gmx-spatial - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-spatial - Hitung fungsi distribusi spasial

RINGKASAN

spasial gmx [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[sekarang] [-[tidak]pbc]
[-[tidak]div] [-ign ] [-tempat sampah ] [-menangkap ]

DESKRIPSI

gmx spasial menghitung fungsi distribusi spasial dan menampilkannya dalam bentuk yang dapat
dibaca oleh VMD sebagai format kubus Gaussian98. Untuk sistem 32,000 atom dan 50 ns
lintasan, SDF dapat dihasilkan dalam waktu sekitar 30 menit, dengan sebagian besar waktu didedikasikan
ke dua berjalan melalui trjconv yang diperlukan untuk memusatkan semuanya dengan benar. Ini
juga membutuhkan banyak ruang (3 salinan file lintasan). Tetap saja, gambar-gambar itu
cantik dan sangat informatif ketika pilihan yang pas dibuat dengan benar. 3-4 atom dalam
gugus yang banyak bergerak (seperti asam amino bebas dalam larutan) bekerja dengan baik, atau pilih
tulang punggung protein dalam struktur terlipat yang stabil untuk mendapatkan SDF pelarut dan melihat
shell solvasi rata-rata waktu. Dimungkinkan juga menggunakan program ini untuk menghasilkan SDF
berdasarkan beberapa koordinat Cartesian arbitrer. Untuk melakukan itu, cukup hilangkan pendahuluan gmx
trjconv tangga.

Pemakaian:

1. Menggunakan gmx buat_ndx untuk membuat grup yang berisi atom di sekitar yang Anda inginkan SDF

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -pusat kotak tric -kamu padat -pbc tak satupun

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -cocok membusuk + trans

4. lari gmx spasial pada c.tng keluaran langkah #3.

5. Memuat grid.cube ke dalam VMD dan dilihat sebagai isosurface.

Note bahwa sistem seperti misel akan membutuhkan gmx trjconv -pbc kelompok antara langkah 1
dan 2.

Peringatan
SDF akan dihasilkan untuk kubus yang berisi semua tempat sampah yang memiliki beberapa non-nol
hunian. Namun, persiapan -cocok membusuk + trans pilihan untuk gmx trjconv menyiratkan itu
sistem Anda akan berputar dan menerjemahkan dalam ruang (agar grup yang dipilih
tidak). Oleh karena itu nilai yang dikembalikan hanya akan berlaku untuk beberapa wilayah
di sekitar grup/koordinat pusat Anda yang memiliki tumpang tindih penuh dengan volume sistem di seluruh
seluruh sistem yang diterjemahkan/diputar selama lintasan. Terserah
pengguna untuk memastikan bahwa hal ini terjadi.

berisiko Pilihan
Untuk mengurangi jumlah ruang dan waktu yang diperlukan, Anda hanya dapat menampilkan koordinat yang
akan digunakan pada putaran pertama dan selanjutnya gmx trjconv. Namun, pastikan untuk
mengatur -menangkap opsi ke nilai yang cukup tinggi karena memori dialokasikan untuk tempat sampah kubus
berdasarkan koordinat awal dan -menangkap nilai opsi.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-[tidak]pbc (tidak)
Gunakan kondisi batas periodik untuk menghitung jarak

-[tidak]div (Iya)
Hitung dan terapkan pembagi untuk hunian bin berdasarkan atom/kubus minimal
ukuran. Tetapkan sebagai TRUE untuk visualisasi dan sebagai FALSE (-nodiv) untuk mendapatkan hitungan yang akurat
per bingkai

-ign (-1)
Jangan tampilkan jumlah kubus luar ini (nilai positif dapat mengurangi batas
bintik-bintik; -1 memastikan permukaan luar terlihat)

-tempat sampah (0.05)
Lebar tempat sampah (nm)

-menangkap (4)
Jumlah tempat sampah tambahan untuk memastikan alokasi memori yang tepat

DIKETAHUI MASALAH

· Ketika memori yang dialokasikan tidak cukup besar, kesalahan segmentasi dapat terjadi. Ini adalah
biasanya terdeteksi dan program dihentikan sebelum kesalahan saat menampilkan peringatan
pesan yang menyarankan penggunaan -menangkap (Jumlah Tempat Sampah Tambahan). Namun,
program tidak mendeteksi semua peristiwa tersebut. Jika Anda menemukan kesalahan segmentasi, jalankan
lagi dengan peningkatan -menangkap nilai.

Gunakan gmx-spatial online menggunakan layanan onworks.net