राक्षसी - बादल में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

आरएनए अनुक्रम और माध्यमिक संरचना के प्रोफाइल का उपयोग करके राक्षसी - अनुक्रम विश्लेषण
आम सहमति

SYNOPSIS

cmAlign
एक सहप्रसरण मॉडल में अनुक्रम संरेखित करें

सेमीबिल्ड
संरचनात्मक रूप से एनोटेट किए गए आरएनए एकाधिक अनुक्रम से सहप्रसरण मॉडल का निर्माण करें
संरेखण

सेमीकैलिब्रेट
सहप्रसरण मॉडल ई-मान निर्धारण के लिए घातांकीय टेल फ़िट करें

सेमीकन्वर्ट
इनफर्नल कॉन्वर्सिस मॉडल फाइलों को कन्वर्ट करें

सेमीमिट
एक सहप्रसरण मॉडल से नमूना अनुक्रम

cmfetch
फ़ाइल से सहप्रसरण मॉडल प्राप्त करें

सेमीप्रेस
cmscan के लिए एक सहप्रसरण मॉडल डेटाबेस तैयार करें

सेमीस्कैन
एक सहप्रसरण मॉडल डेटाबेस के विरुद्ध खोज अनुक्रम (ओं)

सेमीसर्च
अनुक्रम डेटाबेस के विरुद्ध सहप्रसरण मॉडल खोजें

सेमीस्टैट
सहप्रसरण मॉडल फ़ाइल के लिए सारांश आँकड़े

वर्णन

इनफर्नल संरचनात्मक आरएनए अनुक्रम संरेखण और डेटाबेस के लिए कई कार्यक्रमों का एक सूट है
होमोलॉजी खोज। यह "सहप्रसरण मॉडल" (CMs) नामक संभाव्य मॉडल का उपयोग करता है
के एक बहु संरेखण (या एकल अनुक्रम) के संभावित विकासवादी समरूपों का प्रतिनिधित्व करते हैं
संरचनात्मक आरएनए अनुक्रम परिवार।

RNA परिवारों और संबद्ध CMs के Rfam डेटाबेस के साथ-साथ
(http://rfam.sanger.ac.uk), ज्ञात संरचनात्मक के समरूपों को एनोटेट करने के लिए इनफर्नल का उपयोग किया जा सकता है
जीनोम में आरएनए परिवार।

अनुक्रम परिवार विश्लेषण के लिए इनफर्नल एचएमएमईआर सॉफ्टवेयर सूट से निकटता से संबंधित है
प्रोफ़ाइल एचएमएम (http://hmmer.org), लेकिन विशेष रूप से संरचनात्मक आरएनए अनुक्रम के लिए डिज़ाइन किया गया है
परिवार। एक परिवार के संरक्षित अनुक्रम की मॉडलिंग के अलावा, जैसा कि प्रोफाइल एचएमएम करते हैं,
सीएम परिवार की संरक्षित, अच्छी तरह से नेस्टेड (गैर-छद्म नोट) माध्यमिक संरचना को इस रूप में मॉडल करते हैं
कुंआ। नतीजतन, सीएम खोज और संरेखण विधियां अपेक्षाकृत कम्प्यूटेशनल हैं
महंगा। राक्षसी प्रोफाइल एचएमएम को फिल्टर के रूप में उपयोग करता है और बाधाओं को प्राप्त करने के लिए
सीएम तरीके अधिक व्यावहारिक।

राक्षसी का उपयोग तीन मुख्य तरीकों में किया जाता है: एक के नए समरूपों के लिए अनुक्रम डेटाबेस की खोज करना
आरएनए परिवार (या जीनोम में होमोलोग्स को एनोटेट करें); खोजने के लिए एक सीएम डेटाबेस (जैसे आरएफएएम) खोजने के लिए
क्वेरी अनुक्रम किस ज्ञात परिवार से संबंधित है; और स्वचालित रूप से बड़े का निर्माण करने के लिए
एक CM . का उपयोग करके कई संरेखण (अर्थात प्रभावी रूप से असीमित संख्या में अनुक्रमों के साथ)
एक अनुक्रम परिवार के प्रतिनिधि।

मान लीजिए कि आपके पास आरएनए अनुक्रम के संरचनात्मक रूप से एनोटेट किए गए एकाधिक अनुक्रम संरेखण हैं
रुचि का परिवार, और आप अतिरिक्त समरूपों के लिए अनुक्रम डेटाबेस खोजना चाहते हैं।
RSI सेमीबिल्ड कार्यक्रम कई संरेखण (ओं) से सहप्रसरण मॉडल बनाता है और सेमीकैलिब्रेट
डेटाबेस के सांख्यिकीय महत्व के आकलन के लिए महत्वपूर्ण पैरामीटर निर्धारित करता है
बाद की खोजों में मॉडल को हिट करता है।

RSI सेमीसर्च प्रोग्राम एक सीक्वेंस डेटाबेस के विरुद्ध CM(s) को खोजता है।

मान लीजिए कि आपके पास अनुक्रम है जिसे आप एक राक्षसी-आधारित सीएम डेटाबेस का उपयोग करके विश्लेषण करना चाहते हैं
आरएफएएम की तरह (http://rfam.sanger.ac.uk). सेमीप्रेस प्रोग्राम एक कॉन्वर्सिस मॉडल को प्रारूपित करता है
(जैसे कि फ़ाइल जिसे आप Rfam से डाउनलोड करेंगे) एक इनफर्नल बाइनरी डेटाबेस में। NS
सेमीस्कैन प्रोग्राम उस डेटाबेस के खिलाफ अनुक्रम खोजता है।

मान लीजिए कि आप बहुत सारे क्रम संरेखित करना चाहते हैं। आप प्रबंधनीय रूप से छोटे का निर्माण कर सकते हैं
अनुक्रमों के प्रतिनिधि सेट के संरचनात्मक संरेखण, के साथ एक सीएम का निर्माण सेमीबिल्ड, और
उपयोग cmAlign उस सीएम को किसी भी क्रम में संरेखित करने का कार्यक्रम।

बड़े सीएम डेटाबेस के साथ काम करने के लिए इनफर्नल में कुछ सहायक उपकरण भी शामिल हैं। cmfetch
डेटाबेस से एक या अधिक CM प्राप्त करता है। सेमीस्टैट एक सीएम के बारे में सारांश आंकड़े प्रिंट करता है
फ़ाइल.

इनफर्नल के पिछले संस्करणों के साथ-साथ एचएमएमईआर के साथ संगतता के लिए, सेमीकन्वर्ट
कार्यक्रम सीएम फाइलों को कुछ अन्य प्रारूपों में परिवर्तित करता है।

RSI सेमीमिट कार्यक्रम एक सीएम से नमूना लेकर "होमोलॉगस" अनुक्रम उत्पन्न करता है (अनुकरण करता है)। यह
एक "आम सहमति" अनुक्रम भी उत्पन्न कर सकता है।

प्रत्येक प्रोग्राम का अपना मैन पेज होता है।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके राक्षसी ऑनलाइन का उपयोग करें