यह कमांड bp_process_verbasep है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
bp_process_wormbase.pl - वॉर्मबेस GFF फ़ाइलों को उपयुक्त संस्करण में मसाज करें
जेनेरिक जीनोम ब्राउज़र
SYNOPSIS
% bp_process_ Wormbase.pl ./WS61 > Wormbase.gff
वर्णन
यह स्क्रिप्ट यहां स्थित वॉर्मबेस जीएफएफ फाइलों की मालिश करती है
ftp://www.wormbase.org/pub/verbbase/GENE_DUMPS उपयुक्त GFF प्रारूप के एक संस्करण में
जेनेरिक जीनोम ब्राउज़र द्वारा प्रदर्शन के लिए। यह मुख्य रूप से एनोटेशन में टिप्पणियाँ जोड़ता है और
कुछ अच्छी तरह से दूरी वाले आनुवंशिक लोकी को रूपरेखा स्थलों के रूप में नामित करता है।
इस स्क्रिप्ट के लिए AcePerl वितरण की आवश्यकता है, जो CPAN पर उपलब्ध है (देखें)।
"ऐस" मॉड्यूल)।
इस स्क्रिप्ट का उपयोग करने के लिए, ऊपर सूचीबद्ध एफ़टीपी साइट से वॉर्मबेस जीएफएफ फ़ाइलें प्राप्त करें और रखें
उन्हें एक निर्देशिका में. निर्देशिका का नाम वर्तमान के नाम पर रखना एक अच्छा विचार हो सकता है
रिलीज़, जैसे WS61. आपको फ़ाइलों को अनकंप्रेस करने की आवश्यकता नहीं है.
फिर उस निर्देशिका को इस स्क्रिप्ट के तर्क के रूप में दें और स्क्रिप्ट के आउटपुट को कैप्चर करें
एक फ़ाइल:
% bp_process_ Wormbase.pl ./WS61 > Wormbase.gff
आपको इस स्क्रिप्ट से आउटपुट देखने में कुछ समय लग सकता है, क्योंकि इसमें पहले जीन लाना होगा
और www. Wormbase.org पर चल रहे दूरस्थ AceDB से प्रोटीन डेटाबेस। वर्मबेस.gff
फ़ाइल को निम्नलिखित कमांड का उपयोग करके Bio::DB::GFF डेटाबेस में लोड किया जा सकता है:
% बल्क_लोड_जीएफएफ.पीएल -डी वर्मबेस.gff
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके bp_process_wormbasep का ऑनलाइन उपयोग करें
