dane - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

dan - Menghitung suhu leleh asam nukleat

RINGKASAN

Dan -urutan seqall -ukuran jendela bilangan bulat -pergeseran peningkatan bilangan bulat -dnaconc mengapung
-saltconc mengapung [-produk toggle] -formamida mengapung -ketidakcocokan mengapung -prodlen bilangan bulat
[-termo toggle] -suhu mengapung -rna boolean -merencanakan toggle -mintemp mengapung
-grafik xygraf -file keluar melaporkan

Dan -bantu

DESKRIPSI

Dan adalah program baris perintah dari EMBOSS (“Perangkat Lunak Terbuka Biologi Molekuler Eropa
Rangkaian"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".

PILIHAN

Memasukkan bagian
-urutan seqall

Wajib bagian
-ukuran jendela bilangan bulat
Nilai titik lebur dan sifat termodinamika lain dari urutan tersebut adalah:
ditentukan dengan mengambil panjang pendek dari urutan yang dikenal sebagai jendela dan menentukan
properti dari urutan di jendela itu. Jendela secara bertahap dipindahkan sepanjang
urutan dengan properti yang dihitung pada setiap posisi baru. Nilai default: 20

-pergeseran peningkatan bilangan bulat
Ini adalah jumlah dimana jendela dipindahkan pada setiap kenaikan untuk menemukan
titik leleh dan sifat-sifat lain di sepanjang urutan. Nilai default: 1

-dnaconc mengapung
Nilai bawaan: 50.

-saltconc mengapung
Nilai bawaan: 50.

Tambahan bagian
Produk Pilihan
-produk toggle
Ini meminta persen formamida, persen ketidakcocokan yang diizinkan dan panjang produk.

-formamida mengapung
Ini menentukan persen formamida yang akan digunakan dalam perhitungan (diabaikan kecuali
-produk digunakan). Nilai bawaan: 0.

-ketidakcocokan mengapung
Ini menentukan persentase ketidakcocokan yang akan digunakan dalam perhitungan (diabaikan kecuali
-produk digunakan). Nilai bawaan: 0.

-prodlen bilangan bulat
Ini menentukan panjang produk yang akan digunakan dalam perhitungan (diabaikan kecuali
-produk digunakan). Nilai default: $(ukuran jendela)

Termodinamika Pilihan
-termo toggle
Keluarkan nilai DeltaG, DeltaH dan DeltaS dari jendela urutan ke data keluaran
file.

-suhu mengapung
Jika -thermo telah ditentukan maka ini menentukan suhu di mana untuk
menghitung nilai DeltaG, DeltaH dan DeltaS. Nilai bawaan: 25.

Advanced bagian
-rna boolean
Ini menentukan bahwa urutannya adalah urutan RNA dan bukan urutan DNA.

Keluaran bagian
-merencanakan toggle
Jika ini tidak ditentukan maka file data output dihasilkan, jika tidak plot dari
titik leleh sepanjang urutan dihasilkan.

-mintemp mengapung
Masukkan nilai minimum untuk skala suhu (sumbu y) plot. Nilai bawaan:
55.

-grafik xygraf

-file keluar melaporkan
Jika plot tidak diproduksi maka data tentang titik leleh dll di setiap jendela
sepanjang urutan adalah output ke file.

Gunakan dane online menggunakan layanan onworks.net