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PROGRAMME:

Nom

showalign - Affiche un alignement de séquences multiples dans un joli format

SYNOPSIS

afficher aligner -séquence ensemble de séquences [-matrice matrice] [-réfseq string] [-bas booléen]
[-spectacle liste] [-ordre liste] [-cas similaire booléen] [-consensus booléen]
-majuscule gamme -nombre booléen -règle booléen -largeur int -marge int
-html booléen -surligner gamme -pluralité flotter -setcase flotter -identité flotter
-lacunes booléen -fichier de sortie fichier de sortie

afficher aligner -Aide

DESCRIPTION

afficher aligner est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du "Alignement : Multiple, Récupération de données : Données de séquence"
groupe(s) de commande.

OPTIONS

Entrée
-séquence ensemble de séquences
L'alignement de séquence à afficher.

-matrice matrice
Il s'agit du fichier de matrice de notation utilisé lors de la comparaison des séquences. Par défaut c'est le
fichier 'EBLOSUM62' (pour les protéines) ou le fichier 'EDNAFULL' (pour les séquences nucléiques). Ces
se trouvent dans le répertoire 'data' de l'installation d'EMBOSS.

Supplémentaire
-réfseq string
Si vous donnez le numéro dans l'alignement ou le nom d'une séquence, elle sera prise en compte
être la séquence de référence. La séquence de référence est toujours affichée en entier et est la
un contre lequel toutes les autres séquences sont comparées. S'il est défini sur 0, le
la séquence consensus sera utilisée comme séquence de référence. Par défaut le consensus
La séquence est utilisée comme séquence de référence.

-bas booléen
Si cela est vrai, la séquence de référence est affichée en bas de la
alignement au lieu du haut. Valeur par défaut : O

-spectacle liste
Valeur par défaut : N

-ordre liste
Valeur par défaut : I

-cas similaire booléen
Si cela est défini sur True, alors lorsque -show est défini sur « Similarités » ou « Non-identités » et
un résidu est similaire mais pas identique au résidu de la séquence de référence, il sera
changé en minuscule. Si -show est défini sur 'All' alors non identique, non similaire
les résidus seront changés en minuscules. Si c'est False alors aucun changement dans le cas de
les résidus sont fabriqués sur la base de leur similitude avec la séquence de référence.
Valeur par défaut : O

-consensus booléen
Si cela est vrai, la ligne de consensus s'affiche. Valeur par défaut : O

Avancé
-majuscule gamme
Régions à mettre en majuscule. Si ceci est laissé vide, alors la casse de séquence est laissée
seul. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions. Les postes sont
entiers. Ils sont séparés par tout caractère non numérique et non alphabétique. Exemples de région
les spécifications sont : 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-nombre booléen
Si cette option est vraie alors une ligne donnant les positions dans l'alignement s'affiche
tous les 10 caractères au-dessus de l'alignement. Valeur par défaut : O

-règle booléen
Si cette option est vraie, alors une ligne de règle marquant chaque 5ème et 10ème caractère dans le
l'alignement s'affiche. Valeur par défaut : O

-largeur int
Valeur par défaut : 60

-marge int
Cela définit la longueur de la marge de gauche pour les noms de séquence. Si la marge est définie
à 0, aucune marge et aucun nom n'est affiché. Si la marge est définie sur une valeur qui
est inférieure à la longueur d'un nom de séquence alors le nom de séquence est affiché
tronqué à la longueur de la marge. Si la marge est définie sur -1 alors le minimum
largeur de marge qui permettra à tous les noms de séquence d'être affichés en entier plus un
l'espace à la fin du nom sera automatiquement sélectionné. Valeur par défaut : -1

-html booléen
Valeur par défaut : N

-surligner gamme
Régions à colorier si formatage pour HTML. S'il n'est pas renseigné, la séquence est
laissé seul. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions. Les
les positions sont des nombres entiers. Ils sont suivis de toute couleur de police HTML valide. Exemples de
les spécifications régionales sont : 24-45 bleu 56-78 orange 1-100 vert 120-156 rouge Un fichier de
les plages de couleurs (une plage par ligne) peuvent être spécifiées comme '@filename'.

-pluralité flotter
Fixez un seuil pour le % de correspondances positives en deçà duquel il n'y a pas de consensus.
La pluralité par défaut est prise comme 50 % du poids total de toutes les séquences dans le
alignement. Valeur par défaut : 50.0

-setcase flotter
Définit le seuil des scores des correspondances positives au-dessus duquel le consensus est
en majuscule et en dessous duquel le consensus est en minuscule. Par défaut c'est réglé
être la moitié du nombre (ajusté en fonction du poids) de séquences dans l'alignement. Défaut
valeur : @( $(sequence.totweight) / 2)

-identité flotter
Fournit la possibilité de définir le nombre requis d'identités à une position pour
cela pour donner un consensus. Par conséquent, si cette valeur est définie sur 100 %, seules les colonnes d'identités
contribuer au consensus. Valeur par défaut : 0.0

-lacunes booléen
Si cette option est vraie, des caractères d'écart peuvent apparaître dans le consensus. Les
l'alternative est « N » pour le nucléotide ou « X » pour la protéine Valeur par défaut : Y

Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie

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