जीटी-सीडीएस - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gt-cds - GFF3 फ़ाइल में दिए गए फीचर्स को एक्सॉन करने के लिए CDS (कोडिंग अनुक्रम) फीचर्स जोड़ें।

SYNOPSIS

gt सीडी [विकल्प ...] [GFF3_फ़ाइल]

वर्णन

-माइनरफ्लेन [मूल्य]
एक ओपन रीडिंग फ्रेम (ओआरएफ) को सीडीएस के रूप में जोड़ने के लिए न्यूनतम लंबाई निर्धारित करें
सुविधा (अमीनो एसिड में मापा गया) (डिफ़ॉल्ट: 64)

-स्टार्टकोडोन [हाँ|नहीं]
ओआरएफ की आवश्यकता एक स्टार्ट कोडन से शुरू होनी चाहिए (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-फ़ाइनलस्टॉपकोडोन [हाँ|नहीं]
आवश्यक है कि अंतिम ओआरएफ स्टॉप कोडन के साथ समाप्त हो (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-seqfile [फ़ाइल का नाम]
अनुक्रम फ़ाइल सेट करें जिससे अनुक्रम लेना है (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-encseq [फ़ाइल का नाम]
एन्कोडेड अनुक्रम अनुक्रमणिका नाम सेट करें जिससे अनुक्रम लेना है (डिफ़ॉल्ट:
अपरिभाषित)

-seqfiles
उन अनुक्रम फ़ाइलों को सेट करें जिनसे उपयोग की जाने वाली सुविधाओं को निकाला जा सके -- सूची समाप्त करने के लिए
अनुक्रम फ़ाइलों की

-मैचडेस्क [हाँ|नहीं]
वांछित अनुक्रम आईडी (इन) के लिए इनपुट फ़ाइलों से अनुक्रम विवरण खोजें
GFF3), पहले मैच की रिपोर्टिंग (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-मैचडेस्कस्टार्ट [हाँ|नहीं]
वांछित अनुक्रम के लिए इनपुट फ़ाइलों से अनुक्रम विवरण का बिल्कुल मिलान करें
आईडी (जीएफएफ3 में) आरंभ से प्रथम रिक्त स्थान तक (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-इस्तेमाल किया गया [हाँ|नहीं]
अनुक्रम आईडी (जीएफएफ3 में) को वास्तविक अनुक्रम में मैप करने के लिए अनुक्रम विवरण का उपयोग करें
प्रविष्टियाँ। यदि किसी विवरण में अनुक्रम श्रेणी शामिल है (उदाहरण के लिए, III:1000001..2000000), तो
पहले भाग का उपयोग अनुक्रम आईडी के रूप में किया जाता है (तृतीय) और ऑफसेट के रूप में पहली रेंज स्थिति
(1000001) (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-क्षेत्र मानचित्रण [स्ट्रिंग]
अनुक्रम-क्षेत्र वाली फ़ाइल को अनुक्रम फ़ाइल मैपिंग पर सेट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-v [हाँ|नहीं]
वर्बोज़ बनें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-o [फ़ाइल का नाम]
आउटपुट को निर्दिष्ट फ़ाइल पर रीडायरेक्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-गज़िप [हाँ|नहीं]
gzip संपीड़ित आउटपुट फ़ाइल लिखें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-बज़िप2 [हाँ|नहीं]
bzip2 संपीड़ित आउटपुट फ़ाइल लिखें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

फोर्स [हाँ|नहीं]
आउटपुट फ़ाइल को लिखने के लिए बाध्य करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-मदद
सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

विकल्प के लिए फ़ाइल स्वरूप -क्षेत्र मानचित्रण:

विकल्प -regionmapping को दी गई फ़ाइल "मैपिंग" को परिभाषित करती है। एक मानचित्रण मानचित्रण करता है
अनुक्रम-क्षेत्र प्रविष्टियाँ दी गई हैं GFF3_फ़ाइल युक्त एक अनुक्रम फ़ाइल के लिए
संगत क्रम. मैपिंग को निम्नलिखित दो रूपों में से एक में परिभाषित किया जा सकता है:

मैपिंग = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

फ़ंक्शन मैपिंग(अनुक्रम_क्षेत्र)
वापसी "hs_ref_"..sequence_region.."fa.gz"
समाप्त

पहला रूप लुआ को परिभाषित करता है (http://www.lua.org) तालिका जिसका नाम "मैपिंग" है जो प्रत्येक को मैप करती है
अनुक्रम क्षेत्र को संबंधित अनुक्रम फ़ाइल में बदलें। दूसरा लूआ फ़ंक्शन को परिभाषित करता है
"मैपिंग", जिसे इसके साथ बुलाए जाने पर अनुक्रम फ़ाइल नाम वापस करना होता है
अनुक्रम_क्षेत्र तर्क के रूप में।

रिपोर्टिंग बग

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