Ini adalah perintah gmx-distance yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-distance - Hitung jarak antara pasangan posisi
RINGKASAN
jarak gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oksiz [<.xvg>]]
[-Oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-Anda ] [-xvg ]
[-[tidak]rmpbc] [-[tidak]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-tipe sel ] [-Pilih ] [-len ]
[-to ] [-binw ]
DESKRIPSI
gmx jarak menghitung jarak antara pasangan posisi sebagai fungsi waktu. Setiap
seleksi menentukan satu set independen jarak untuk menghitung. Setiap pilihan harus
terdiri dari pasangan posisi, dan jarak dihitung antara posisi 1-2, 3-4,
dan sebagainya
-oav menulis jarak rata-rata sebagai fungsi waktu untuk setiap pilihan. -oall menulis
semua jarak individu. -oksiz melakukan hal yang sama, tetapi komponen x, y, dan z dari
jarak ditulis bukan norma. -Oh menulis histogram jarak untuk
setiap pilihan. Lokasi histogram diatur dengan -len dan -to. Lebar nampan diatur
dengan -binw. -oallstat tuliskan rata-rata dan simpangan baku untuk setiap individu
jarak, dihitung selama frame.
Perhatikan bahwa gmx jarak menghitung jarak antara pasangan tetap (1-2, 3-4, dll.) dalam a
seleksi tunggal. Untuk menghitung jarak antara dua pilihan, termasuk minimum,
maksimum, dan jarak berpasangan, gunakan gmx pasangan.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsional)
Lintasan masukan atau konfigurasi tunggal: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsional)
Struktur masukan: tpr gro g96 pdb baiklah
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
Grup indeks ekstra
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-oav [<.xvg>] (distave.xvg) (Opsional)
Jarak rata-rata sebagai fungsi waktu
-oall [<.xvg>] (dist.xvg) (Opsional)
Semua jarak sebagai fungsi waktu
-oksiz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (Opsional)
Komponen jarak sebagai fungsi waktu
-Oh [<.xvg>] (distist.xvg) (Opsional)
Histogram jarak
-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (Opsional)
Statistik untuk jarak individu
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya jika t MOD dt == pertama kali (ps)
-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
Pemformatan plot: tidak ada, xmgrace, xmgr
-[tidak]rmpbc (Iya)
Buat molekul utuh untuk setiap bingkai
-[tidak]pbc (Iya)
Gunakan kondisi batas periodik untuk perhitungan jarak
-sf
Berikan pilihan dari file
-selrpos (atom)
Pemilihan posisi referensi: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, sebagian_res_com,
bagian_res_cog, bagian_mol_com, bagian_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
din_mol_cog
-tipe sel (atom)
Posisi keluaran pemilihan default: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, sebagian_res_com,
bagian_res_cog, bagian_mol_com, bagian_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
din_mol_cog
-Pilih
Pasangan posisi untuk menghitung jarak untuk
-len (0.1)
Jarak rata-rata untuk histogram
-to (1)
Lebar distribusi penuh sebagai pecahan dari -len
-binw (0.001)
Lebar nampan untuk histograming
Gunakan gmx-distance online menggunakan layanan onworks.net
