mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Pendaftaran non-linear dari serangkaian gambar 2D.

RINGKASAN

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i -o [pilihan]

DESKRIPSI

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid Program ini menjalankan registrasi non-kaku dari serangkaian
gambar yang diberikan dalam kumpulan gambar. Semua gambar didaftarkan ke satu referensi yang ditentukan pengguna
gambar.

PILIHAN

File-IO
-i --in-file=(masukan, diperlukan); rangkaian
masukan kumpulan data perfusi

-o --out-file=(keluaran, diperlukan); rangkaian
kumpulan data perfusi keluaran

--out-filebase=reg
nama file basae untuk file terdaftar, jenis file dikurangkan dari gambar
jenis file dalam kumpulan data input.

Pendaftaran
-k --lewati=0
Lewati gambar di awal seriLewati gambar di awal
seri

-O --optimizer=gsl:opt=gd,langkah=0.1
Pengoptimal digunakan untuk meminimalkan

-l --mg-level=3
level multi-resolusi level multi-resolusi

-f --transForm=spline
tipe transformasi tipe transformasi Untuk plugin yang didukung, lihat
PLUGIN:2dimage/transform

-r --ref=-1
bingkai referensi (-1 == gunakan gambar di tengah) bingkai referensi (-1 == gunakan
gambar di tengah)

Bantuan & Info
-V --verbose=peringatan
verbositas output, pesan cetak dari tingkat tertentu dan prioritas yang lebih tinggi.
Prioritas yang didukung mulai dari level terendah adalah:
Info - Pesan tingkat rendah
jejak - Jejak panggilan fungsi
gagal - Laporkan kegagalan pengujian
peringatan - Peringatan
kesalahan - Laporkan kesalahan
men-debug - Keluaran debug
pesan - Pesan biasa
fatal - Laporkan hanya kesalahan fatal

--hak cipta
cetak informasi hak cipta

-h --bantuan
cetak bantuan ini

-? --penggunaan
cetak bantuan singkat

--Versi: kapan
cetak nomor versi dan keluar

Pengolahan
--utas=-1
Jumlah maksimum utas yang digunakan untuk pemrosesan, Jumlah ini harus lebih rendah
atau sama dengan jumlah inti prosesor logis dalam mesin. (-1:
estimasi otomatis). Jumlah utas maksimum yang digunakan untuk pemrosesan, Ini
nomor harus lebih rendah atau sama dengan jumlah inti prosesor logis di
mesin. (-1: estimasi otomatis).

PLUGIN: 1 hari/splinebc

cermin Kondisi batas interpolasi spline yang mencerminkan batas

(tidak ada parameter)

ulangi Kondisi batas interpolasi spline yang mengulang nilai pada batas

(tidak ada parameter)

nol Kondisi batas interpolasi spline yang mengasumsikan nol untuk nilai di luar

(tidak ada parameter)

PLUGIN: 1d/kernel spline

bspline Pembuatan kernel B-spline, parameter yang didukung adalah:

d = 3; int di [0, 5]
Gelar spline.

omm Pembuatan kernel OMoms-spline, parameter yang didukung adalah:

d = 3; int di [3, 3]
Gelar spline.

PLUGIN: 2dgambar/biaya

lncc korelasi silang lokal yang dinormalisasi dengan dukungan masking., Parameter yang didukung
adalah:

w = 5; uint di [1, 256]
setengah lebar jendela yang digunakan untuk mengevaluasi salib lokal
korelasi.

LSD Ukuran Jarak Kuadrat Terkecil

(tidak ada parameter)

mi Informasi timbal balik berbasis parzen spline., parameter yang didukung adalah:

memotong = 0; mengapung di [0, 40]
Persentase piksel yang akan dipotong pada intensitas tinggi dan rendah untuk dihapus
outlier.

mbin = 64; uint di [1, 256]
Jumlah histogram bin yang digunakan untuk gambar bergerak.

mkernel = [bspline:d=3]; pabrik
Spline kernel untuk memindahkan gambar parzen hinstogram. Untuk plug-in yang didukung
lihat PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; uint di [1, 256]
Jumlah bin histogram yang digunakan untuk gambar referensi.

kernel = [bspline:d=0]; pabrik
Spline kernel untuk parzen hinstogram gambar referensi. Untuk plug-
in lihat PLUGIN: 1d/splinekernel

NCC korelasi silang yang dinormalisasi.

(tidak ada parameter)

ngf Fungsi ini mengevaluasi kesamaan gambar berdasarkan gradien yang dinormalisasi
bidang. Berbagai kernel evaluasi tersedia., parameter yang didukung adalah:

evaluasi = ds; dikte
subtipe plugin. Nilai yang didukung adalah:
sq - kuadrat selisih
ds - kuadrat selisih skala
dot - kernel produk skalar
menyeberang - kernel lintas produk

SSD Biaya gambar 2D: jumlah perbedaan kuadrat, parameter yang didukung adalah:

pengikisan otomatis = 0; mengapung di [0, 1000]
Gunakan masking otomatis dari gambar bergerak dengan hanya mengambil nilai intensitas
ke akun yang lebih besar dari ambang batas yang diberikan.

norma = 0; bodoh
Setel apakah metrik harus dinormalisasi dengan jumlah piksel gambar.

ssd-automask
Biaya gambar 2D: jumlah perbedaan kuadrat, dengan penyamaran otomatis berdasarkan yang diberikan
ambang batas, parameter yang didukung adalah:

mengirik = 0; dobel
Nilai intensitas ambang batas untuk gambar referensi.

mengirik = 0; dobel
Nilai intensitas ambang batas untuk gambar sumber.

PLUGIN: 2dimage/biaya penuh

gambar Fungsi biaya kesamaan gambar umum yang juga menangani multi-resolusi
pengolahan. Ukuran kesamaan yang sebenarnya diberikan es parameter tambahan.,
parameter yang didukung adalah:

biaya = ssd; pabrik
Kernel fungsi biaya. Untuk plug-in yang didukung, lihat PLUGIN:2dimage/cost

men-debug = 0; bodoh
Simpan hasil perantara untuk debugging.

ref = (masukan, string)
Gambar referensi.

src = (masukan, string)
gambar studi.

berat = 1; mengambang
bobot fungsi biaya.

gambar label
Fungsi biaya kesamaan yang memetakan label dari dua gambar dan menangani label-
melestarikan pemrosesan multi-resolusi., parameter yang didukung adalah:

men-debug = 0; int di [0, 1]
menulis jarak mengubah ke gambar 3D.

maxlabel = 256; int di [2, 32000]
jumlah maksimum label yang perlu dipertimbangkan.

ref = (masukan, string)
Gambar referensi.

src = (masukan, string)
gambar studi.

berat = 1; mengambang
bobot fungsi biaya.

gambar bertopeng
Fungsi biaya kesamaan gambar bertopeng umum yang juga menangani multi-
pemrosesan resolusi. Masker yang disediakan harus diisi dengan daerah padat di
pemrosesan multi-resolusi karena jika tidak, informasi topeng mungkin hilang
saat memperkecil gambar. Topeng referensi dan topeng yang diubah dari
gambar studi digabungkan dengan biner AND. Ukuran kesamaan yang sebenarnya diberikan
es parameter tambahan., parameter yang didukung adalah:

biaya = ssd; pabrik
Kernel fungsi biaya. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 2dimage/maskedcost

ref = (masukan, string)
Gambar referensi.

ref-topeng = (masukan, string)
Masker gambar referensi (biner).

src = (masukan, string)
gambar studi.

src-topeng = (masukan, string)
Pelajari topeng gambar (biner).

berat = 1; mengambang
bobot fungsi biaya.

PLUGIN: 2 gambar/io

bmp Dukungan input/output gambar 2D BMP

Ekstensi file yang dikenali: .BMP, .bmp

Jenis elemen yang didukung:
data biner, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

kumpulan data IO virtual ke dan dari kumpulan data internal

Ekstensi file yang dikenali: .@

dikom Gambar 2D io untuk DICOM

Ekstensi file yang dikenali: .DCM, .dcm

Jenis elemen yang didukung:
bertanda 16 bit, tidak bertanda 16 bit

exr plugin io 2dimage untuk gambar OpenEXR

Ekstensi file yang dikenali: .EXR, .exr

Jenis elemen yang didukung:
tidak ditandatangani 32 bit, titik mengambang 32 bit

jpg plugin io 2dimage untuk gambar skala abu-abu jpeg

Ekstensi file yang dikenali: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Jenis elemen yang didukung:
8 bit yang tidak ditandatangani

png plugin io 2dimage untuk gambar png

Ekstensi file yang dikenali: .PNG, .png

Jenis elemen yang didukung:
data biner, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

mentah Dukungan output gambar 2D RAW

Ekstensi file yang dikenali: .RAW, .raw

Jenis elemen yang didukung:
data biner, bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda,
ditandatangani 32 bit, 32 bit tidak ditandatangani, titik mengambang 32 bit, titik mengambang 64
sedikit

tif Dukungan input/output gambar 2D TIFF

Ekstensi file yang dikenali: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Jenis elemen yang didukung:
data biner, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit, unsigned 32 bit

pemandangan plugin io 2dimage untuk gambar vista

Ekstensi file yang dikenali: .V, .VISTA, .v, .vista

Jenis elemen yang didukung:
data biner, bertanda 8 bit, 8 bit tidak bertanda, 16 bit bertanda, 16 bit tidak bertanda,
ditandatangani 32 bit, 32 bit tidak ditandatangani, titik mengambang 32 bit, titik mengambang 64
sedikit

PLUGIN: 2dimage/biaya tertutup

lncc korelasi silang lokal yang dinormalisasi dengan dukungan masking., Parameter yang didukung
adalah:

w = 5; uint di [1, 256]
setengah lebar jendela yang digunakan untuk mengevaluasi salib lokal
korelasi.

mi Informasi timbal balik berbasis parzen spline dengan masking., parameter yang didukung adalah:

memotong = 0; mengapung di [0, 40]
Persentase piksel yang akan dipotong pada intensitas tinggi dan rendah untuk dihapus
outlier.

mbin = 64; uint di [1, 256]
Jumlah histogram bin yang digunakan untuk gambar bergerak.

mkernel = [bspline:d=3]; pabrik
Spline kernel untuk memindahkan gambar parzen hinstogram. Untuk plug-in yang didukung
lihat PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; uint di [1, 256]
Jumlah bin histogram yang digunakan untuk gambar referensi.

kernel = [bspline:d=0]; pabrik
Spline kernel untuk parzen hinstogram gambar referensi. Untuk plug-
in lihat PLUGIN: 1d/splinekernel

NCC korelasi silang yang dinormalisasi dengan dukungan masking.

(tidak ada parameter)

SSD Jumlah perbedaan kuadrat dengan masking.

(tidak ada parameter)

PLUGIN: 2dimage/transformasi

Dihilangkan Transformasi affine (enam derajat kebebasan), parameter yang didukung adalah:

batas img = cermin; pabrik
kondisi batas interpolasi citra. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrik
kernel interpolator gambar. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinekernel

kaku Transformasi kaku (yaitu rotasi dan translasi, tiga derajat
kebebasan), parameter yang didukung adalah:

batas img = cermin; pabrik
kondisi batas interpolasi citra. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrik
kernel interpolator gambar. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinekernel

pusat pembusukan = [[0,0]]; 2dfvektor
Pusat rotasi relatif, yaitu <0.5,0.5> sesuai dengan pusat
mendukung persegi panjang.

rotasi Transformasi rotasi (yaitu rotasi terhadap pusat tertentu, satu derajat
kebebasan), parameter yang didukung adalah:

batas img = cermin; pabrik
kondisi batas interpolasi citra. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrik
kernel interpolator gambar. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinekernel

pusat pembusukan = [[0,0]]; 2dfvektor
Pusat rotasi relatif, yaitu <0.5,0.5> sesuai dengan pusat
mendukung persegi panjang.

spline Transformasi bentuk bebas yang dapat dideskripsikan dengan sekumpulan koefisien B-spline
dan kernel B-spline yang mendasarinya., parameter yang didukung adalah:

anisorat = [[0,0]]; 2dfvektor
tingkat koefisien anisotropik dalam piksel, nilai nonpositif akan menjadi
ditimpa oleh nilai 'tarif'..

batas img = cermin; pabrik
kondisi batas interpolasi citra. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrik
kernel interpolator gambar. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinekernel

inti = [bspline:d=3]; pabrik
transformasi spline kernel.. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinekernel

penalti = ; pabrik
Istilah hukuman transformasi. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN:2dtransform/splinepenalti

tarif = 10; mengapung di [1, inf)
tingkat koefisien isotropik dalam piksel.

menterjemahkan Terjemahan saja (dua derajat kebebasan), parameter yang didukung adalah:

batas img = cermin; pabrik
kondisi batas interpolasi citra. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrik
kernel interpolator gambar. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinekernel

vf Plug-in ini mengimplementasikan transformasi yang mendefinisikan terjemahan untuk masing-masing
titik grid yang mendefinisikan domain transformasi., didukung
parameter adalah:

batas img = cermin; pabrik
kondisi batas interpolasi citra. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; pabrik
kernel interpolator gambar. Untuk plug-in yang didukung, lihat
PLUGIN: 1d/splinekernel

PLUGIN: 2dtransform/splinepenalti

divcurl penalti divcurl pada transformasi, parameter yang didukung adalah:

keriting = 1; mengapung di [0, inf)
bobot penalti pada curl.

div = 1; mengapung di [0, inf)
bobot penalti pada divergensi.

norma = 0; bodoh
Setel ke 1 jika penalti harus dinormalisasi sehubungan dengan gambar
ukuran.

berat = 1; mengapung di (0, inf)
berat energi penalti.

CONTOH

Daftarkan seri perfusi yang diberikan di segment.set dengan mengoptimalkan berbasis spline
transformasi dengan tingkat koefisien 16 piksel menggunakan Informasi Reksa dan menghukum
transformasi dengan menggunakan divcurl dengan bobot 2.0.

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i segment.set -o terdaftar.set
-f spline:rate=16,penalti=[divcurl:weight=2.0] gambar:biaya=mi,weight=2.0

PENULIS

Gert Wolny

HAK CIPTA

Perangkat lunak ini adalah Hak Cipta (c) 1999-2015 Leipzig, Jerman dan Madrid, Spanyol. Itu datang
dengan BENAR-BENAR TANPA JAMINAN dan Anda dapat mendistribusikannya kembali di bawah ketentuan GNU
LISENSI UMUM UMUM Versi 3 (atau lebih baru). Untuk informasi lebih lanjut, jalankan program dengan
opsi '--hak cipta'.

Gunakan mia-2dmyoset-all2one-nonrigid online menggunakan layanan onworks.net