libscane - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

libscan - Pencarian diagnostik untuk keluarga protein.

RINGKASAN

libscan -mode daftar -grib boolean -henik boolean -Hmm boolean -sama boolean -pssm boolean
-tanda tangan boolean -hmm jalan tali -hmextn tali -hmmoutpath tali -hmmouttextn tali
-sampat tali -sama tali -jalan keluar yang sama tali -samouttextn tali
-pssmpath tali -pssmextn tali -sendawa bilangan bulat -mengirik mengapung -maksimal bilangan bulat
-jalan keluar pss tali -pssmouttextn tali -gbvpath tali -gbvextn tali
-gbvgapo mengapung -gbvgape mengapung -gbvoutpath tali -gbvouttextn tali
-hnfpath tali -hnfextn tali -hnfgapo mengapung -hnfgape mengapung -hnfoutpath tali
-hnfouttextn tali -jalan setapak tali -siekstn tali -nterm daftar -sub matriksf
-siggapo mengapung -siggape mengapung -jalur keluar sigout tali -sigouttextn tali -db urutan
-scopf masuk

libscan -bantu

DESKRIPSI

libscan adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Protein:3D Structure".

PILIHAN

-mode daftar
libscan berjalan dalam salah satu dari dua mode baik (i) mode pencarian basis data atau (ii) perpustakaan
Mode layar. Dalam mode pencarian basis data, libscan membaca satu atau lebih direktori masing-masing
mengandung satu jenis elemen pembeda, jenis yang diizinkan jarang
tanda tangan urutan, profil Gribskov, profil Henikoff atau model Markov tersembunyi. Di dalam
mode layar perpustakaan, libscan membaca rangkaian urutan, menyaring setiap urutan terhadap
library (direktori elemen pembeda) dan menulis file scan library (dari
keluarga dengan skor tertinggi) untuk masing-masing. Nilai default: 2

-grib boolean
Nilai default: N

-henik boolean
Nilai default: N

-Hmm boolean
Nilai default: N

-sama boolean
Nilai default: N

-pssm boolean
Nilai default: Y

-tanda tangan boolean
Nilai default: N

-hmm jalan tali
Nilai bawaan: ./lib/

-hmextn tali
Nilai default: .hmm

-hmmoutpath tali
Nilai bawaan: ./

-hmmouttextn tali
Nilai default: .hmmout

-sampat tali
Nilai bawaan: ./

-sama tali
Nilai default: .mod

-jalan keluar yang sama tali
Nilai bawaan: ./

-samouttextn tali
Nilai default: .samout

-pssmpath tali
Nilai default: /data/struktur/lib/pssm/

-pssmextn tali
Nilai default: .chk

-sendawa bilangan bulat
Nilai default: 1

-mengirik mengapung
Nilai default: 100

-maksimal bilangan bulat
Nilai default: 1000

-jalan keluar pss tali
Nilai bawaan: ./

-pssmouttextn tali
Nilai default: .pssmout

-gbvpath tali
Nilai bawaan: ./

-gbvextn tali
Nilai default: .grib

-gbvgapo mengapung
Nilai default: 10.0

-gbvgape mengapung
Nilai default: 0.5

-gbvoutpath tali
Nilai bawaan: ./

-gbvouttextn tali
Nilai default: .gribout

-hnfpath tali
Nilai bawaan: ./

-hnfextn tali
Nilai default: .henik

-hnfgapo mengapung
Nilai default: 10.0

-hnfgape mengapung
Nilai default: 0.5

-hnfoutpath tali
Nilai bawaan: ./

-hnfouttextn tali
Nilai default: .henikout

-jalan setapak tali
Nilai bawaan: ./

-siekstn tali
Nilai default: .sig

-nterm daftar
Nilai default: 1

-sub matriksf
Nilai default: EBLOSUM62

-siggapo mengapung
Nilai default: 10.0

-siggape mengapung
Nilai default: 0.5

-jalur keluar sigout tali
Nilai bawaan: ./

-sigouttextn tali
Nilai default: .sigout

-db urutan
Dalam mode pencarian basis data, libscan memindai setiap elemen pembeda terhadap suatu urutan
mengatur. Dalam mode layar perpustakaan, libscan membaca rangkaian urutan dan menyaring setiap urutan
terhadap perpustakaan (direktori elemen pembeda) Nilai default: 49142.vdhf

-scopf masuk
Dalam mode mana pun, 'file klasifikasi scop' diperlukan sebagai sumber keluarga
data klasifikasi. File klasifikasi scop berisi klasifikasi dan data lainnya
untuk domain dari database scop. File dalam format seperti embl dan dihasilkan
oleh scoparse. Informasi urutan domain dapat ditambahkan ke file dengan menggunakan scopseqs.
Nilai default: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Gunakan libscane online menggunakan layanan onworks.net