C'est le miniasme de commande qui peut être exécuté dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
miniasm - assembleur de novo pour de longues séquences de lecture
SYNOPSIS
miniasme [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s duréemin] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intSeuil] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e MinUtgSize] [-f lireFichier] [-n
nRondes] [-r rapport de chute] [-F rapportDrop final] [-p infos de sortie] mappage.paf > sortie.gfa
DESCRIPTION
Miniasm est un assembleur de novo très rapide basé sur OLC pour les longues lectures bruyantes. Il faut tout contre
tous lisent les auto-mappings au format PAF en entrée et génèrent un graphique d'assemblage dans le GFA
format. Différent des assembleurs traditionnels, le miniasm n'a pas d'étape de consensus. Ce
concatène simplement des morceaux de séquences de lecture pour générer les séquences unitig finales. Ainsi
le taux d'erreur par base est similaire aux lectures d'entrée brutes.
OPTIONS
Présélection Options
-m INT Les mappages de suppression ayant moins de INT bases d'appariement (col10 dans PAF) [100]. Cette
option a le même rôle que -L de la mini-carte.
-s INT Supprimer les mappages plus courts que INT-pb [1000]. Cette option affecte également le deuxième
cycle de filtrage de lecture et longueur de chevauchement minimale.
-i FLOAT Pendant le filtrage de lecture, ignorez les mappages avec col10/col11 ci-dessous FLOAT [0.05].
Les mappages ignorés sont toujours utilisés pour les chevauchements de lecture.
-c INT Couverture minimale par d'autres lectures [3]. Dans le premier cycle de filtrage, le miniasme
trouve la plus longue région couverte par INT ou plusieurs lectures. Au deuxième tour, il
exige en outre que chaque base restante soit couverte par INT base au moins
duréemin/2 à partir de la fin des autres lectures.
Chevauchement Options
-o INT Longueur minimale de chevauchement [identique à duréemin]
-h INT Longueur de porte-à-faux maximale [1000]. Un surplomb est une région non cartographiée qui doit être
mappé étant donné un vrai chevauchement ou un vrai confinement. Si le porte-à-faux est trop long,
le mappage est considéré comme une correspondance interne et sera ignoré.
-I FLOAT Ratio minimal entre la longueur de mappage et la longueur de mappage + surplomb pour un mappage
considéré comme un confinement ou un chevauchement [0.8]. Cette option a un rôle similaire à
-h, sauf qu'il contrôle le rapport, pas la longueur.
Graphique disposition Options
-g INT Différences d'écart maximales entre deux lectures dans un mappage [1000]. Ce paramètre est
utilisé uniquement pour la réduction transitive.
-d INT Distance de sondage maximale pour l'éclatement des bulles [50000]. Bulles plus longues que INT
ne sera pas éclaté.
-e INT Un unitig est considéré comme petit s'il est composé de moins de INT lit [4].
Miniasm peut essayer de supprimer les petites unités à différentes étapes.
-f DOSSIER Lire le fichier de séquence au format FASTA ou FASTQ pour générer des séquences unitig
[nul]. Si cette option est absente, miniasm produit une sortie GFA sans
séquences.
-r FLOTTEUR1,[FLOAT2]
Taux de chute de chevauchement max et min [0.7,0.5]. Soit le chevauchement (v->w) le chevauchement
longueur du bord v->w et maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} soit la longueur du plus grand
chevauchement. Le miniasme supprime le chevauchement v->w si le chevauchement(v->w)/maxovlp(v) est inférieur à a
seuil contrôlé par cette option. Le miniasme s'applique nRondes tours de court
suppression des chevauchements avec un seuil croissant entre FLOTTEUR1 ainsi que FLOTTEUR2.
-n INT Rondes de suppression de chevauchement court [3].
-F FLOAT Seuil de taux de chute de chevauchement après un court retrait de l'unité [0.8]
Divers Options
-b Indiquer que dans l'entrée, le même mappage est susceptible d'être donné deux fois
-1 Passer le premier tour de sélection de lecture de pré-assemblage
-2 Passer le deuxième tour de sélection de lecture de pré-assemblage
-p STR Informations de sortie et format [ug]. Possible STR les valeurs incluent - lit: Publier-
régions de lecture filtrées au format BED ; fap: mappages entre post-filtrés
lit; sg: lire le graphique de chevauchement au format GFA ; ug: graphique unitaire dans le GFA
le format.
-V Imprimer le numéro de version sur stdout
CONTRIBUTION Format
Miniasm lit les positions de mappage dans le format Pairwise mapping (PAF), qui est un TAB-
format de texte délimité avec chaque ligne composée d'au moins 12 champs comme décrit dans
le tableau suivant :
?? ??
│Avec │ Type │ Description │
?? ??
│ 1 │ chaîne │ Nom de la séquence de requête │
│ 2 │ int │ Longueur de la séquence de requête │
│ 3 │ int │ Coordonnée de début de la requête (basée sur 0) │
│ 4 │ int │ Coordonnée de fin de requête (basée sur 0) │
│ 5 │ car │ `+' si requête et cible sur le même brin ; `-' si opposé
│ 6 │ chaîne │ Nom de la séquence cible │
│ 7 │ int │ Longueur de la séquence cible │
│ 8 │ int │ Coordonnée de départ cible sur le brin d'origine │
│ 9 │ int │ Coordonnée de fin cible sur le brin d'origine │
│ 10 │ int │ Nombre de bases correspondantes dans le mapping │
│ 11 │ int │ Bases de nombres, y compris les lacunes, dans le mappage │
│ 12 │ int │ Qualité de la cartographie (0-255 avec 255 pour manquant) │
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S'il te plait regarde minicarte(1) pour la description détaillée de chaque champ.
SORTIE Format
Miniasm génère l'assemblage au format Graphical Fragment Assembly (GFA). C'est un
format de ligne délimité par des tabulations, la première lettre indiquant le type de la ligne.
Le tableau suivant donne les types de lignes utilisés par miniasm :
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│Gamme │ Commentaires │ Fixé des champs │
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│ H │ En-tête │ N/A │
S │ Segment │ segName segSeq │
│ L │ Chevauchement │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Chemin doré │ utgName utgStart readName: début-fin readOri longueur │
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