bp_papplmaker.plp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

papplmaker.PLS - Pembuat modul alat analisis

RINGKASAN

#dapatkan bantuan
pembuat pappl.PLS -h

# menghasilkan modul untuk program 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# sama, tetapi tentukan di mana menemukan 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/sumbu/layanan

# ditto, tetapi tentukan metode akses non-default ke 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-sebuah corba

# menghasilkan modul untuk semua analisis yang tersedia
# (menggunakan lokasi default dan metode akses default)
pembuat pappl.PLS

# jangan menghasilkan tetapi lihat apa yang akan dihasilkan
pembuat pappl.PLS -s
pembuat pappl.PLS -S

# menghasilkan modul untuk analisis 'edit::seqret'
# tapi beri nama 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ...dan gunakan itu
gunakan MySeqret;
cetak MySeqret->sequence_direct_data baru ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->tunggu_untuk
-> luar;

# ditto tetapi masukkan hasilnya ke direktori '/tmp/my'
# (direktori tidak perlu ada)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# menghasilkan modul untuk semua analisis yang namanya
# cocok dengan ekspresi reguler yang diberikan (tidak peka huruf besar/kecil)
papplmaker.PLS -r 'edit'

# ditto, tetapi nama modul yang dihasilkan dengan nama Anda sendiri
# (membiarkan papplmaker.PLS mengganti bagian nama Anda)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

DESKRIPSI

Modul "Bio::Tools::Run::Analysis" menyediakan akses ke analisis lokal dan jarak jauh
alat secara terpadu (didefinisikan dalam "Bio::AnalysisI"). Modul ini menggunakan pendekatan umum
memungkinkan untuk mengatur data input sewenang-wenang dan untuk mengambil hasil dengan menamainya. Namun,
terkadang lebih nyaman menggunakan modul tertentu, yang mewakili satu alat analisis,
yang sudah tahu tentang nama input dan hasil yang tersedia.

Generator "papplmaker.PLS" membuat modul khusus seperti itu.

"papplmaker.PLS" menggunakan metode akses yang sama dengan modul umum - yang artinya
tergantung pada parameter "akses" dapat menggunakan SOAP, CORBA atau lainnya (didukung)
protokol, atau dapat mengakses analisis lokal (tersedia pada mesin yang sama di mana
"papplmaker.PLS" dipanggil).

"papplmaker.PLS" melakukan tugasnya baik untuk satu analisis bernama (ditentukan oleh opsi "-n",
atau menggunakan modul "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" untuk menemukan apa itu analisis
tersedia, dan dapat membatasi jumlah mereka dengan mencocokkan dengan ekspresi reguler yang diberikan oleh
opsi "-r".

Modul atau modul yang dihasilkan diberi nama secara default mirip dengan nama-nama
analisis yang sesuai, tetapi ini dapat diubah dengan opsi "-m" yang sebenarnya a
templat tempat string berikut dikenali dan diganti:

$ANALYSIS atau ${ANALYSIS}
Akan diganti dengan nama analisis.

$CATEGORY atau ${CATEGORY}
Akan diganti dengan nama kategori tempat analisis berada.

$SERVICE atau ${SERVICE}
Akan diganti dengan seluruh nama layanan (yang biasanya merupakan gabungan
kategori dan nama analisis, dan digunakan juga sebagai nama modul default, btw).

Apa perbedaan antara "layanan" dan "analisis", dan apa arti "kategori"?
Terkadang istilah-istilah ini membingungkan karena mungkin memiliki arti yang sedikit berbeda
tergantung pada metode akses yang digunakan untuk berkomunikasi dengan mereka. Umumnya, "analisis" adalah
sebuah program (aplikasi, alat) yang berjalan di suatu tempat, tetapi terkadang pada mesin lokal. NS
contoh analisisnya adalah "seqret" (dari paket EMBOSS). Analisis dapat dikelompokkan
ke dalam kategori berdasarkan fungsinya atau berdasarkan jenis data yang mereka tangani (tetapi terkadang ada
tidak ada kategori sama sekali). Setiap analisis dapat diakses menggunakan tingkat yang lebih tinggi dari
abstraksi, sebuah "layanan". Layanan biasanya merupakan pembungkus yang bergantung pada protokol, seperti Web
Layanan, atau layanan CORBA. Misalnya ada layanan "edit::seqret" yang
mewakili analisis "seqret" dalam kategori "edit".

KOMENTAR

Mailing daftar
Umpan balik pengguna merupakan bagian integral dari evolusi modul ini dan modul Bioperl lainnya. Mengirim
komentar dan saran Anda sebaiknya ke milis Bioperl. Partisipasi Anda
sangat dihargai.

[email dilindungi] - Diskusi Umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tentang milis

Pelaporan Bug
Laporkan bug ke sistem pelacakan bug Bioperl untuk membantu kami melacak bug dan mereka
resolusi. Laporan bug dapat dikirimkan melalui web:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Gunakan bp_papplmaker.plp online menggunakan layanan onworks.net