Il s'agit de l'application Linux Seurat, dont la dernière version est téléchargeable sous la référence Version5.3.0sourcecode.tar.gz. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Seurat avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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seurat
DESCRIPTION
Seurat est une boîte à outils R complète pour l'analyse génomique unicellulaire, introduite par le laboratoire Satija du NYGC. Elle prend en charge le contrôle qualité, la normalisation, le clustering, l'intégration de données multimodales (par exemple, scRNA-seq, spatiales, CITE-seq) et la visualisation. Seurat v5 introduit des flux de travail évolutifs et une prise en charge de la transcriptomique spatiale, couramment utilisés dans la recherche universitaire et industrielle pour les études unicellulaires.
Caractéristiques
- Pipelines de contrôle qualité et de normalisation pour scRNA-seq
- Réduction dimensionnelle, clustering et annotation des types de cellules
- Intégration entre les échantillons et les modalités
- Analyse et visualisation de la transcriptomique spatiale
- Gère efficacement les ensembles de données à grande échelle (évolutivité v5)
- Vignettes complètes, tutoriels et intégration avec Bioconductor
Langage de programmation
R
Catégories
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/seurat.mirror/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
