infernal - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

Infernal - analisis urutan menggunakan profil urutan RNA dan struktur sekunder
konsensus

RINGKASAN

sejajarkan
Sejajarkan urutan ke model kovarians

com.cmbuild
Bangun model kovarians dari urutan ganda RNA beranotasi secara struktural
keselarasan

kalibrasi cm
Paskan ekor eksponensial untuk model kovarians Penentuan nilai-E

konversi cm
Konversikan file model kovarians Infernal

cmemit
Contoh urutan dari model kovarians

cmfetch
Ambil model kovarians dari file

cmpress
Siapkan database model kovarians untuk cmscan

cmscan
Urutan pencarian terhadap database model kovarians

cmsearch
Cari model kovarians terhadap database urutan

cmstat
ringkasan statistik untuk file model kovarians

DESKRIPSI

Infernal adalah rangkaian dari beberapa program untuk penyelarasan dan basis data urutan RNA struktural
pencarian homologi. Ini menggunakan model probabilistik yang disebut "model kovarians" (CMs) untuk
mewakili kemungkinan homolog evolusioner dari beberapa penyelarasan (atau urutan tunggal) dari
keluarga urutan RNA struktural.

Bersama dengan database Rfam dari keluarga RNA dan CM terkait
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal dapat digunakan untuk membubuhi keterangan homolog dari struktur yang diketahui
keluarga RNA dalam genom.

Infernal terkait erat dengan rangkaian perangkat lunak HMMER untuk analisis keluarga urutan menggunakan
profil HMM (http://hmmer.org), tetapi dirancang khusus untuk urutan RNA struktural
keluarga. Selain memodelkan urutan keluarga yang dilestarikan seperti yang dilakukan HMM profil,
CM memodelkan struktur sekunder keluarga yang dilestarikan, bersarang dengan baik (non-pseudoknotted) sebagai
dengan baik. Akibatnya, metode pencarian dan penyelarasan CM relatif komputasional
mahal. Infernal menggunakan profil HMM sebagai filter dan untuk menurunkan batasan untuk membuat
Metode CM lebih praktis.

Infernal digunakan dalam tiga mode utama: untuk mencari database urutan untuk homolog baru dari suatu
Keluarga RNA (atau menganotasi homolog dalam genom); untuk mencari database CM (seperti Rfam) untuk menemukan
keluarga apa yang dikenal dengan urutan kueri; dan untuk secara otomatis membangun besar
beberapa keberpihakan (yaitu dengan jumlah urutan yang tidak terbatas secara efektif) menggunakan CM
perwakilan dari keluarga urutan.

Misalkan Anda memiliki penyelarasan beberapa urutan beranotasi secara struktural dari urutan RNA
keluarga minat, dan Anda ingin mencari database urutan untuk homolog tambahan.
Grafik com.cmbuild program membangun model kovarians dari beberapa penyelarasan dan kalibrasi cm
menentukan parameter penting untuk memperkirakan signifikansi statistik database
hits ke model dalam pencarian berikutnya.

Grafik cmsearch program mencari CM terhadap database urutan.

Misalkan Anda memiliki urutan yang ingin Anda analisis menggunakan database CM berbasis Infernal
seperti Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). Itu cmpress program memformat model kovarians
(seperti file yang akan Anda unduh dari Rfam) ke dalam database biner Infernal. NS
cmscan program mencari urutan (s) terhadap database itu.

Misalkan Anda ingin menyelaraskan banyak urutan. Anda dapat membangun sebuah kecil yang dapat dikelola
penyelarasan struktural dari serangkaian urutan yang representatif, buat CM dengan cmmembangun, dan
gunakan sejajarkan program untuk menyelaraskan sejumlah urutan ke CM itu.

Infernal juga menyertakan beberapa alat bantu untuk bekerja dengan database CM besar. cmfetch
mengambil satu atau lebih CM dari database. cmstat mencetak statistik ringkasan tentang CM
file.

Untuk kompatibilitas dengan versi Infernal sebelumnya, serta dengan HMMER, konversi cm
program mengkonversi file CM ke beberapa format lain.

Grafik cmemit program menghasilkan (mensimulasikan) urutan "homolog" dengan mengambil sampel dari CM. Dia
juga dapat menghasilkan urutan "konsensus".

Setiap program memiliki halaman manualnya sendiri.

Gunakan infernal online menggunakan layanan onworks.net