bp_papplmaker.plp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

papplmaker.PLS - विश्लेषण उपकरण मॉड्यूल जनरेटर

SYNOPSIS

# कुछ सहायता मिली
papplmaker.PLS -h

# प्रोग्राम 'सीक्रेट' के लिए मॉड्यूल जेनरेट करें
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# ठीक यही, लेकिन निर्दिष्ट करें कि 'सीक्रेट' कहां मिलेगा
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/अक्ष/सेवाएँ

# ठीक इसी तरह, लेकिन 'सीक्रेट' के लिए एक गैर-डिफ़ॉल्ट एक्सेस विधि निर्दिष्ट करें
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-एक कोरबा

# सभी उपलब्ध विश्लेषणों के लिए मॉड्यूल तैयार करें
# (डिफ़ॉल्ट स्थान और डिफ़ॉल्ट पहुंच विधि का उपयोग करके)
पप्पलमेकर.पीएलएस

#उत्पन्न न करें बल्कि देखें कि क्या उत्पन्न होगा
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -एस

# विश्लेषण के लिए मॉड्यूल तैयार करें 'edit::seqret'
# लेकिन इसका नाम 'MySeqret' रखें
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ...और इसका उपयोग करें
MySeqret का उपयोग करें;
नया MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt') प्रिंट करें
->ऑस्फ़ॉर्मेट ('एम्बल')
->इंतज़ार करें
->आउटसेक;

# ठीक ऐसा ही लेकिन परिणाम को निर्देशिका '/tmp/my' में डालें
# (निर्देशिकाओं का अस्तित्व आवश्यक नहीं है)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# सभी विश्लेषणों के लिए मॉड्यूल तैयार करें जिनके नाम
# नियमित अभिव्यक्ति से मेल खाता है (केस असंवेदनशील)
papplmaker.PLS -r 'संपादित करें'

# ठीक इसी तरह, लेकिन जेनरेट किए गए मॉड्यूल को अपने नाम से नाम दें
# (paplmaker.PLS को आपके नाम के कुछ हिस्सों को प्रतिस्थापित करने दें)
papplmaker.PLS -r 'संपादित करें' -m 'My_$ANALYSIS'

वर्णन

मॉड्यूल "बायो::टूल्स::रन::एनालिसिस" स्थानीय और दूरस्थ विश्लेषण तक पहुंच प्रदान करता है
एकीकृत तरीके से उपकरण ("बायो::एनालिसिसआई" में परिभाषित)। मॉड्यूल सामान्य दृष्टिकोण का उपयोग करता है
मनमाना इनपुट डेटा सेट करने और उन्हें नाम देकर परिणाम पुनर्प्राप्त करने की अनुमति देता है। तथापि,
कभी-कभी एक विशिष्ट मॉड्यूल का उपयोग करना अधिक सुविधाजनक होता है, जो एक विश्लेषण उपकरण का प्रतिनिधित्व करता है,
वह पहले से ही उपलब्ध इनपुट और परिणाम नामों के बारे में जानता है।

जनरेटर "papplmaker.PLS" ऐसे समर्पित मॉड्यूल बनाता है।

"papplmaker.PLS" सामान्य मॉड्यूल के समान एक्सेस विधि का उपयोग करता है - जिसका अर्थ है
पैरामीटर "एक्सेस" के आधार पर यह SOAP, CORBA या किसी अन्य (समर्थित) का उपयोग कर सकता है
प्रोटोकॉल, या यह स्थानीय विश्लेषण तक पहुंच सकता है (उसी मशीन पर उपलब्ध है जहां
"papplmaker.PLS" का प्रयोग किया जाता है)।

"papplmaker.PLS" या तो एक नामित विश्लेषण ("-n" विकल्प द्वारा निर्दिष्ट) के लिए अपना काम करता है,
या यह "बायो::टूल्स::रन::एनालिसिसफैक्ट्री" मॉड्यूल का उपयोग करता है ताकि यह पता लगाया जा सके कि विश्लेषण क्या हैं
उपलब्ध है, और दिए गए रेगुलर एक्सप्रेशन से मिलान करके उनकी संख्या सीमित कर सकते हैं
"-r" विकल्प.

जेनरेट किए गए मॉड्यूल या मॉड्यूल को डिफ़ॉल्ट रूप से नामों के समान नाम दिया गया है
संगत विश्लेषण, लेकिन इसे "-एम" विकल्प द्वारा बदला जा सकता है जो वास्तव में एक है
टेम्प्लेट जहां निम्नलिखित स्ट्रिंग्स को पहचाना और प्रतिस्थापित किया जाता है:

$विश्लेषण या ${विश्लेषण}
विश्लेषण के नाम से प्रतिस्थापित किया जाएगा.

$श्रेणी या ${श्रेणी}
उस श्रेणी के नाम से प्रतिस्थापित किया जाएगा जहां विश्लेषण संबंधित है।

$सेवा या ${सेवा}
सेवा के पूरे नाम से प्रतिस्थापित किया जाएगा (जो आमतौर पर एक संयोजन है
एक श्रेणी और एक विश्लेषण नाम, और इसका उपयोग डिफ़ॉल्ट मॉड्यूल नाम के रूप में भी किया जाता है, वैसे)।

"सेवा" और "विश्लेषण" के बीच क्या अंतर है, और "श्रेणी" का क्या अर्थ है?
कभी-कभी ये शब्द भ्रमित करने वाले हो सकते हैं क्योंकि इनका मतलब थोड़ा अलग हो सकता है
उनके साथ संचार करने के लिए उपयोग की जाने वाली पहुंच विधि पर निर्भर करता है। आम तौर पर, एक "विश्लेषण" होता है
एक प्रोग्राम (एक एप्लिकेशन, एक टूल) कहीं चल रहा है, लेकिन कभी-कभी स्थानीय मशीन पर। एक
विश्लेषण का उदाहरण "सीक्रेट" (EMBOSS पैकेज से) है। विश्लेषणों को समूहीकृत किया जा सकता है
उनके कार्यों के आधार पर या उनके द्वारा निपटाए जाने वाले डेटा के प्रकार के आधार पर श्रेणियों में विभाजित किया जाता है (लेकिन कभी-कभी वहां भी)।
बिल्कुल कोई श्रेणियां नहीं हैं)। प्रत्येक विश्लेषण को उच्च स्तर का उपयोग करके एक्सेस किया जा सकता है
अमूर्तता, एक "सेवा"। एक सेवा आमतौर पर एक प्रोटोकॉल-निर्भर आवरण होती है, जैसे कि वेब
सेवा, या कोरबा सेवा। उदाहरण के लिए एक "edit::seqret" सेवा है जो
"संपादन" श्रेणी में विश्लेषण "गुप्त" का प्रतिनिधित्व करता है।

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