cdhit-454 - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

cd-hit-454 - mengelompokkan urutan dengan cepat, dioptimalkan untuk 454 data

RINGKASAN

cdhit-454 [Opsi]

DESKRIPSI

====== CD-HIT versi 4.6 (dibuat pada 23 Januari 2016) ======

Opsi

-i masukkan nama file dalam format fasta, diperlukan

-o nama file keluaran, diperlukan

-c ambang identitas urutan, default 0.98 ini adalah "identitas urutan global"
dihitung sebagai : jumlah asam amino identik dalam keselarasan dibagi dengan penuh
panjang barisan terpendek + celah

-b band_width penyelarasan, default 10

-M batas memori (dalam MB) untuk program, default 800; 0 untuk tidak terbatas;

-T jumlah utas, default 1; dengan 0, semua CPU akan digunakan

-n word_length, default 10, lihat panduan pengguna untuk memilihnya

-Al cakupan keselarasan untuk urutan yang lebih panjang, default 0.0 jika diatur ke 0.9, the
keselarasan harus mencakup 90% dari urutan

-AL kontrol cakupan penyelarasan untuk urutan yang lebih panjang, default 99999999 jika diatur ke 60,
dan panjang barisannya adalah 400, maka penjajarannya harus >= 340 (400-60)
residu

-sebagai cakupan keselarasan untuk urutan yang lebih pendek, default 0.0 jika diatur ke 0.9, the
keselarasan harus mencakup 90% dari urutan

-SEBAGAI kontrol cakupan penyelarasan untuk urutan yang lebih pendek, default 99999999 jika diatur ke 60,
dan panjang barisannya adalah 400, maka penjajarannya harus >= 340 (400-60)
residu

-B 1 atau 0, default 0, secara default, urutan disimpan dalam RAM jika diatur ke 1, urutan
disimpan di hard drive disarankan untuk digunakan -B 1 untuk database besar

-g 1 atau 0, default 0 oleh algoritme default cd-hit, urutan dikelompokkan ke
cluster pertama yang memenuhi ambang batas (fast cluster). Jika disetel ke 1, program akan
mengelompokkannya ke dalam cluster yang paling mirip yang memenuhi ambang batas (akurat tapi lambat
mode) tetapi 1 atau 0 tidak akan mengubah perwakilan kluster akhir

-D ukuran maksimal per indel, default 1

-pertandingan skor yang cocok, default 2

-ketidakcocokan
skor tidak cocok, default -1

-celah skor pembukaan celah, default -3

-celah-ext
skor ekstensi kesenjangan, default -1

-bak tulis file cluster cadangan (1 atau 0, default 0)

-h cetak bantuan ini

Pertanyaan, bug, hubungi Weizhong Li di [email dilindungi]

Jika Anda merasa cd-hit bermanfaat, silakan kutip:

"Pengelompokan urutan yang sangat homolog untuk mengurangi ukuran protein besar
database", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatika, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: program cepat untuk mengelompokkan dan membandingkan kumpulan besar
urutan protein atau nukleotida", Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatika, (2006)
22:1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun dan Weizhong Li. Buatan dan
duplikat alami dalam pembacaan pyrosequencing dari data metagenomik. Bioinformatika BMC
(2010) 11 pagi

Gunakan cdhit-454 online menggunakan layanan onworks.net