interpolation d'image.

imgnoyau = ; chaîne de caractères
remplacer le noyau de l'interpolateur d'image.

variance Filtre de variance d'image 3D, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
demi-largeur de filtre.

ws segmentation de base de la tête d'eau., les paramètres pris en charge sont :

évaluation = 0 ; bobo
Défini à 1 si l'image d'entrée ne représente pas une image de norme de gradient.

marque = 0 ; bobo
Marquez les bassins versants segmentés avec une valeur d'échelle de gris spéciale.

n = [sphère:r=1] ; usine
Quartier pour la région de la tête d'eau en pleine croissance. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:3dimage/forme

battre = 0 ; flotter dans [0, 1)
Seuil de norme de gradient relatif. La valeur seuil de la valeur réelle est
seuil * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bassins séparés par des dégradés
avec une norme inférieure seront rejoints.

PLUGINS : 3dimage/plein coût

image Fonction de coût de similarité d'image généralisée qui gère également la multi-résolution
En traitement. La mesure de similarité réelle est donnée comme paramètre supplémentaire.,
les paramètres pris en charge sont :

sables moins coûteux = ssd; usine
Noyau de fonction de coût. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/cost

déboguer = 0 ; bobo
Enregistrez les résultats intermédiaires pour le débogage.

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

étiquetteimage
Fonction de coût de similarité qui mappe les étiquettes de deux images et gère les étiquettes-
en préservant le traitement multi-résolution., les paramètres pris en charge sont :

étiquette max = 256 ; entier dans [2, 32000]
nombre maximal d'étiquettes à considérer.

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

image masquée
Fonction de coût de similarité d'image masquée généralisée qui gère également plusieurs
traitement de résolution. Les masques fournis doivent être des régions densément remplies dans
traitement multi-résolution car sinon les informations de masque peuvent être perdues
lors de la réduction d'échelle de l'image. Le masque peut être pré-filtré - après pré-filtrage
les masques doivent être de type bit. Le masque de référence et le masque transformé du
l'image d'étude sont combinées par ET binaire. La mesure de similarité réelle est donnée
es paramètre supplémentaire., les paramètres pris en charge sont :

sables moins coûteux = ssd; usine
Noyau de fonction de coût. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS :3dimage/maskedcost

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

ref-masque =(entrée, chaîne)
Masque d'image de référence (binaire).

ref-masque-filtre = ; usine
Filtre pour préparer l'image du masque de référence, la sortie doit être un binaire
image.. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/filter

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

src-masque =(entrée, chaîne)
Masque d'image d'étude (binaire).

src-masque-filtre = ; usine
Filtre pour préparer l'image du masque d'étude, la sortie doit être un binaire
image.. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/filter

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

taguésssd Évalue la mesure de similarité de la somme des différences au carré en utilisant trois
paires d'images taguées. La valeur de la fonction de coût est évaluée sur la base de toutes les images
paires, mais le dégradé est composé en composant son composant en fonction de la balise
direction., les paramètres pris en charge sont :

refx =(entrée, chaîne)
Image de référence X-tag.

réfuter =(entrée, chaîne)
Image de référence Y-tag.

réfz =(entrée, chaîne)
Image de référence Z-tag.

srcx =(entrée, chaîne)
Image d'étude X-tag.

srcy =(entrée, chaîne)
Image d'étude Y-tag.

srcz =(entrée, chaîne)
Image d'étude Z-tag.

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

PLUGINS : image 3D/io

il analyse Analyser l'image 7.5

Extensions de fichiers reconnues : .HDR, .hdr

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits, signé 32 bits, virgule flottante 32 bits,
virgule flottante 64 bits

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

dico Série d'images Dicom en 3D

Extensions de fichiers reconnues : .DCM, .dcm

Types d'éléments pris en charge :
signé 16 bits, non signé 16 bits

hdf5 E/S image 5D HDF3

Extensions de fichiers reconnues : .H5, .h5

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, signé 64 bits, non signé 64 bits, flottant
virgule 32 bits, virgule flottante 64 bits

Inria image INRIA

Extensions de fichiers reconnues : .INR, .inr

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

mhd IO d'image 3D MetaIO utilisant l'implémentation VTK (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

chouette E/S image 1D NIFTI-3

Extensions de fichiers reconnues : .NII, .nii

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, 64 bits signé, 64 bits non signé, virgule flottante 32
bit, virgule flottante 64 bits

vff Format raster du soleil VFF

Extensions de fichiers reconnues : .VFF, .vff

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits

vue Vue 3D

Extensions de fichiers reconnues : .V, .VISTA, .v, .vista

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

vii Image 3D entrée et sortie VTK-XML (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .VTI, .vti

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

vtk Entrée et sortie héritées d'images VTK 3D (expérimentales).

Extensions de fichiers reconnues : .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

PLUGINS : 3dimage/coût masqué

lncc corrélation croisée normalisée locale avec prise en charge du masquage., paramètres pris en charge
sont:

w = 5 ; uint dans [1, 256]
demi-largeur de la fenêtre utilisée pour évaluer la croix localisée
corrélation.

mi Informations mutuelles basées sur Spline parzen avec masquage., les paramètres pris en charge sont :

cut = 0 ; flotter dans [0, 40]
Pourcentage de pixels à couper à haute et basse intensités à supprimer
valeurs aberrantes.

mbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image animée.

noyau = [bspline:d=3] ; usine
Noyau Spline pour l'hinstogram parzen d'images animées. Pour les plug-ins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image de référence.

noyau = [bspline:d=0] ; usine
Noyau Spline pour l'image de référence parzen hinstogram. Pour les plug-ins pris en charge
ins voir PLUGINS:1d/splinekernel

nCC corrélation croisée normalisée avec support de masquage.

(pas de paramètres)

ssd Somme des différences au carré avec masquage.

(pas de paramètres)

PLUGINS : 3dimage/forme

18n Créateur de formes 18D du quartier 3n

(pas de paramètres)

26n Créateur de formes 26D du quartier 3n

(pas de paramètres)

6n Créateur de formes 6D du quartier 3n

(pas de paramètres)

kugla Quartier fermé de forme sphérique incluant les pixels dans un rayon donné
r., les paramètres pris en charge sont :

r = 2 ; flotter dans (0, inf)
rayon de la sphère.

PLUGINS : 3dimage/transformer

affiner Transformation affine (12 degrés de liberté), les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

Axerot Transformation de rotation restreinte (1 degrés de liberté). La métamorphose est
limité à la rotation autour de l'axe donné autour de la rotation donnée
center, les paramètres pris en charge sont :

axe =(obligatoire, 3dfvector)
axe de rotation.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine =(obligatoire, 3dfvector)
centre de la transformation.

raffiner Transformation affine restreinte (3 degrés de liberté). La métamorphose est
limité à la rotation autour de l'axe donné et au cisaillement le long des deux axes
perpendiculairement à celui donné, les paramètres pris en charge sont :

axe =(obligatoire, 3dfvector)
axe de rotation.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine =(obligatoire, 3dfvector)
centre de la transformation.

rigide Transformation rigide, c'est-à-dire rotation et translation (six degrés de liberté).,
les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine = [[0,0,0]] ; 3dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5,0.5> correspond au centre de
le volume.

rotation Transformation de rotation (trois degrés de liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine = [[0,0,0]] ; 3dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5,0.5> correspond au centre de
le volume.

courbure Transformation restreinte (4 degrés de liberté). La métamorphose est
limité à la rotation autour des axes x et y et une flexion le long des x
axe, indépendant dans chaque sens, la flexion augmentant avec la
distance au carré de l'axe de rotation., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

Norot = 0 ; bobo
N'optimisez pas la rotation.

origine =(obligatoire, 3dfvector)
centre de la transformation.

spline Transformation de forme libre qui peut être décrite par un ensemble de coefficients B-spline
et un noyau B-spline sous-jacent., les paramètres pris en charge sont :

aniser = [[0,0,0]] ; 3dfvector
taux de coefficient anisotrope en pixels, les valeurs non positives seront
écrasé par la valeur 'rate'.

déboguer = 0 ; bobo
activer une sortie de débogage supplémentaire.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

kernel = [bspline:d=3] ; usine
noyau spline de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

peine = ; usine
terme d'énergie de pénalité de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 3dtransform/spline pénalité

taux = 10 ; flotter dans [1, inf)
taux de coefficient isotrope en pixels.

traduire Translation (trois degrés de liberté), les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

vf Ce plug-in implémente une transformation qui définit une traduction pour chaque
point de la grille définissant le domaine de la transformation., pris en charge
les paramètres sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

PLUGINS : transformation 3d/io

bbs E/S sérialisées binaires (non portables) des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .bbs

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

vue Stockage Vista des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .v, .v3dt

xml IO sérialisé XML des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .x3dt

PLUGINS : 3dtransform/splinepénalité

diviser divcurl pénalité sur la transformation, les paramètres pris en charge sont :

boucle = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur curl.

div = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur divergence.

norme = 0 ; bobo
Mis à 1 si la pénalité doit être normalisée par rapport à l'image
Taille.

poids = 1 ; flotter dans (0, inf)
poids de l'énergie de pénalité.

EXEMPLE

Enregistrez les images données sous forme de fichiers numérotés imagesXXXX.v en optimisant une spline basée
transformation avec un taux de coefficient de 16 pixels en utilisant une combinaison pondérée de
champs de gradient normalisés et SSD comme mesure de coût, et pénaliser la transformation en
en utilisant divcurl avec un poids de 2.0. Stockez les images résultantes dans registrationXXXX.v.

mia-3dmany2one-nonrigid -i images0000.v -o enregistré%04d.v -F spline:rate=16
image:cost=[ngf:eval=ds],weight=2.0 image:cost=ssd,weight=0.1 divcurl:weight=2.0

Auteurs)

Gert Wollny

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