Il s'agit de l'application Linux nommée AmPEP et AxPEP dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom deep-ampep30-test_set.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée AmPEP et AxPEP avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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AmPEP et AxPEP
DESCRIPTION
Les peptides antimicrobiens (AMP) sont des candidats prometteurs dans la lutte contre les agents pathogènes multirésistants en raison de leur large éventail d'activités et de leur faible toxicité. Cependant, l'identification des AMP par une expérience en laboratoire humide est encore coûteuse et prend du temps. AmPEP est une méthode de calcul précise pour la prédiction AMP utilisant l'algorithme de forêt aléatoire. Le modèle de prédiction est basé sur les modèles de distribution des propriétés des acides aminés le long de la séquence. Notre modèle optimal, AmPEP avec un rapport de données de 1:3 a atteint une très haute précision de 96%, MCC de 0.9, AUC-ROC de 0.99 et statistique Kappa de 0.9. AmPEP surpasse les méthodes existantes en ce qui concerne la précision, le MCC et l'AUC-ROC lorsqu'il est testé à l'aide des ensembles de données de référence.Features
- code source MATLAB
- Ensembles de données AmPEP
- Apprentissage automatique
- Bioinformatique
- Séquence peptidique
- Découverte de médicament
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/axpep/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
