libscane - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

libscan - Pencarian diagnostik untuk keluarga protein.

RINGKASAN

libscan -mode daftar -grib boolean -henik boolean -Hmm boolean -sama boolean -pssm boolean
-tanda tangan boolean -hmm jalan string -hmextn string -hmmoutpath string -hmmouttextn string
-sampat string -sama string -jalan keluar yang sama string -samouttextn string
-pssmpath string -pssmextn string -sendawa bilangan bulat -mengirik mengapung -maksimal bilangan bulat
-jalan keluar pss string -pssmouttextn string -gbvpath string -gbvextn string
-gbvgapo mengapung -gbvgape mengapung -gbvoutpath string -gbvouttextn string
-hnfpath string -hnfextn string -hnfgapo mengapung -hnfgape mengapung -hnfoutpath string
-hnfouttextn string -jalan setapak string -siekstn string -nterm daftar -sub matriksf
-siggapo mengapung -siggape mengapung -jalur keluar sigout string -sigouttextn string -db urutan
-scopf masuk

libscan -bantu

DESKRIPSI

libscan adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Protein:3D Structure".

PILIHAN

-mode daftar
libscan berjalan dalam salah satu dari dua mode baik (i) mode pencarian basis data atau (ii) perpustakaan
Mode layar. Dalam mode pencarian basis data, libscan membaca satu atau lebih direktori masing-masing
mengandung satu jenis elemen pembeda, jenis yang diizinkan jarang
tanda tangan urutan, profil Gribskov, profil Henikoff atau model Markov tersembunyi. Di dalam
mode layar perpustakaan, libscan membaca rangkaian urutan, menyaring setiap urutan terhadap
library (direktori elemen pembeda) dan menulis file scan library (dari
keluarga dengan skor tertinggi) untuk masing-masing. Nilai default: 2

-grib boolean
Nilai default: N

-henik boolean
Nilai default: N

-Hmm boolean
Nilai default: N

-sama boolean
Nilai default: N

-pssm boolean
Nilai default: Y

-tanda tangan boolean
Nilai default: N

-hmm jalan string
Nilai bawaan: ./lib/

-hmextn string
Nilai default: .hmm

-hmmoutpath string
Nilai bawaan: ./

-hmmouttextn string
Nilai default: .hmmout

-sampat string
Nilai bawaan: ./

-sama string
Nilai default: .mod

-jalan keluar yang sama string
Nilai bawaan: ./

-samouttextn string
Nilai default: .samout

-pssmpath string
Nilai default: /data/struktur/lib/pssm/

-pssmextn string
Nilai default: .chk

-sendawa bilangan bulat
Nilai default: 1

-mengirik mengapung
Nilai default: 100

-maksimal bilangan bulat
Nilai default: 1000

-jalan keluar pss string
Nilai bawaan: ./

-pssmouttextn string
Nilai default: .pssmout

-gbvpath string
Nilai bawaan: ./

-gbvextn string
Nilai default: .grib

-gbvgapo mengapung
Nilai default: 10.0

-gbvgape mengapung
Nilai default: 0.5

-gbvoutpath string
Nilai bawaan: ./

-gbvouttextn string
Nilai default: .gribout

-hnfpath string
Nilai bawaan: ./

-hnfextn string
Nilai default: .henik

-hnfgapo mengapung
Nilai default: 10.0

-hnfgape mengapung
Nilai default: 0.5

-hnfoutpath string
Nilai bawaan: ./

-hnfouttextn string
Nilai default: .henikout

-jalan setapak string
Nilai bawaan: ./

-siekstn string
Nilai default: .sig

-nterm daftar
Nilai default: 1

-sub matriksf
Nilai default: EBLOSUM62

-siggapo mengapung
Nilai default: 10.0

-siggape mengapung
Nilai default: 0.5

-jalur keluar sigout string
Nilai bawaan: ./

-sigouttextn string
Nilai default: .sigout

-db urutan
Dalam mode pencarian basis data, libscan memindai setiap elemen pembeda terhadap suatu urutan
mengatur. Dalam mode layar perpustakaan, libscan membaca rangkaian urutan dan menyaring setiap urutan
terhadap perpustakaan (direktori elemen pembeda) Nilai default: 49142.vdhf

-scopf masuk
Dalam mode mana pun, 'file klasifikasi scop' diperlukan sebagai sumber keluarga
data klasifikasi. File klasifikasi scop berisi klasifikasi dan data lainnya
untuk domain dari database scop. File dalam format seperti embl dan dihasilkan
oleh scoparse. Informasi urutan domain dapat ditambahkan ke file dengan menggunakan scopseqs.
Nilai default: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Gunakan libscane online menggunakan layanan onworks.net