gt-gff3 - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gt-gff3 - GFF3 फ़ाइलों को पार्स, संभवतः रूपांतरित और आउटपुट करें।

SYNOPSIS

gt जीएफएफ3 [विकल्प ...] [जीएफएफ3_फाइल ...]

वर्णन

-सॉर्ट [हाँ|नहीं]
GFF3 सुविधाओं को क्रमबद्ध करें (मेमोरी खपत इनपुट फ़ाइल आकार के समानुपाती होती है)
(डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-सॉर्टलाइन [हाँ|नहीं]
GFF3 सुविधाओं को सख्त लाइन के आधार पर क्रमबद्ध करें (GenomeTools द्वारा परिभाषित अनुसार क्रमबद्ध नहीं)
(डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-सॉर्टनम [हाँ|नहीं]
अनुक्रम क्षेत्रों के लिए प्राकृतिक संख्यात्मक सॉर्टिंग सक्षम करें (परिभाषित अनुसार क्रमबद्ध नहीं)।
जीनोमटूल्स) (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-साफ [हाँ|नहीं]
पार्सिंग के दौरान GFF3 फ़ाइलों को व्यवस्थित करने का प्रयास करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-रिटेनिड्स [हाँ|नहीं]
उपलब्ध होने पर, स्रोत फ़ाइल में प्रदान की गई मूल आईडी का उपयोग करें (स्मृति खपत
इनपुट फ़ाइल आकार के समानुपाती है) (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-चेकिड्स [हाँ|नहीं]
सुनिश्चित करें कि आवश्यकतानुसार प्रत्येक GFF3_file के दायरे में ID विशेषताएँ अद्वितीय हैं
GFF3 विनिर्देशन के अनुसार (मेमोरी खपत इनपुट फ़ाइल आकार के समानुपाती होती है)।
यदि समान मूल विशेषता वाली सुविधाओं को a द्वारा अलग नहीं किया गया है # GFF3 को पंक्तिबद्ध करें
पार्सर उन्हें एक बहु-पंक्ति सुविधा के रूप में मानने का प्रयास करता है। इसके लिए कम से कम मिलान की आवश्यकता है
अनुक्रम आईडी और प्रकार। (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-जोड़ता है [हाँ|नहीं]
लुप्त "##अनुक्रम-क्षेत्र" पंक्तियाँ स्वचालित रूप से जोड़ें (डिफ़ॉल्ट: हाँ)

-क्षेत्रीय सीमाएँ ठीक करें [हाँ|नहीं]
"##अनुक्रम-क्षेत्र" पंक्तियों को उनकी सभी विशेषताओं (मेमोरी) को शामिल करने के लिए स्वचालित रूप से समायोजित करें
खपत इनपुट फ़ाइल आकार के समानुपाती होती है) (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-addintrons [हाँ|नहीं]
मौजूदा एक्सॉन सुविधाओं के बीच इंट्रॉन सुविधाएँ जोड़ें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-ऑफसेट [मूल्य]
दिए गए ऑफसेट द्वारा सभी सुविधाओं को रूपांतरित करें

-ऑफ़सेटफ़ाइल [फ़ाइल का नाम]
फ़ाइल में दिए गए ऑफ़सेट द्वारा सभी सुविधाओं को रूपांतरित करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-सेटसोर्स [स्ट्रिंग]
स्थित स्रोत प्रत्येक सुविधा का मान (दूसरा कॉलम) (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-टाइपचेक [स्ट्रिंग]
माता-पिता-बच्चे के रिश्तों को मान्य करने के लिए ओबीओ फ़ाइल में दिए गए ऑन्टोलॉजी का उपयोग करें। अगर कोई नहीं
तर्क दिया गया है, gtdata/obo_files निर्देशिका से सोफा.ओबो फ़ाइल का उपयोग किया जाता है। अगर
एक तर्क दिया गया है, इसका उपयोग OBO फ़ाइल नाम के रूप में किया जाता है। ऐसी स्थिति में ऐसी फ़ाइल होती है
मौजूद नहीं ओबो तर्क में जोड़ा जाता है और परिणामी फ़ाइल नाम को लोड किया जाता है
gtdata/obo_files निर्देशिका का प्रयास किया गया है। (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-xrfcheck [स्ट्रिंग]
के अनुसार सही सिंटैक्स के लिए Dbxref और Ontology_term विशेषताओं की जाँच करें
संक्षिप्तीकरण परिभाषा फ़ाइल। यदि कोई तर्क नहीं दिया गया है, तो GO.xrf_abbs फ़ाइल से
gtdata/xrf_abbr निर्देशिका का उपयोग किया जाता है। यदि कोई तर्क दिया जाता है तो उसका प्रयोग विशिष्ट के रूप में किया जाता है
संक्षिप्त नाम फ़ाइल के लिए फ़ाइल नाम. ऐसी स्थिति में कि ऐसी कोई फ़ाइल मौजूद नहीं है,
.xrf_abbr तर्क में जोड़ा जाता है और परिणामी फ़ाइल नाम को लोड किया जाता है
gtdata/xrf_abbr निर्देशिका का प्रयास किया गया है। (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-प्रदर्शन [हाँ|नहीं]
GFF3 आउटपुट दिखाएं (डिफ़ॉल्ट: हाँ)

-v [हाँ|नहीं]
वर्बोज़ बनें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-चौड़ाई [मूल्य]
FASTA अनुक्रम मुद्रण के लिए आउटपुट चौड़ाई सेट करें (0 स्वरूपण अक्षम करता है) (डिफ़ॉल्ट: 0)

-o [फ़ाइल का नाम]
आउटपुट को निर्दिष्ट फ़ाइल पर रीडायरेक्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-गज़िप [हाँ|नहीं]
gzip संपीड़ित आउटपुट फ़ाइल लिखें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-बज़िप2 [हाँ|नहीं]
bzip2 संपीड़ित आउटपुट फ़ाइल लिखें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

फोर्स [हाँ|नहीं]
आउटपुट फ़ाइल को लिखने के लिए बाध्य करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-मदद
सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

विकल्प के लिए फ़ाइल स्वरूप -ऑफ़सेटफ़ाइल:

विकल्प को फ़ाइल प्रदान की गई -ऑफ़सेटफ़ाइल "ऑफसेट्स" नामक मैपिंग तालिका को परिभाषित करता है। यह मैप करता है
ऑफसेट के लिए GFF3_file में दी गई अनुक्रम-क्षेत्र प्रविष्टियाँ। इसे इस प्रकार परिभाषित किया जा सकता है
इस प्रकार है:

ऑफसेट = {
सीएचआर1 = 1000,
सीएचआर2 = 500
}

जब इस उदाहरण का उपयोग किया जाता है, तो seqid "chr1" वाली सभी सुविधाएं 1000 से ऑफसेट हो जाएंगी और सभी
2 तक सीकिड "सीएचआर500" के साथ सुविधाएँ।

If -ऑफ़सेटफ़ाइल दी गई GFF3 फ़ाइलों में निहित सभी अनुक्रम-क्षेत्रों के लिए ऑफसेट का उपयोग किया जाता है
परिभाषित किया जाना चाहिए।

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