जीएमएक्स-दूरी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-दूरी - पदों के जोड़े के बीच की दूरी की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स दूरी [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ओवा [<.xvg>]] [-ओल [<.xvg>]] [-ऑक्सीज़ [<.xvg>]]
[-ओह [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-डीटी ] [-आप ] [-xvg ]
[- [नहीं] आरएमपीबीसी] [- [नहीं] पीबीसी] [-एसएफ ] [-सेलरपोस ]
[-सेल्टाइप ] [-चुनते हैं ] [-लेन ]
[-टोल ] [-बिनव ]

वर्णन

GMX दूरी समय के आधार पर स्थितियों के जोड़े के बीच की दूरी की गणना करता है। प्रत्येक
चयन गणना के लिए दूरियों का एक स्वतंत्र सेट निर्दिष्ट करता है। प्रत्येक चयन करना चाहिए
इसमें पदों के जोड़े शामिल हैं, और दूरियों की गणना पदों 1-2, 3-4 के बीच की जाती है।
इत्यादि

-ओवा प्रत्येक चयन के लिए औसत दूरी को समय के फलन के रूप में लिखता है। -ओल लिखते हैं
सभी व्यक्तिगत दूरियाँ। -ऑक्सीज़ वही करता है, लेकिन x, y, और z घटक
मानक की जगह दूरी लिखी गई है। -ओह के लिए दूरियों का एक हिस्टोग्राम लिखता है
प्रत्येक चयन. हिस्टोग्राम का स्थान इसके साथ सेट किया गया है -लेन और -टोल. बिन की चौड़ाई निर्धारित है
साथ में -बिनव. -oallstat प्रत्येक व्यक्ति के लिए औसत और मानक विचलन लिखता है
दूरी, फ़्रेमों पर गणना की गई।

ध्यान दें कि GMX दूरी के भीतर निश्चित जोड़े (1-2, 3-4, आदि) के बीच की दूरी की गणना करता है
एकल चयन. न्यूनतम सहित दो चयनों के बीच की दूरी की गणना करने के लिए,
अधिकतम, और जोड़ीवार दूरियाँ, उपयोग करें GMX जोड़ीदार.

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी) (वैकल्पिक)
इनपुट प्रक्षेपवक्र या एकल विन्यास: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर) (वैकल्पिक)
इनपुट संरचना: TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अतिरिक्त सूचकांक समूह

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-ओवा [<.xvg>] (distave.xvg) (वैकल्पिक)
समय के फलन के रूप में औसत दूरियाँ

-ओल [<.xvg>] (जिलाxvg) (वैकल्पिक)
समय के फलन के रूप में सभी दूरियाँ

-ऑक्सीज़ [<.xvg>] (distxyz.xvg) (वैकल्पिक)
समय के कार्य के रूप में दूरी के घटक

-ओह [<.xvg>] (disthist.xvg) (वैकल्पिक)
दूरियों का हिस्टोग्राम

-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (वैकल्पिक)
व्यक्तिगत दूरियों के आँकड़े

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें यदि टी एमओडी डीटी == पहली बार (पीएस)

-आप (पीएस)
समय मानों की इकाई: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (एक्सएमजीग्रेस)
प्लॉट स्वरूपण: कोई नहीं, xmgrace, xmgr

- [नहीं] आरएमपीबीसी (हाँ)
प्रत्येक फ्रेम के लिए अणु पूरे करें

- [नहीं] पीबीसी (हाँ)
दूरी गणना के लिए आवधिक सीमा शर्तों का प्रयोग करें

-एसएफ
फाइलों से चयन प्रदान करें

-सेलरपोस (परमाणु)
चयन संदर्भ स्थिति: परमाणु, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
पूरे_रेस_कॉम, पूरे_रेस_कोग, पूरे_मोल_कॉम, पूरे_मोल_कोग, part_res_com,
पार्ट_रेस_कॉग, पार्ट_मोल_कॉम, पार्ट_मोल_कॉग, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-सेल्टाइप (परमाणु)
डिफ़ॉल्ट चयन आउटपुट स्थिति: परमाणु, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
पूरे_रेस_कॉम, पूरे_रेस_कोग, पूरे_मोल_कॉम, पूरे_मोल_कोग, part_res_com,
पार्ट_रेस_कॉग, पार्ट_मोल_कॉम, पार्ट_मोल_कॉग, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-चुनते हैं
दूरियों की गणना करने के लिए जोड़े की स्थिति निर्धारित करें

-लेन (0.1)
हिस्टोग्रामिंग के लिए औसत दूरी

-टोल (1)
के अंश के रूप में पूर्ण वितरण की चौड़ाई -लेन

-बिनव (0.001)
हिस्टोग्रामिंग के लिए बिन चौड़ाई

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