सटीक-अग्रानुक्रम - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

ममर - एकाधिक जीनोम के अनुक्रम संरेखण के लिए पैकेज

SYNOPSIS

मम्मर-एनोटेट
कम्बाइनएमयूएम
डैनाडिफ [विकल्प]या [विकल्प]-d<डेल्टाफ़ाइल>
सटीक अग्रानुक्रम
अंतराल
नक्शा देखें [विकल्प]<कोर्डर्सफ़ाइल>[यूटीआरकोर्ड्स][सीडीएसकोर्ड्स]
एमजीपीएस [-डी][-एफ][-एल][-एस]
चेहरा लगाकर तमाशा करनेवाला [विकल्पों]
ममरप्लॉट [विकल्प]<मैचफ़ाइल>
न्यूमर [विकल्प]
numer2xfig
प्रोमेर [विकल्प]
रिपीट-मैच [विकल्प]
रन-ममर1 <फ़स्टासंदर्भ><फ़स्टाप्रश्न>[-आर]
रन-ममर3 <फ़स्टासंदर्भ><मल्टी-फास्टाप्रश्न>
शो-संरेखण [विकल्प]<संदर्भआईडी><qryआईडी>

इनपुट या तो "न्यूमर" या "प्रोमर" प्रोग्राम का .delta आउटपुट है
कमांड लाइन।

आउटपुट को स्टडआउट करना है, और इसमें क्वेरी और संदर्भ के बीच सभी संरेखण शामिल हैं
कमांड लाइन पर पहचाने गए अनुक्रम।

नोट: डिफ़ॉल्ट रूप से कोई छँटाई नहीं की जाती है, इसलिए संरेखण का आदेश दिया जाएगा जैसा कि पाया गया है
NS इनपुट।
शो-कॉर्ड्स [विकल्प]
शो-स्नप्स [विकल्प]
शो-टाइलिंग [विकल्प]

वर्णन

विकल्प

सभी उपकरण (अंतराल को छोड़कर) -h, --help, -V और --version विकल्पों का पालन करते हैं जैसा कि कोई करेगा
अपेक्षा करना। यह सहायता उत्कृष्ट है और इन मैन पेजों को मूल रूप से अप्रचलित बना देती है।
कम्बाइनएमयूएम में MUMs को जोड़ती है मैचों को सिरों से और एमयूएम के बीच बढ़ाकर।
संदर्भ अनुक्रम की एक फास्टा फ़ाइल है। एक बहु है
अनुक्रमों की फास्टा फ़ाइल संदर्भ के विरुद्ध मेल खाती है

-D अंतर पदों को समाप्त करने के लिए केवल आउटपुट
और पात्र
-n केवल न्यूक्लियोटाइड्स, यानी ACGTs के बीच मिलान की अनुमति दें
-N संख्या ब्रेक मैच at या अधिक लगातार गैर-एसीजीटी
-q टैग क्वेरी मिलान को लेबल करने के लिए प्रयुक्त होता है
-r टैग संदर्भ मिलान को लेबल करने के लिए प्रयुक्त होता है
-एस स्ट्रिंग्स में सभी अंतरों को आउटपुट करता है
-t लेबल क्वेरी क्वेरी फास्टा हेडर के साथ मेल खाती है
-v संख्या अतिरिक्त आउटपुट के लिए वर्बोज़ स्तर सेट करें
-W फ़ाइल डिफ़ॉल्ट आउटपुट फ़ाइल नाम को एररर्स.गैप्स के साथ रीसेट करें
-x .कवर फ़ाइलें आउटपुट न करें
-ई त्रुटि दर कटऑफ को ई पर सेट करें (उदाहरण 0.02 दो प्रतिशत है)
डैनाडिफ न्यूमर और उससे जुड़े दो अनुक्रम सेटों का तुलनात्मक विश्लेषण चलाएँ
अनुशंसित मापदंडों के साथ उपयोगिताओं। अधिक विस्तृत जानकारी के लिए MUMmer दस्तावेज़ देखें
आउटपुट का विवरण। निम्न आउटपुट फ़ाइलें उत्पन्न करता है:

.रिपोर्ट - संरेखण, अंतर और एसएनपी का सारांश
.delta - मानक न्यूमर संरेखण आउटपुट
.1delta - डेल्टा-फ़िल्टर -1 . से 1-से-1 संरेखण
.mdelta - डेल्टा-फ़िल्टर -m . से एम-टू-एम संरेखण
.1coords - शो-कोर्ड्स से 1-टू-1 निर्देशांक -THrcl .1delta
.mcoords - M-to-M शो-कोर्ड्स से निर्देशांक -THrcl .mdelta
.snps - शो-snps -rlTHC .1delta . से एसएनपी
.rdiff - शो-डिफ -rH .mdelta . से वर्गीकृत रेफरी ब्रेकप्वाइंट
.qdiff - शो-डिफ -qH .mdelta . से वर्गीकृत qry ब्रेकप्वाइंट
.unref - असंरेखित संदर्भ आईडी और लंबाई (यदि लागू हो)
.unqry - असंरेखित क्वेरी आईडी और लंबाई (यदि लागू हो)

अनिवार्य:
संदर्भ इनपुट संदर्भ बहु-फास्टा फ़ाइल नाम सेट करें
क्वेरी इनपुट क्वेरी बहु-फास्टा फ़ाइल नाम सेट करें
or
डेल्टा फ़ाइल अनफ़िल्टर्ड .Nucmer से डेल्टा संरेखण फ़ाइल

विकल्प:
-d|delta विश्लेषण के लिए पूर्व-गणना की गई डेल्टा फ़ाइल प्रदान करें
-h
--help सहायता जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें
-p|prefix आउटपुट फ़ाइलों का उपसर्ग सेट करें (डिफ़ॉल्ट "आउट")
-V
--संस्करण संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

नक्शा देखें
-h
--help सहायता जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें
-m|mag वह आवर्धन सेट करें जिस पर आकृति प्रदान की जाती है,
यह fig2dev के लिए एक विकल्प है जिसका उपयोग उत्पन्न करने के लिए किया जाता है
पीडीएफ और पीएस फाइलें (डिफ़ॉल्ट 1.0)
-n|num विभाजन के लिए प्रयुक्त आउटपुट फ़ाइलों की संख्या सेट करें
आउटपुट, यह उन फ़ाइलों को उत्पन्न करने से बचने के लिए है जो बहुत अधिक हैं
प्रदर्शित करने के लिए बड़ा (डिफ़ॉल्ट 10)
-p|उपसर्ग आउटपुट फ़ाइल उपसर्ग सेट करें
(डिफ़ॉल्ट "PROMER_graph या NUCMER_graph")
-v
--verbose संसाधित फ़ाइलों की वर्बोज़ लॉगिंग
-V
--संस्करण संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें
-x1 कॉर्ड डिस्प्ले के निचले निर्देशांक बाउंड को सेट करें
-x2 कॉर्ड डिस्प्ले के ऊपरी कोऑर्डिनेट बाउंड को सेट करें
-g|Ref यदि इनपुट फ़ाइल 'mgaps' द्वारा प्रदान की जाती है, तो सेट करें
संदर्भ अनुक्रम आईडी (जैसा कि यह पहले कॉलम में दिखाई देता है
यूटीआर/सीडीएस कोर्ड्स फाइल का)
-मैं क्वेरी अनुक्रमों का नाम प्रदर्शित करता हूं
-Ir संदर्भ जीन का नाम प्रदर्शित करें
चेहरा लगाकर तमाशा करनेवाला खोजें और आउटपुट (stdout करने के लिए) सभी पर्याप्त रूप से लंबे समय की स्थिति और लंबाई
एक सबस्ट्रिंग के अधिकतम मिलान in तथा

-मम अधिकतम मैचों की गणना करें जो दोनों अनुक्रमों में अद्वितीय हैं
-ममचंद के समान -ममरेफरेंस
-ममरेफरेंस अधिकतम मैचों की गणना करता है जो अद्वितीय हैं
संदर्भ-अनुक्रम लेकिन जरूरी नहीं कि क्वेरी-अनुक्रम में हो
(डिफ़ॉल्ट)
-मैक्समैच उनकी विशिष्टता की परवाह किए बिना सभी अधिकतम मैचों की गणना करता है
-n केवल अक्षर a, c, g, या t . से मेल खाता है
वे ऊपरी या निचले मामले में हो सकते हैं
-l मैच की न्यूनतम लंबाई निर्धारित करें
यदि सेट नहीं है, तो डिफ़ॉल्ट मान 20 . है
-बी आगे की गणना करें और पूरक मैचों को उलट दें
-r केवल रिवर्स पूरक मैचों की गणना करें
-s मिलान करने वाले सबस्ट्रिंग दिखाएं
-सी एक रिवर्स पूरक मैच की क्वेरी-स्थिति की रिपोर्ट करें
मूल क्वेरी अनुक्रम के सापेक्ष
-F बल 4 कॉलम आउटपुट स्वरूप की संख्या की परवाह किए बिना
संदर्भ अनुक्रम इनपुट
-L हेडर लाइन पर क्वेरी अनुक्रमों की लंबाई दिखाता है
ननक्मेर
न्यूमर दो मल्टी-फास्टा इनपुट के बीच न्यूक्लियोटाइड संरेखण उत्पन्न करता है
फ़ाइलें। दो आउटपुट फाइलें उत्पन्न होती हैं। .cluster आउटपुट फ़ाइल सूचियाँ
प्रत्येक अनुक्रम के बीच मैचों के समूह। .delta फ़ाइल सूचीबद्ध करती है
सम्मिलन और विलोपन के बीच की दूरी जो अधिकतम स्कोरिंग उत्पन्न करती है
प्रत्येक अनुक्रम के बीच संरेखण।

अनिवार्य:
संदर्भ इनपुट संदर्भ बहु-फास्टा फ़ाइल नाम सेट करें
क्वेरी इनपुट क्वेरी बहु-फास्टा फ़ाइल नाम सेट करें

--मम एंकर मैचों का उपयोग करें जो दोनों संदर्भों में अद्वितीय हैं
और क्वेरी
--mumcand समान --mumreference
--mumreference ऐसे एंकर मैचों का उपयोग करें जो संदर्भ में अद्वितीय हों
लेकिन जरूरी नहीं कि क्वेरी में अद्वितीय हो (डिफ़ॉल्ट व्यवहार)
--maxmatch सभी एंकर मैचों का उपयोग उनकी विशिष्टता की परवाह किए बिना करें

-बी|ब्रेकलेन वह दूरी निर्धारित करें जो एक संरेखण विस्तार करने का प्रयास करेगा
हार मानने से पहले खराब स्कोरिंग क्षेत्रों का विस्तार करें (डिफ़ॉल्ट 200)
-c|mincluster मैचों के समूह की न्यूनतम लंबाई निर्धारित करता है (डिफ़ॉल्ट 65)
--[no]delta डेल्टा फ़ाइल के निर्माण को टॉगल करें (डिफ़ॉल्ट --delta)
--निर्भर निर्भरता जानकारी प्रिंट करें और बाहर निकलें
-d|diagfactor क्लस्टरिंग विकर्ण अंतर पृथक्करण कारक सेट करें
(डिफ़ॉल्ट 0.12)
--[no]extend क्लस्टर एक्सटेंशन चरण को टॉगल करें (डिफ़ॉल्ट --extend)
-f
--फॉरवर्ड केवल क्वेरी अनुक्रमों के फॉरवर्ड स्ट्रैंड का उपयोग करें
-g|maxgap दो आसन्न मैचों के बीच अधिकतम अंतर को a . में सेट करें
क्लस्टर (डिफ़ॉल्ट 90)
-h
--help सहायता जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें
-l|minmatch एकल मैच की न्यूनतम लंबाई निर्धारित करें (डिफ़ॉल्ट 20)
-o
--coords स्वचालित रूप से मूल NUCmer1.1 कोर्ड्स उत्पन्न करते हैं
'शो-कोर्ड्स' प्रोग्राम का उपयोग करके आउटपुट फ़ाइल
--[नहीं] टॉगल संरेखण स्कोर अनुकूलन को अनुकूलित करें, अर्थात यदि कोई संरेखण है
विस्तार एक अनुक्रम के अंत तक पहुँचता है, यह पीछे हट जाएगा
को समाप्त करने के बजाय संरेखण स्कोर को अनुकूलित करने के लिए
अनुक्रम के अंत में संरेखण (डिफ़ॉल्ट --ऑप्टिमाइज़ करें)
-p|prefix आउटपुट फ़ाइलों का उपसर्ग सेट करें (डिफ़ॉल्ट "आउट")
-r
--reverse केवल क्वेरी अनुक्रमों के विपरीत पूरक का उपयोग करें
- [नहीं] छायांकित समूहों को हटाकर संरेखण को सरल बनाएं। मोड़
यह विकल्प बंद हो जाता है यदि किसी अनुक्रम को देखने के लिए स्वयं को संरेखित किया जाता है
दोहराव के लिए (डिफ़ॉल्ट --simplify)

प्रोमेर
प्रोमर दो मल्टी-फास्टा डीएनए इनपुट के बीच एमिनो एसिड संरेखण उत्पन्न करता है
फ़ाइलें। दो आउटपुट फाइलें उत्पन्न होती हैं। .cluster आउटपुट फ़ाइल सूचियाँ
प्रत्येक अनुक्रम के बीच मैचों के समूह। .delta फ़ाइल सूचीबद्ध करती है
सम्मिलन और विलोपन के बीच की दूरी जो अधिकतम स्कोरिंग उत्पन्न करती है
प्रत्येक अनुक्रम के बीच संरेखण। डीएनए इनपुट का सभी 6 . में अनुवाद किया गया है
आउटपुट उत्पन्न करने के लिए फ्रेम पढ़ना, लेकिन आउटपुट निर्देशांक
मूल डीएनए इनपुट का संदर्भ लें।

अनिवार्य:
संदर्भ इनपुट संदर्भ बहु-फास्टा डीएनए फ़ाइल सेट करें
क्वेरी इनपुट क्वेरी मल्टी-फास्टा डीएनए फ़ाइल सेट करें

--मम एंकर मैचों का उपयोग करें जो दोनों संदर्भों में अद्वितीय हैं
और क्वेरी
--mumcand समान --mumreference
--mumreference ऐसे एंकर मैचों का उपयोग करें जो संदर्भ में अद्वितीय हों
लेकिन जरूरी नहीं कि क्वेरी में अद्वितीय हो (डिफ़ॉल्ट व्यवहार)
--maxmatch सभी एंकर मैचों का उपयोग उनकी विशिष्टता की परवाह किए बिना करें

-बी|ब्रेकलेन वह दूरी निर्धारित करें जो एक संरेखण विस्तार करने का प्रयास करेगा
हार मानने से पहले खराब स्कोरिंग क्षेत्रों का विस्तार करें, में मापा जाता है
अमीनो एसिड (डिफ़ॉल्ट 60)
-c|mincluster मैचों के समूह की न्यूनतम लंबाई सेट करता है, जिसे में मापा जाता है
अमीनो एसिड (डिफ़ॉल्ट 20)
--[no]delta डेल्टा फ़ाइल के निर्माण को टॉगल करें (डिफ़ॉल्ट --delta)
--निर्भर निर्भरता जानकारी प्रिंट करें और बाहर निकलें
-d|diagfactor क्लस्टरिंग विकर्ण अंतर पृथक्करण कारक सेट करें
(डिफ़ॉल्ट .11)
--[no]extend क्लस्टर एक्सटेंशन चरण को टॉगल करें (डिफ़ॉल्ट --extend)
-g|maxgap दो आसन्न मैचों के बीच अधिकतम अंतर को a . में सेट करें
क्लस्टर, अमीनो एसिड में मापा जाता है (डिफ़ॉल्ट 30)
-l|minmatch एकल मैच की न्यूनतम लंबाई निर्धारित करें, जिसे अमीनो में मापा जाता है
एसिड (डिफ़ॉल्ट 6)
-एम|मास्कलेन एमिनो में मापा गया अधिकतम बुकेंड मास्किंग दसवां सेट करें
एसिड (डिफ़ॉल्ट 8)
-o
--coords स्वचालित रूप से मूल PROmer1.1 ".coords" उत्पन्न करता है
"शो-कोर्ड्स" प्रोग्राम का उपयोग करके आउटपुट फ़ाइल
--[नहीं] टॉगल संरेखण स्कोर अनुकूलन को अनुकूलित करें, अर्थात यदि कोई संरेखण है
विस्तार एक अनुक्रम के अंत तक पहुँचता है, यह पीछे हट जाएगा
को समाप्त करने के बजाय संरेखण स्कोर को अनुकूलित करने के लिए
अनुक्रम के अंत में संरेखण (डिफ़ॉल्ट --ऑप्टिमाइज़ करें)

-p|prefix आउटपुट फ़ाइलों का उपसर्ग सेट करें (डिफ़ॉल्ट "आउट")
-x|मैट्रिक्स संरेखण मैट्रिक्स संख्या को 1 पर सेट करें [BLOSUM 45],
2 [ब्लॉसम 62] या 3 [ब्लॉसम 80] (डिफ़ॉल्ट 2)
रिपीट-मैच में सभी अधिकतम सटीक मिलान खोजें
-ई मिलान खोजने के लिए संपूर्ण (धीमी) खोज का उपयोग करें
-f केवल फॉरवर्ड स्ट्रैंड, रिवर्स सप्लीमेंट का उपयोग न करें
-n # न्यूनतम सटीक मिलान लंबाई # पर सेट करें
-t केवल आउटपुट अग्रानुक्रम दोहराता है
-V # वर्बोज़ (डिबगिंग) प्रिंटिंग का स्तर # पर सेट करें
शो-संरेखण
-एच सहायता जानकारी प्रदर्शित करें
-q क्वेरी द्वारा संरेखण को क्रमबद्ध करें समन्वय शुरू करें
-r संदर्भ द्वारा संरेखण को क्रमबद्ध करें समन्वय शुरू करें
-w int स्क्रीन की चौड़ाई सेट करें - डिफ़ॉल्ट 60 . है
-x int मैट्रिक्स प्रकार सेट करें - डिफ़ॉल्ट 2 है (BLOSUM 62),
अन्य विकल्पों में 1 (BLOSUM 45) और 3 (BLOSUM 80) शामिल हैं
नोट: केवल अमीनो एसिड संरेखण पर प्रभाव पड़ता है
शो-कॉर्ड्स
-बी मिलान की परवाह किए बिना अतिव्यापी संरेखण को मर्ज करता है dir
या फ्रेम और कोई पहचान जानकारी प्रदर्शित नहीं करता है।
-बी आउटपुट को बीटीएबी प्रारूप में स्विच करें
-c आउटपुट में प्रतिशत कवरेज जानकारी शामिल करें
-d अतिरिक्त में संरेखण दिशा प्रदर्शित करें
एफआरएम कॉलम (प्रोमेर के लिए डिफ़ॉल्ट)
-जी पदावनत विकल्प। कृपया इसके बजाय 'डेल्टा-फ़िल्टर' का उपयोग करें
-एच सहायता जानकारी प्रदर्शित करें
-H आउटपुट हेडर को प्रिंट न करें
-मैं फ्लोट प्रदर्शित करने के लिए न्यूनतम प्रतिशत पहचान सेट करें
-k नॉकआउट (प्रदर्शित न करें) संरेखण जो ओवरलैप करते हैं
एक अलग फ्रेम में एक और संरेखण 50% से अधिक
उनकी लंबाई, और एक छोटी प्रतिशत समानता है
या अन्य संरेखण के आकार के 75% से कम हैं
(केवल प्रोमर)
-l आउटपुट में अनुक्रम लंबाई की जानकारी शामिल करें
-एल लंबा प्रदर्शित करने के लिए न्यूनतम संरेखण लंबाई सेट करें
-o दो अनुक्रमों के बीच अधिकतम संरेखण को एनोटेट करें, अर्थात
संदर्भ और क्वेरी अनुक्रमों के बीच ओवरलैप करता है
-q क्वेरी आईडी और निर्देशांक द्वारा आउटपुट लाइनों को सॉर्ट करें
-r संदर्भ आईडी और निर्देशांक द्वारा आउटपुट लाइनों को क्रमबद्ध करें
-टी आउटपुट को टैब-सीमांकित प्रारूप में स्विच करें

इनपुट या तो "न्यूमर" या "प्रोमर" प्रोग्राम का .delta आउटपुट है
कमांड लाइन।

आउटपुट को स्टडआउट करना है, और इसमें निर्देशांक, प्रतिशत पहचान और अन्य की सूची शामिल है
.delta फ़ाइल में निहित संरेखण डेटा के बारे में उपयोगी जानकारी के रूप में उपयोग किया जाता है
इनपुट।

नोट: डिफ़ॉल्ट रूप से कोई छँटाई नहीं की जाती है, इसलिए संरेखण का आदेश दिया जाएगा जैसा कि पाया गया
में इनपुट।
शो-स्नप्स
-सी अस्पष्ट के साथ संरेखण से एसएनपी की रिपोर्ट न करें
मैपिंग, यानी केवल एसएनपी की रिपोर्ट करें जहां [आर] और [क्यू]
कॉलम 0 के बराबर हैं और इन कॉलमों को आउटपुट नहीं करते हैं
-एच सहायता जानकारी प्रदर्शित करें
-H आउटपुट हेडर को प्रिंट न करें
-मैं इंडेल्स की रिपोर्ट नहीं करता
-l आउटपुट में अनुक्रम लंबाई की जानकारी शामिल करें
-q क्वेरी आईडी और एसएनपी पदों के आधार पर आउटपुट लाइनों को क्रमबद्ध करें
-r संदर्भ आईडी और एसएनपी पदों के आधार पर आउटपुट लाइनों को क्रमबद्ध करें
-S निर्दिष्ट करें कि कौन से संरेखण पास करके रिपोर्ट करना है
स्टड के लिए 'शो-कोर्ड्स' लाइनें
-टी टैब-सीमांकित प्रारूप में स्विच करें
-x int आसपास के एसएनपी संदर्भ के x वर्णों को शामिल करें
आउटपुट, डिफ़ॉल्ट 0

इनपुट कमांड पर पारित न्यूमर या प्रोमर प्रोग्राम का .delta आउटपुट है
लाइन.

आउटपुट को स्टडआउट करना है, और इसमें एसएनपी (या अमीनो एसिड प्रतिस्थापन के लिए) की एक सूची शामिल है
प्रोमेर) पदों और अन्य उपयोगी जानकारी के साथ। आउटपुट को डिफ़ॉल्ट रूप से -r के साथ क्रमबद्ध किया जाएगा
और [बीयूएफएफ] कॉलम हमेशा उस क्रम को संदर्भित करेगा जिसकी स्थिति को क्रमबद्ध किया गया है।
यह मान इस एसएनपी से निकटतम बेमेल (संरेखण का अंत,
इंडेल, एसएनपी, आदि) एक ही संरेखण में, जबकि [DIST] कॉलम दूरी निर्दिष्ट करता है
इस एसएनपी से निकटतम अनुक्रम अंत तक। एसएनपी जिसके लिए [आर] और [क्यू] कॉलम हैं
0 से अधिक का मूल्यांकन सावधानी के साथ किया जाना चाहिए, क्योंकि ये कॉलम की संख्या निर्दिष्ट करते हैं
अन्य संरेखण जो इस स्थिति को ओवरलैप करते हैं। -सी का उपयोग यह सुनिश्चित करने के लिए करें कि एसएनपी केवल से रिपोर्ट किया जाता है
अद्वितीय संरेखण क्षेत्र।

शो-टाइलिंग
-ए टैब-सीमांकित प्रिंट करके टाइलिंग पथ का वर्णन करें
संरेखण क्षेत्र stdout के साथ समन्वय करता है
-सी मान लें कि संदर्भ अनुक्रम गोलाकार हैं, और अनुमति दें
मूल को फैलाने के लिए टाइलों वाली अंजीर
-g int संकुल संरेखण के बीच अधिकतम अंतर सेट करें [-1, INT_MAX]
-1 का मान अनंत का प्रतिनिधित्व करेगा
(न्यूमर डिफॉल्ट = 1000)
(प्रोमर डिफ़ॉल्ट = -1)
-मैं फ्लोट टाइल के लिए न्यूनतम प्रतिशत पहचान सेट करें [0.0, 100.0]
(न्यूमर डिफॉल्ट = 90.0)
(प्रोमर डिफ़ॉल्ट = 55.0)
-l int रिपोर्ट करने के लिए न्यूनतम लंबाई सेट करें [-1, INT_MAX]
-1 का मान अनंत का प्रतिनिधित्व करेगा
(सामान्य डिफ़ॉल्ट = 1)
-p फ़ाइल 'फ़ाइल' के लिए क्वेरी के छद्म अणु को आउटपुट करता है
-R बेतरतीब ढंग से रखकर दोहराए जाने वाले अंडों से निपटें
उनकी प्रतिलिपि स्थानों में से एक में (मतलब -V 0)
-t फ़ाइल प्रत्येक क्वेरी अनुक्रम की एक TIGR शैली कॉन्टिग सूची आउटपुट करें
जो संदर्भ से पर्याप्त रूप से मेल खाता हो (गैर-गोलाकार)
-यू फ़ाइल आउटपुट टैब-सीमांकित संरेखण क्षेत्र निर्देशांक
अनुपयोगी अंजीर से 'फ़ाइल'
-v फ्लोट टाइल पर न्यूनतम कॉन्टिग कवरेज सेट करें [0.0, 100.0]
(अंक डिफ़ॉल्ट = 95.0) व्यक्तिगत संरेखण का योग
(प्रोमर डिफॉल्ट = 50.0) पर्यायवाची क्षेत्र की सीमा
-V फ्लोट न्यूनतम कॉन्टिग कवरेज अंतर सेट करें [0.0, 100.0]
यानी एक संरेखण निर्धारित करने के लिए आवश्यक अंतर
दूसरे संरेखण से 'बेहतर' है
(अंक डिफ़ॉल्ट = 10.0) व्यक्तिगत संरेखण का योग
(प्रोमर डिफॉल्ट = 30.0) पर्यायवाची क्षेत्र की सीमा
-x XML कॉन्टेग को प्रिंट करके टाइलिंग पथ का वर्णन करें
जानकारी को स्टडआउट से जोड़ना

इनपुट न्यूमर प्रोग्राम का .delta आउटपुट है, जो बहुत समान अनुक्रम डेटा पर चलता है, या
प्रोमर प्रोग्राम का .delta आउटपुट, डाइवर्जेंट सीक्वेंस डेटा पर चलता है।

आउटपुट स्टडआउट के लिए है, और इसमें प्रत्येक संरेखित क्वेरी का अनुमानित स्थान शामिल है
संदर्भ अनुक्रमों के लिए मैप के रूप में contig। ये निर्देशांक की सीमा को संदर्भित करते हैं
संपूर्ण क्वेरी कॉन्टेग, तब भी जब कॉन्टेग का केवल एक निश्चित प्रतिशत वास्तव में था
संरेखित (जब तक -a विकल्प का उपयोग नहीं किया जाता है)। कॉलम हैं, रेफरी में शुरू, रेफरी में अंत, दूरी से
अगला कंटिग, इस कॉन्टेग की लंबाई, अलाइनमेंट कवरेज, आइडेंटिटी, ओरिएंटेशन और आईडी
क्रमशः.

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