cmcalibrate - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

cmcalibrate - paskan ekor eksponensial untuk model kovarians Penentuan nilai-E

RINGKASAN

kalibrasi cm [pilihan] file cm

DESKRIPSI

kalibrasi cm menentukan parameter ekor eksponensial untuk penentuan nilai-E dengan menghasilkan
urutan acak, mencarinya dengan CM dan mengumpulkan skor yang dihasilkan
hits. Histogram dari skor bit dari hit cocok dengan ekor eksponensial, dan
parameter ekor yang dipasang disimpan ke file CM. Parameter ekor eksponensial
kemudian digunakan untuk memperkirakan signifikansi statistik dari klik yang ditemukan di cmsearch dan
cmscan.

File CM harus dikalibrasi dengan kalibrasi cm sebelum dapat digunakan di cmsearch or pemindaian cm,
dengan satu pengecualian: tidak perlu mengkalibrasi file CM yang hanya menyertakan
model dengan nol basepairs sebelum dijalankan pencarian cm

kalibrasi cm sangat lambat. Dibutuhkan beberapa jam untuk mengkalibrasi satu ukuran rata-rata
CM pada satu CPU. kalibrasi cm akan berjalan secara paralel pada semua core yang tersedia jika Infernal
dibangun di atas sistem yang mendukung POSIX threading (lihat bagian Instalasi dari
panduan pengguna untuk informasi lebih lanjut). Menggunakan core akan menghasilkan kira-kira -Lipat
akselerasi versus satu CPU. MPI (Message Passing Interface) juga dapat digunakan untuk
paralelisasi dengan --mpi opsi jika Infernal dibangun dengan MPI diaktifkan, tetapi menggunakan
lebih dari 161 prosesor tidak disarankan karena menambah 161 prosesor tidak akan mempercepat
kalibrasi. Lihat bagian Instalasi dari panduan pengguna untuk informasi lebih lanjut.

Grafik --ramalan cuaca opsi dapat digunakan untuk memperkirakan berapa lama program akan berjalan untuk
diberikan file cm pada mesin saat ini. Untuk memprediksi waktu berjalan pada prosesor dengan
MPI, selain itu gunakan --nperkiraan .

Urutan acak dicari di kalibrasi cm dihasilkan oleh HMM yang dilatih pada
sekuens genomik nyata dengan berbagai konten GC. Tujuannya adalah untuk memiliki distribusi GC
dalam urutan acak menjadi serupa dengan urutan genom yang sebenarnya.

Empat putaran pencarian dan kecocokan ekor eksponensial berikutnya dilakukan, masing-masing untuk
empat algoritma CM berbeda yang dapat digunakan dalam cmsearch dan pemindaian cm: CYK glokal,
glocal Inside, CYK lokal dan Inside lokal.

Parameter nilai-E ditentukan oleh kalibrasi cm hanya digunakan oleh cmsearch dan cmscan
program. Jika Anda tidak akan menggunakan program ini, jangan buang waktu untuk mengkalibrasi
model Anda.

PILIHAN

-h Membantu; cetak pengingat singkat tentang penggunaan baris perintah dan opsi yang tersedia.

-L Atur panjang total urutan acak untuk dicari megabase (Mb). Oleh
bawaan, is 1.6 Mb. meningkat akan membuat ekor eksponensial lebih pas
tepat dan nilai-E lebih akurat, tetapi akan memakan waktu lebih lama (dua kali lipat kira-kira akan
menggandakan waktu berjalan). menurun tidak disarankan karena akan membuat
cocok kurang tepat dan nilai-E kurang akurat.

PILIHAN UNTUK PREDIKSI DIBUTUHKAN WAKTU DAN MEMORY

--ramalan cuaca
Memprediksi waktu berjalan dari kalibrasi file cm (dengan opsi yang disediakan) pada
mesin saat ini dan keluar. Kalibrasi tidak dilakukan. Prediksi
harus dianggap perkiraan kasar. Jika multithreading diaktifkan (lihat
Bagian instalasi panduan pengguna), waktunya akan memperhitungkan nomor
dari inti yang tersedia.

--nperkiraan
Dengan --ramalan cuaca, tentukan itu prosesor akan digunakan untuk kalibrasi.
Ini mungkin berguna untuk memprediksi waktu berjalan dari MPI yang dijalankan dengan
prosesor.

--memreq
Memprediksi jumlah memori yang diperlukan untuk kalibrasi file cm (dengan disediakan
pilihan) pada mesin saat ini dan keluar. Kalibrasi tidak dilakukan.

PILIHAN PENGENDALIAN eksponensial EKOR COCOK

--gtailn
sesuaikan ekor eksponensial untuk glocal Inside dan glocal CYK ke skor tertinggi
di ekor histogram, di mana is kali jumlah Mb yang dicari. NS
nilai default dari adalah 250. Nilai 250 dipilih karena berfungsi dengan baik
empiris relatif terhadap nilai-nilai lain.

--ltailn
sesuaikan ekor eksponensial untuk Inside lokal dan CYK lokal ke skor tertinggi
di ekor histogram, di mana is kali jumlah Mb yang dicari. NS
nilai default dari adalah 750. Nilai 750 dipilih karena berfungsi dengan baik
empiris relatif terhadap nilai-nilai lain.

--ekor
Abaikan --gtailn dan --ltailn opsi awalan dan sesuai dengan pecahan ekor dari
histogram ke ekor eksponensial, untuk semua mode pencarian.

OPSIONAL KELUARAN FILE

--hfile
Simpan histogram yang sesuai dengan file . Format file ini adalah dua spasi
kolom dibatasi per baris. Kolom pertama adalah nilai sumbu x dari skor bit
setiap tempat sampah. Kolom kedua adalah nilai sumbu y dari jumlah hit per bin. Setiap
seri dibatasi oleh garis dengan satu karakter "&". File akan berisi
satu seri untuk masing-masing dari empat ekor eksponensial cocok dalam urutan berikut:
CYK glocal, Inside glocal, CYK lokal, dan Inside lokal.

--file
Simpan informasi plot bertahan hidup ke file . Format file ini adalah dua spasi
kolom dibatasi per baris. Kolom pertama adalah nilai sumbu x dari skor bit
setiap tempat sampah. Kolom kedua adalah nilai sumbu y dari pecahan hit yang memenuhi or
melebihi skor untuk setiap bin. Setiap seri dibatasi oleh garis dengan satu
karakter "&". File akan berisi tiga seri data untuk masing-masing dari empat CM
mode pencarian dalam urutan berikut: glocal CYK, glocal Inside, CYK lokal, dan
dalam lokal. Seri pertama adalah plot survival empiris dari histogram
hit ke urutan acak. Seri kedua adalah ekor eksponensial yang cocok untuk
distribusi empiris. Seri ketiga adalah fit ekor eksponensial jika lambda
diperbaiki dan ditetapkan sebagai log alami 2 (0.691314718).

--qqfile
Simpan informasi plot kuantil-kuantil ke file . Format file ini adalah
dua kolom dipisahkan spasi per baris. Kolom pertama adalah nilai sumbu x, dan
kolom kedua adalah nilai sumbu y. Jarak titik dari
garis identitas (y=x) adalah ukuran seberapa baik kecocokan ekor eksponensial, the
semakin dekat titik ke garis identitas, semakin baik kecocokannya. Setiap seri adalah
dibatasi oleh garis dengan satu karakter "&". File akan berisi satu seri
data empiris untuk masing-masing dari empat ekor eksponensial cocok sebagai berikut:
urutan: CYK glocal, glocal Inside, CYK lokal dan Inside lokal.

--file
Menghemat ruang statistik terbatas dari ekor eksponensial yang berbeda cocok untuk file .
File akan berisi nilai lambda dan mu untuk ekor eksponensial yang sesuai dengan
ekor histogram dengan ukuran berbeda. Bidang dalam file diberi label
secara informatif.

--xfile
Simpan daftar skor di setiap ekor histogram yang sesuai ke file . Setiap baris dari
file ini akan memiliki skor berbeda yang menunjukkan satu pukulan ada di bagian ekor dengan
skor itu. Setiap seri dibatasi oleh garis dengan satu karakter "&". NS
file akan berisi satu seri untuk masing-masing dari empat ekor eksponensial yang cocok di
urutan sebagai berikut: CYK glocal, Inside glocal, CYK lokal, dan Inside lokal.

LAIN PILIHAN

--benih
Benih generator nomor acak dengan , bilangan bulat >= 0. Jika bukan nol,
simulasi stokastik akan dapat direproduksi; perintah yang sama akan memberikan hal yang sama
hasil. Jika adalah 0, generator bilangan acak diunggulkan secara sewenang-wenang, dan
simulasi stokastik akan bervariasi dari menjalankan ke menjalankan perintah yang sama. Standarnya
benih adalah 181.

--beta
Secara default, pita tergantung permintaan (QDB) digunakan untuk mempercepat pencarian CM
algoritma dengan probabilitas kehilangan ekor beta 1E-15. Nilai beta ini dapat berupa
diubah menjadi dengan --beta . Parameter beta adalah jumlah probabilitas
massa dikecualikan selama perhitungan band, nilai beta yang lebih tinggi memberikan percepatan yang lebih besar
tapi mengorbankan akurasi lebih dari nilai yang lebih rendah. Nilai default yang digunakan adalah 1E-15.
(Untuk informasi lebih lanjut tentang QDB lihat Nawrocki dan Eddy, PLoS Computational Biology
3(3): e56.)

--tidak terikat
Matikan QDB selama kalibrasi nilai-E. Ini akan memperlambat kalibrasi.

--nonnull3
Matikan model null tambahan post hoc null3. Ini tidak disarankan kecuali
Anda berencana menggunakan opsi yang sama untuk cmsearch dan / atau cmscan.

--acak
Gunakan model nol latar belakang CM untuk menghasilkan urutan acak, sebagai gantinya
dari HMM yang lebih realistis. Kecuali CM dibuat menggunakan --batal pilihan untuk
cmmembangun, model nol latar belakang akan menjadi 25% masing-masing A, C, G dan U.

--gc
Hasilkan urutan acak menggunakan distribusi nukleotida dari urutan
fillet .

--cpu
Tentukan itu pekerja CPU paralel digunakan. Jika ditetapkan sebagai "0", maka
program akan dijalankan dalam mode serial, tanpa menggunakan utas. Anda juga dapat mengontrol
nomor ini dengan menetapkan variabel lingkungan, INFERNAL_NCPU. Opsi ini akan
hanya tersedia jika mesin tempat Infernal dibangun mampu menggunakan
Threading POSIX (lihat bagian Instalasi dari panduan pengguna untuk lebih lanjut
informasi).

--mpi Jalankan sebagai program paralel MPI. Opsi ini hanya akan tersedia jika Infernal memiliki
telah dikonfigurasi dan dibangun dengan flag "--enable-mpi" (lihat Instalasi
bagian dari panduan pengguna untuk informasi lebih lanjut).

Gunakan cmcalibrate online menggunakan layanan onworks.net