cmtk-warpx - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

warpx - Pendaftaran nonrigid B-spline

RINGKASAN

warpx Gambar Referensi Gambar Mengambang InitialXform

DESKRIPSI

Program ini melakukan registrasi gambar nonrigid menggunakan optimasi multi-resolusi dari
langkah-langkah kesamaan gambar berbasis voxel dan transformasi B-spline multi-resolusi
Model.

PILIHAN

Aksi Toolkit Opsi (ini adalah berbagi by semua CMTK peralatan)
--membantu
Tulis daftar opsi baris perintah dasar ke output standar.

--tolong-semua
Tulis daftar lengkap opsi baris perintah dasar dan lanjutan ke output standar.

--wiki
Tulis daftar opsi baris perintah ke keluaran standar di markup MediaWiki.

--pria
Tulis sumber halaman manual dalam markup 'nroff' ke keluaran standar.

--xml
Tulis spesifikasi sintaks baris perintah dalam markup XML (untuk integrasi Slicer).

--Versi: kapan
Tulis versi toolkit ke output standar.

--gema
Tulis baris perintah saat ini ke output standar.

--tingkat verbose
Tetapkan tingkat verbositas.

--bertele-tele, -v
Tingkatkan verbositas sebesar 1 (tidak digunakan lagi; didukung untuk kompatibilitas mundur).

--utas
Tetapkan jumlah maksimum utas paralel (untuk utas POSIX dan OpenMP).

Transformasi ekspor Impor
--awal
Inisialisasi transformasi dari jalur yang diberikan [Bawaan: TIDAK ADA]

--invert-inisial
Balikkan (affine) transformasi awal yang diberikan.

--tulis-itk-xform
Jalur keluaran untuk transformasi akhir dalam format ITK [Bawaan: TIDAK ADA]

--tulis-diformat ulang
Tulis gambar mengambang yang diformat ulang. [Bawaan: TIDAK ADA]

Transformasi parameter
--jarak kisi
Jarak grid titik kontrol [Bawaan: 10]

--grid-perbaiki
Jumlah penyempurnaan (tingkat resolusi grid titik kontrol) [Bawaan: 0]

--delay-perbaiki
Penyempurnaan grid titik kontrol tunda; beralih pertama ke resolusi gambar yang lebih tinggi berikutnya

--tepat-spasi
Gunakan jarak titik kontrol yang tepat; jangan ubah spasi agar sesuai dengan gambar referensi
kotak berlari

--abaikan-tepi
Abaikan n lapisan titik kontrol di sepanjang setiap wajah gambar [Bawaan: 0]

--membatasi
Batasi deformasi ke dimensi koordinat [satu atau lebih dari 'x','y','z']
[Bawaan: TIDAK ADA]

--tidak ada-perbaikan-adaptif
Nonaktifkan pemasangan adaptif titik kontrol; optimalkan semua parameter deformasi

--adaptif-memperbaiki-pengirik
Faktor ambang batas untuk kriteria entropi untuk memperbaiki titik kontrol lokal [Bawaan: 0.5]

--tepat
Mode perhitungan yang akurat: dapat memberikan hasil yang sedikit lebih baik setelah secara substansial
perhitungan lebih lama [Ini is itu bawaan]

--cepat
Mode komputasi cepat: mungkin memberikan hasil yang sedikit lebih buruk daripada mode akurat, tetapi menghemat
waktu CPU yang substansial

Regularisasi parameter
--jacobian-kendala-berat
Bobot untuk batasan pelestarian volume lokal berbasis Jacobian [Bawaan: 0]

--kelancaran-kendala-berat
Batasan bobot untuk kehalusan berdasarkan energi tekuk grid orde kedua.
[Bawaan: 0]

--invers-konsistensi-bobot
Bobot untuk kendala konsistensi terbalik [Bawaan: 0]

--kendala-relaksasi-faktor
Faktor relaksasi berat untuk iterasi yang kurang dibatasi secara bergantian [Bawaan: -1]

--santai-untuk-terbuka
Sebelum setiap tingkat resolusi, biasakan area deformasi negatif-Jacobian
untuk membuka mereka.

Optimasi parameter
--ukuran langkah maksimal
Ukuran langkah pengoptimal maksimum, yang menentukan eksplorasi ruang pencarian. [Bawaan:
-1]

--min-ukuran langkah
Ukuran langkah pengoptimal minimum, yang menentukan presisi. [Bawaan: -1]

--faktor langkah
Faktor untuk pengurangan ukuran langkah pencarian. Harus > 0.0 dan < 1.0 [default: 0.5]
[Bawaan: 0.5]

--delta-f-ambang
Ambang opsional untuk menghentikan pengoptimalan (level) jika perubahan relatif dari target
fungsi turun di bawah nilai ini. [Bawaan: 0]

--tidak-maxnorm
Gunakan norma Euclid untuk normalisasi gradien dalam optimasi, daripada norma maksimum

Gambar resolusi parameter
--contoh , -s
Pengambilan sampel gambar (resolusi gambar sampel ulang terbaik) [Bawaan: -1]

--paling kasar
Batas atas untuk pengambilan sampel gambar dalam hierarki multiresolusi [Bawaan: -1]

--omit-asli-data
Jangan gunakan data asli dalam resolusi penuh untuk tahap pendaftaran akhir.

Gambar data
--metrik-pendaftaran
Metrik pendaftaran untuk estimasi gerakan dengan registrasi gambar-ke-gambar. Didukung
nilai: "nmi", "mi", "cr", "rms", "msd", "ncc", di mana defaultnya adalah "nmi", atau gunakan
satu dari berikut:

--nmi
Metrik Informasi Reksa yang Dinormalisasi [Ini is itu bawaan]

--mi Metrik Informasi Reksa Standar

--kr Metrik Rasio Korelasi

--rms
Root of Mean Squaresa metrik (ini adalah akar kuadrat dari MSD)

--msd
Metrik Selisih Kuadrat Rata-rata

--ncc
Metrik Korelasi Silang yang Dinormalisasi

Mengambang Gambar Interpolasi Opsi
--interpolasi
Metode interpolasi untuk pengambilan sampel gambar mengambang: Nilai yang didukung: "terdekat-
tetangga", "linier", "kubik", "sinc cosinus", "volume parsial", "otomatis", di mana
defaultnya adalah "otomatis", atau gunakan salah satu dari berikut ini:

--tetangga terdekat
Interpolasi tetangga terdekat (untuk data intensitas dan label)

--linier
Interpolasi trilinear

--kubik
Interpolasi trikubik

--cosinus-sinc
Interpolasi sinc berjendela kosinus (paling akurat tetapi paling lambat)

--sebagian-volume
Interpolasi volume parsial (untuk data label)

--otomatis
Pilih interpolasi secara otomatis berdasarkan tipe data: linier untuk tingkat abu-abu
data, tetangga terdekat untuk data label. [Ini is itu bawaan]

--pertandingan-histogram
Cocokkan histogram gambar mengambang dengan histogram gambar referensi.

--repeat-match-histogram
Ulangi pencocokan histogram setelah setiap tingkat pendaftaran untuk memperhitungkan volume
perubahan. Saat mendaftarkan data bertopeng, disarankan untuk juga menggunakan --force-
opsi nilai luar untuk mencegah histogram yang tidak cocok.

--force-outside-nilai
Paksa nilai di luar bidang pandang ke nilai ini daripada menjatuhkan piksel yang tidak lengkap
pasang [Bawaan: dengan disabilitas]

Referensi Gambar Pemrosesan awal
--kelas-ref
Kelas data: abu-abu (default) atau label [Bawaan: TIDAK ADA]

--pad-ref
Nilai bantalan [Bawaan: dengan disabilitas]

--mengirik-min-ref
Ambang batas pemotongan nilai minimum [Bawaan: dengan disabilitas]

--mengirik-max-ref
Ambang batas pemotongan nilai maksimum [Bawaan: dengan disabilitas]

--pangkas-histogram-ref
Jumlah tempat sampah untuk pemangkasan berbasis histogram [Bawaan: dengan disabilitas]

--histogram-pemerataan-ref
Terapkan pemerataan histogram

--median-filter-radius-ref
Terapkan filter median dengan radius yang diberikan [Bawaan: 0]

--sobel-filter-ref
Terapkan filter deteksi tepi Sobel

--crop-index-ref
Pangkas wilayah dalam koordinat indeks piksel [diurai sebagai %d,%d,%d,%d,%d,%d untuk
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Bawaan: TIDAK ADA]

--crop-dunia-ref
Wilayah pemangkasan di koordinat dunia [diurai sebagai %f,%f,%f,%f,%f,%f untuk
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Bawaan: TIDAK ADA]

--crop-thresh-ref
Pemangkasan otomatis berdasarkan ambang batas [Bawaan: dengan disabilitas]

Mengambang Gambar Pemrosesan awal
--kelas-flt
Kelas data: abu-abu (default) atau label [Bawaan: TIDAK ADA]

--pad-flt
Nilai bantalan [Bawaan: dengan disabilitas]

--mengirik-min-flt
Ambang batas pemotongan nilai minimum [Bawaan: dengan disabilitas]

--mengirik-max-flt
Ambang batas pemotongan nilai maksimum [Bawaan: dengan disabilitas]

--pangkas-histogram-flt
Jumlah tempat sampah untuk pemangkasan berbasis histogram [Bawaan: dengan disabilitas]

--histogram-pemerataan-flt
Terapkan pemerataan histogram

--median-filter-radius-flt
Terapkan filter median dengan radius yang diberikan [Bawaan: 0]

--sobel-filter-flt
Terapkan filter deteksi tepi Sobel

--pangkas-indeks-flt
Pangkas wilayah dalam koordinat indeks piksel [diurai sebagai %d,%d,%d,%d,%d,%d untuk
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Bawaan: TIDAK ADA]

--crop-dunia-flt
Wilayah pemangkasan di koordinat dunia [diurai sebagai %f,%f,%f,%f,%f,%f untuk
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Bawaan: TIDAK ADA]

--tanaman-mengirik-flt
Pemangkasan otomatis berdasarkan ambang batas [Bawaan: dengan disabilitas]

Keluaran parameter
--daftar keluar , -o
Jalur keluaran untuk transformasi akhir [Bawaan: TIDAK ADA]

--waktu , -t
Nama file keluaran statistik waktu komputasi [Bawaan: TIDAK ADA]

--output-menengah
Tulis transformasi untuk setiap level [default: hanya tulis transformasi akhir]

Gambar/Transformasi Basis Data
--db
Jalur ke basis data gambar/transformasi yang harus diperbarui dengan yang baru
pendaftaran dan/atau gambar yang diformat ulang. [Bawaan: TIDAK ADA]

PENULIS

Torsten Rohlfing, dengan kontribusi dari Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff, dan Yaroslav Halchenko

Gunakan cmtk-warpx online menggunakan layanan onworks.net