mincstats - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mincstats - calcule des statistiques simples sur les voxels d'un fichier minc

SYNOPSIS

mincstats [ ] .mnc

DESCRIPTION

Statistiques Minc calculera des mesures statistiques simples sur tous les voxels d'un fichier minc.
Notez qu'il s'agit de mesures statistiques globales et non de mesures voxel par voxel (voir
mincave pour ça). Par défaut, toutes les statistiques sont calculées. Si des statistiques sont
demandée via une option de ligne de commande, alors seules les statistiques demandées sont imprimées.

Une fonctionnalité très utile de ce programme est la possibilité de restreindre l'ensemble des voxels
inclus dans le calcul statistique, soit en restreignant la plage de valeurs incluses,
ou en utilisant un fichier de masque avec une plage restreinte. Plusieurs plages pour le fichier d'entrée ou
masque peut être spécifié. Pour chaque plage de valeurs de volume incluses, et pour chaque plage
de valeurs de masque, les statistiques pertinentes sont imprimées (n*m valeurs, où n est le nombre
de plages de volume et m le nombre de plages de masque). Ces calculs se font en un seul
passer à travers les données, donc spécifier plusieurs plages est beaucoup plus rapide que d'exécuter le
programme à plusieurs reprises. Ceci est très utile lors du calcul de nombreuses moyennes régionales avec un
Volume du masque VOI.

Une mention spéciale doit être accordée aux histogrammes et aux mesures statistiques associées. Les
la plage par défaut de l'histogramme va de la plus petite valeur du fichier à la plus grande. Dans
le cas pas rare, mais spécial, où le nombre de cases d'histogramme correspond exactement au
nombre de valeurs possibles dans le fichier (par exemple 256 cases pour les données d'octets à plage complète), le
L'histogramme peut se retrouver avec des caractéristiques étranges lors de l'utilisation de la plage d'histogramme par défaut. Cette
résulte de la discrétisation des données qui sont ensuite regroupées en un
histogramme incompatible. Pour l'exemple des données d'octets, les valeurs à utiliser sont 256
bacs et une plage d'histogrammes qui s'étend d'un demi bac en dessous de la plus petite valeur et d'un demi bac
au dessus du plus grand. Utiliser l'option -histogramme_discret pour résoudre ce problème automatiquement, ou utilisez
-entier_histogramme avoir des cases de largeur unitaire si les données d'entrée sont intrinsèquement entières
(par exemple, les données d'étiquette). En général, il faut faire attention au rebinning de discrétisés
données à un histogramme avec une taille de casier proche du niveau de discrétisation.

OPTIONS

Notez que les options peuvent être spécifiées sous forme abrégée (tant qu'elles sont uniques) et
peut être donné n'importe où sur la ligne de commande. L'ordre dans lequel les statistiques sont imprimées
seront toujours les mêmes quel que soit l'ordre dans lequel ils sont demandés sur le
ligne de commande

Général Options

-tabasser
Écraser un fichier existant.

-noclobber
N'écrase pas un fichier existant (par défaut).

-verbeux
Imprimez des informations supplémentaires (plus que la valeur par défaut).

-silencieux Imprimez uniquement les numéros demandés

-max_buffer_size_in_ko taille
Spécifiez la taille maximale des tampons internes (en kilo-octets). La valeur par défaut est 4 Mo.

Invalide Plus-value Options

-ignorer_nan
Exclure les valeurs non valides (en dehors de la plage valide) des calculs statistiques. C'est
le défaut.

-include_nan
Traitez les valeurs invalides comme des zéros et incluez-les dans les calculs statistiques.

-replace_nan Plus-value
Remplacez les valeurs invalides par la valeur spécifiée et incluez la nouvelle valeur dans
calculs statistiques.

Volume gamme Options

-sol min1,min2...
Liste des limites inférieures séparées par des virgules pour les plages de données à inclure dans la statistique
calcul.

-plafond max1,max2...
Liste séparée par des virgules des limites supérieures des plages de données à inclure dans la statistique
calcul.

-gamme min1,max1,min2,max2...
Liste séparée par des virgules des limites inférieures et supérieures des plages de données à inclure dans
calcul statistique.

-valeurbin val1,val2...
Liste de valeurs entières séparées par des virgules à inclure dans le calcul des statistiques. Une gamme
de +/- 0.5 est défini autour de chaque valeur spécifiée.

-masque nom de fichier.mnc
Nom du fichier à utiliser pour masquer les données incluses dans le calcul statistique. Pour
ceci pour avoir un effet, vous devez spécifier une plage de masque avec l'un des éléments suivants
options.

-masque_sol min1,min2,... :
Comme -sol, mais appliqué au fichier de masque.

-masque_ceil max1,max2...
Comme -plafond, mais appliqué au fichier de masque.

-mask_range min1,max1,min2,max2...
Comme -gamme, mais appliqué au fichier de masque.

-mask_binvalue val1,val2...
Comme -valeurbin, mais appliqué au fichier de masque.

Histogramme Options

-histogramme nom de fichier
Spécifiez le nom d'un fichier dans lequel l'histogramme est écrit. Si plusieurs plages
ou des plages de masques sont spécifiées, alors tous les histogrammes sont écrits dans ce fichier,
séparés par des lignes blanches. Les informations décrivant chaque histogramme sont écrites avant
dans les lignes commençant par le caractère dièse (dièse). Ces fichiers peuvent être chargés
dans gnuplot.

-hist_bins nombre-de-bacs
Spécifiez le nombre de casiers dans l'histogramme.

-bacs nombre-de-bacs
synonyme de -hist_bins.

-hist_floor m.
Spécifiez la limite inférieure de l'histogramme.

-hist_ceil max
Spécifiez la limite supérieure de l'histogramme.

-hist_range m. max
Spécifiez une plage pour l'histogramme

-entier_histogramme
Créez des bacs de largeur unitaire, centrés autour de valeurs entières. Ceci est utile pour
des données entières telles que des étiquettes. La plage de l'histogramme est arrondie à l'entier le plus proche,
puis le min est abaissé et le max est augmenté de 0.5. Le nombre de bacs est pris
comme la différence de ces deux valeurs. Notez que 0.01 est ajouté au minimum et
soustrait du maximum avant l'arrondi afin de garantir qu'un
la plage correctement spécifiée (par exemple [0.5,255.5, XNUMX]) est préservée. Si vous voulez avoir
bacs entiers plus larges qu'un, vous devrez déterminer la plage de l'histogramme
et le nombre de bacs vous-même et n'utilisez pas cette option.

-histogramme_discret
Essayez de faire correspondre l'histogramme à la discrétisation des données d'entrée. C'est
approprié pour les données continues qui sont stockées dans une représentation entière et
lorsqu'une largeur de bac proche de la discrétisation est souhaitée. Ceci est similaire à
-entier_histogramme, sauf que la plage de l'histogramme est d'abord convertie en voxel
valeurs qui sont arrondies et prolongées d'un demi-bin de chaque côté. Ce nouveau voxel
la plage est ensuite reconvertie en valeurs réelles. Le nombre de bacs est pris comme le
différence dans la plage de valeurs de voxel. Notez que cela ne tient pas compte des variations
dans la mise à l'échelle tranche à tranche, des effets d'histogramme étranges peuvent donc toujours se produire. Cette option est
destiné à donner un comportement similaire à celui de volume_stats.

-int_max_bins nombre-de-bacs
Spécifiez le plus grand histogramme qui peut être automatiquement dimensionné avec ce qui précède
option. La limite empêche la création accidentelle d'énormes histogrammes. Cette option
remplacé l'ancien -max_bins option dans MINC 1.1.

Basic statistiques

-tout Calculer toutes les mesures statistiques. C'est la valeur par défaut.

-aucune synonyme de -compter (pour la similitude avec volume_stats). Notez que bien que ce soit
nécessaire pour volume_stats, il n'est pas nécessaire ici, car spécifier l'un de ces
les options se désactivent automatiquement -tout

-compter Comptez le nombre de voxels qui se trouvent dans la plage et le masque.

-pour cent
Imprimer le pourcentage de voxels dans la plage et le masque

-le volume
Imprimer le volume des voxels dans la plage et le masque (en mm-cube).

-min Imprimer la valeur minimale.

-max Imprimer la valeur maximale.

-somme Imprimez la somme de toutes les valeurs.

-somme2 Imprimez la somme des carrés de toutes les valeurs.

-signifier Imprimer la moyenne.

-variance
Imprimez l'écart.

-devdev
Imprimez l'écart type.

-asymétrie
Imprimez l'exemple d'asymétrie (3e moment) .

-aplatissement
Imprimez l'exemple d'aplatissement (4ème moment) .

-Com Imprimez le centre de gravité. Les coordonnées du voxel et les coordonnées du monde sont
imprimé. Les coordonnées du voxel sont imprimées dans l'ordre des fichiers, tandis que le monde
les coordonnées sont imprimées dans l'ordre x,y,z.

-avec synonyme de -Com.

-world_only
Imprimez le centre de masse en coordonnées mondiales uniquement.

Histogramme statistiques

Notez que les statistiques d'histogramme sont dérivées uniquement des nombres d'histogrammes et de la corbeille
centres, de sorte que les résultats tels que la médiane ne seront pas exactement les mêmes que la vraie valeur pour
tous les voxels inclus. Par exemple, l'erreur sur la médiane peut être aussi grande qu'un demi-bac
largeur. De plus, si la plage de l'histogramme est inférieure à celle des voxels inclus, alors le
résultat s'applique uniquement aux voxels inclus dans l'histogramme.

-hist_count
Imprimer le nombre de voxels dans l'histogramme. Cela peut être différent du nombre de
voxels inclus et masqués si la plage de l'histogramme est inférieure à la plage du
données incluses.

-hist_pourcent
Imprimer le pourcentage de voxels inclus dans l'histogramme.

-médian
Imprimer la médiane de l'histogramme.

-majorité
Imprimez le centre du bac (valeur d'intensité) pour le bac avec le plus de comptes.

-biModalT
Imprimer le seuil bimodal séparant le volume en deux classes La valeur par défaut est
pour utiliser la méthode otsu (voir options ci-dessous)

-otsu Utilisez la méthode décrite dans Otsu N, "A Threshold Selection Method from Grey-level
Histogrammes", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 à
calculer le seuil

-kittler
Utilisez l'algorithme Kittler&Illingworth '86 pour calculer le seuil bimodal.
Kittler, J. & Illingworth J., "Seuil d'erreur minimum", Reconnaissance de motifs,
vol 19, pages 41-47, 1986.

-kapur Utiliser le Kapur et al. '85 algorithme pour calculer le seuil bimodal. Kapur,
Sahoo & Wong "Une nouvelle méthode de seuillage d'image en niveaux de gris utilisant l'entropie de
l'histogramme", Computer Vision, Graphics, and Image Processing, vol 29, pp
273-285, 1985.

-Facile
Utiliser un algorithme de moyenne des moyennes simple pour calculer le seuil bimodal C'est plus
calculatoirement coûteux que certaines des alternatives, et ne semble pas faire un
bon travail. Mais cela semble plus robuste que certaines des autres méthodes.

-pctT Imprimez le seuil nécessaire pour un pourcentage critique particulier de l'histogramme.

-entropie
Imprimez l'entropie de Shannon.

H(x) = - Somme(P(i) * log2(P(i))

où P(i) est la probabilité bin

Générique Options en TOUTE commandes:

-Aide Imprimez le résumé des options de la ligne de commande et quittez.

-version
Imprimez le numéro de version du programme et quittez.

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