लिबस्कैन - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

libscan - प्रोटीन परिवारों के लिए नैदानिक ​​खोज।

SYNOPSIS

libscan मोड सूची -ग्रिब बूलियन -हेनिक बूलियन -हम्म बूलियन -साम बूलियन -पीएसएसएम बूलियन
-सिग बूलियन -हम्मपथ स्ट्रिंग -हम्म अगला स्ट्रिंग -हम्मआउटपथ स्ट्रिंग -hmmoutextn स्ट्रिंग
-संपत स्ट्रिंग -समान विस्तार स्ट्रिंग -समौतपथ स्ट्रिंग -samotextn स्ट्रिंग
-pssmpath स्ट्रिंग -pssmextn स्ट्रिंग -नीटर पूर्णांक -थ्रेशो नाव -मैक्सहिट पूर्णांक
-pssmoutpath स्ट्रिंग -pssmoutextn स्ट्रिंग -gbvpath स्ट्रिंग -gbvextn स्ट्रिंग
-जीबीवीगैपो नाव -gbvgape नाव -gbvoutpath स्ट्रिंग -gbvouttextn स्ट्रिंग
-hnfpath स्ट्रिंग -hnfextn स्ट्रिंग -एचएनएफजीएपीओ नाव -एचएनएफगैप नाव -hnfoutpath स्ट्रिंग
-hnfoutextn स्ट्रिंग -सिगपथ स्ट्रिंग -sigextn स्ट्रिंग -nterm सूची -विषय मैट्रिक्सफ
-सिगगापो नाव -सिगापे नाव -सिगआउटपाथ स्ट्रिंग -sigoutextn स्ट्रिंग -डीबी सेक्सेट
-स्कोपफ फाइल में

libscan -मदद

वर्णन

libscan EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "प्रोटीन: 3डी संरचना" कमांड समूह (समूहों) का हिस्सा है।

विकल्प

मोड सूची
लिबस्कैन दो मोड में से एक में चलता है या तो (i) डेटाबेस सर्च मोड या (ii) लाइब्रेरी
स्क्रीन मोड। डेटाबेस खोज मोड में libscan प्रत्येक एक या अधिक निर्देशिकाओं को पढ़ता है
एक ही प्रकार के विभेदकारी तत्व से युक्त, अनुमत प्रकार विरल हैं
अनुक्रम हस्ताक्षर, ग्रिब्सकोव प्रोफ़ाइल, हेनिकॉफ़ प्रोफ़ाइल या छिपा हुआ मार्कोव मॉडल। में
लाइब्रेरी स्क्रीन मोड, libscan एक अनुक्रम सेट को पढ़ता है, प्रत्येक अनुक्रम को इसके विरुद्ध स्क्रीन करता है
लाइब्रेरी (विभेदक तत्वों की निर्देशिका) और एक लाइब्रेरी स्कैन फ़ाइल लिखता है (की)।
प्रत्येक के लिए शीर्ष स्कोरिंग परिवार)। डिफ़ॉल्ट मान: 2

-ग्रिब बूलियन
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

-हेनिक बूलियन
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

-हम्म बूलियन
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

-साम बूलियन
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

-पीएसएसएम बूलियन
डिफ़ॉल्ट मान: Y

-सिग बूलियन
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

-हम्मपथ स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/कामकाज/

-हम्म अगला स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .हम्म

-हम्मआउटपथ स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-hmmoutextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .hmmout

-संपत स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-समान विस्तार स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .mod

-समौतपथ स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-samotextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .samout

-pssmpath स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: /डेटा/संरचना/lib/pssm/

-pssmextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .chk

-नीटर पूर्णांक
डिफ़ॉल्ट मान: 1

-थ्रेशो नाव
डिफ़ॉल्ट मान: 100

-मैक्सहिट पूर्णांक
डिफ़ॉल्ट मान: 1000

-pssmoutpath स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-pssmoutextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .pssmout

-gbvpath स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-gbvextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .grib

-जीबीवीगैपो नाव
डिफ़ॉल्ट मान: 10.0

-gbvgape नाव
डिफ़ॉल्ट मान: 0.5

-gbvoutpath स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-gbvouttextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .gribout

-hnfpath स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-hnfextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .henik

-एचएनएफजीएपीओ नाव
डिफ़ॉल्ट मान: 10.0

-एचएनएफगैप नाव
डिफ़ॉल्ट मान: 0.5

-hnfoutpath स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-hnfoutextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .henikout

-सिगपथ स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-sigextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .sig

-nterm सूची
डिफ़ॉल्ट मान: 1

-विषय मैट्रिक्सफ
डिफ़ॉल्ट मान: EBLOSUM62

-सिगगापो नाव
डिफ़ॉल्ट मान: 10.0

-सिगापे नाव
डिफ़ॉल्ट मान: 0.5

-सिगआउटपाथ स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: ।/

-sigoutextn स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट मान: .sigout

-डीबी सेक्सेट
डेटाबेस खोज मोड में libscan एक अनुक्रम के विरुद्ध प्रत्येक विभेदक तत्व को स्कैन करता है
तय करना। लाइब्रेरी स्क्रीन मोड में, libscan एक अनुक्रम सेट को पढ़ता है और प्रत्येक अनुक्रम को स्क्रीन करता है
लाइब्रेरी के विरुद्ध (विभेदक तत्वों की निर्देशिका) डिफ़ॉल्ट मान: 49142.vdhf

-स्कोपफ फाइल में
किसी भी मोड में, परिवार के स्रोत के रूप में 'स्कोप वर्गीकरण फ़ाइल' की आवश्यकता होती है
वर्गीकरण डेटा. एक स्कोप वर्गीकरण फ़ाइल में वर्गीकरण और अन्य डेटा होता है
स्कोप डेटाबेस से डोमेन के लिए। फ़ाइल embl-जैसे प्रारूप में है और जेनरेट की गई है
स्कोपर्स द्वारा. डोमेन अनुक्रम जानकारी को स्कोपसेक का उपयोग करके फ़ाइल में जोड़ा जा सकता है।
डिफ़ॉल्ट मान: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके libscane का ऑनलाइन उपयोग करें