mincstats - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

mincstats - hitung statistik sederhana di seluruh voxel dari file minc

RINGKASAN

mincstats [ ] .mnc

DESKRIPSI

Mincstat akan menghitung ukuran statistik sederhana di semua voxel dari file minc.
Perhatikan bahwa ini adalah ukuran statistik global dan bukan ukuran voxel-by-voxel (lihat
ruang kecil untuk itu). Secara default semua statistik dihitung. Jika ada statistik yang
diminta melalui opsi baris perintah, maka hanya statistik yang diminta yang dicetak.

Fitur yang sangat berguna dari program ini adalah kemampuan untuk membatasi kumpulan voxel
dimasukkan dalam perhitungan statistik, baik dengan membatasi rentang nilai yang disertakan,
atau dengan menggunakan file mask dengan rentang terbatas. Beberapa rentang untuk file input atau
file topeng dapat ditentukan. Untuk setiap rentang nilai volume yang disertakan, dan untuk setiap rentang
nilai topeng, statistik yang relevan dicetak (nilai n*m, di mana n adalah angkanya
rentang volume dan m jumlah rentang topeng). Perhitungan ini dilakukan dalam satu
melewati data, jadi menentukan beberapa rentang jauh lebih cepat daripada menjalankan
program secara berulang. Ini cukup membantu ketika menghitung banyak rata-rata regional dengan a
volume topeng VOI.

Perhatian khusus harus diberikan pada histogram dan ukuran statistik terkait. NS
rentang default histogram adalah dari nilai terkecil dalam file hingga terbesar. Di dalam
kasus yang tidak biasa, tetapi istimewa, ketika jumlah tempat histogram sama persis dengan
jumlah kemungkinan nilai dalam file (mis. 256 bin untuk data byte rentang penuh),
histogram dapat berakhir dengan beberapa fitur aneh saat menggunakan rentang histogram default. Ini
muncul dari diskritisasi data yang kemudian di-rebinned menjadi sedikit
histgram yang tidak cocok. Untuk contoh data byte, nilai yang harus digunakan adalah 256
bin dan rentang histogram yang memanjang setengah bin di bawah nilai terkecil dan setengah bin
di atas yang terbesar. Gunakan opsi -diskrit_histogram untuk menyelesaikan ini secara otomatis, atau gunakan
-integer_histogram memiliki bin dengan lebar satuan jika data input secara inheren bilangan bulat
(misalnya data label). Secara umum, seseorang harus berhati-hati tentang rebinning dari discretized
data ke histogram dengan ukuran bin yang mendekati tingkat diskritisasi.

PILIHAN

Perhatikan bahwa opsi dapat ditentukan dalam bentuk singkatan (asalkan unik) dan
dapat diberikan di mana saja di baris perintah. Urutan statistik yang dicetak
akan selalu sama terlepas dari urutan permintaannya di
command line

Umum Pilihan

-mengkritik
Timpa file yang ada.

-noclobber
Jangan menimpa file yang ada (default).

-verbose
Cetak informasi tambahan (lebih dari default).

-diam Cetak hanya nomor yang diminta

-max_buffer_size_in_kb ukuran
Tentukan ukuran maksimum buffer internal (dalam kbytes). Standarnya adalah 4MB.

Cacat nilai Pilihan

-abaikan_nan
Kecualikan nilai yang tidak valid (di luar rentang yang valid) dari perhitungan statistik. Ini adalah
default.

-termasuk_nan
Perlakukan nilai yang tidak valid sebagai nol dan sertakan dalam perhitungan statistik.

-ganti_nan nilai
Ganti nilai yang tidak valid dengan nilai yang ditentukan dan sertakan nilai baru di
perhitungan statistik.

Volume jarak Pilihan

-lantai min1,min2...
Daftar batas bawah yang dipisahkan koma untuk rentang data yang akan disertakan dalam statistik
perhitungan.

-langit-langit max1,max2...
Daftar batas atas yang dipisahkan koma untuk rentang data yang akan disertakan dalam statistik
perhitungan.

-jarak min1,max1,min2,max2...
Daftar batas bawah dan batas atas yang dipisahkan koma untuk rentang data yang akan disertakan dalam
perhitungan statistik.

-nilai bin val1,val2...
Daftar nilai integer yang dipisahkan koma untuk disertakan dalam perhitungan statistik. Sebuah rentang
dari +/- 0.5 didefinisikan di sekitar setiap nilai yang ditentukan.

-topeng nama file.mnc
Nama file yang akan digunakan untuk menutupi data yang dimasukkan dalam perhitungan statistik. Untuk
ini memiliki efek apa pun, Anda harus menentukan rentang topeng dengan salah satu dari yang berikut:
Pilihan.

-topeng_lantai min1,min2,...:
Seperti -lantai, tetapi diterapkan ke file mask.

-masker_ceil max1,max2...
Seperti -langit-langit, tetapi diterapkan ke file mask.

-mask_range min1,max1,min2,max2...
Seperti -jarak, tetapi diterapkan ke file mask.

-mask_binnilai val1,val2...
Seperti -nilai bin, tetapi diterapkan ke file mask.

Histogram Pilihan

-histogram nama file
Tentukan nama file tempat histogram ditulis. Jika beberapa rentang
atau rentang topeng ditentukan, maka semua histogram ditulis dalam file ini,
dipisahkan oleh garis kosong. Informasi yang menjelaskan setiap histogram ditulis sebelumnya
dalam baris yang dimulai dengan karakter hash (pound). File-file ini dapat dimuat
ke dalam gnuplot.

-hist_bins jumlah tempat sampah
Tentukan jumlah bin dalam histogram.

-tempat sampah jumlah tempat sampah
Sinonim untuk -hist_bins.

-hist_floor menit
Tentukan batas bawah untuk histogram.

-hist_ceil max
Tentukan batas atas untuk histogram.

-hist_range menit max
Tentukan rentang untuk histogram

-integer_histogram
Buat bin dengan lebar satuan, berpusat di sekitar nilai integer. Ini berguna untuk
data integer seperti label. Rentang histogram dibulatkan ke bilangan bulat terdekat,
kemudian min diturunkan dan max dinaikkan 0.5. Jumlah tempat sampah yang diambil
sebagai perbedaan dari dua nilai ini. Perhatikan bahwa 0.01 ditambahkan ke minimum dan
dikurangi dari maksimum sebelum pembulatan untuk memastikan bahwa a
rentang yang ditentukan dengan benar (misalnya [0.5,255.5]) dipertahankan. Jika Anda ingin memiliki
bin bilangan bulat yang lebih lebar dari satu, Anda harus menghitung rentang histogram
dan jumlah tempat sampah sendiri dan tidak menggunakan opsi ini.

-diskrit_histogram
Mencoba mencocokkan histogram dengan diskritisasi data masukan. Ini adalah
sesuai untuk data kontinu yang disimpan dalam representasi bilangan bulat dan
ketika lebar bin dekat dengan diskritisasi diinginkan. Ini mirip dengan
-integer_histogram, kecuali bahwa rentang histogram pertama kali dikonversi ke voxel
nilai yang dibulatkan dan diperpanjang setengah bin di kedua sisi. Voxel baru ini
range kemudian diubah kembali ke nilai sebenarnya. Jumlah tempat sampah diambil sebagai
perbedaan rentang nilai voxel. Perhatikan bahwa ini tidak memperhitungkan variasi
dalam penskalaan irisan ke irisan, sehingga efek histogram yang aneh masih dapat terjadi. Pilihan ini adalah
dimaksudkan untuk memberikan perilaku yang mirip dengan volume_stats.

-int_max_bins jumlah tempat sampah
Tentukan histogram terbesar yang dapat secara otomatis berukuran dengan di atas
pilihan. Batas tersebut mencegah pembuatan histogram besar secara tidak sengaja. Pilihan ini
menggantikan yang lama -max_bins pilihan di MINC 1.1.

Dasar statistika

-semua Hitung semua ukuran statistik. Ini adalah default.

tidak ada Sinonim untuk -menghitung (untuk kesamaan dengan volume_stats). Perhatikan bahwa meskipun ini adalah
diperlukan untuk volume_stats, itu tidak diperlukan di sini, karena menentukan salah satu dari ini
opsi mati secara otomatis -semua

-menghitung Hitung jumlah voxel yang berada dalam range dan mask.

-persen
Cetak persentase voxel dalam rentang dan topeng

-volume
Cetak volume voxel dalam rentang dan topeng (dalam mm-kubus).

-min Cetak nilai minimum.

-maks Cetak nilai maksimum.

-jumlah Cetak jumlah semua nilai.

-jumlah2 Cetak jumlah kuadrat dari semua nilai.

-berarti Cetak rata-rata.

-perbedaan
Cetak variansnya.

-stddev
Cetak standar deviasi.

-kecondongan
Cetak sampel skewness (momen ke-3) .

-kurtosis
Cetak sampel kurtosis (momen ke-4) .

-CoM Cetak pusat massa. Baik koordinat voxel dan koordinat dunia adalah
dicetak. Koordinat voxel dicetak dalam urutan file, sementara dunia
koordinat dicetak dalam urutan x,y,z.

-kom Sinonim untuk -CoM.

-hanya_dunia
Cetak pusat massa di koordinat dunia saja.

Histogram statistika

Perhatikan bahwa statistik histogram hanya diturunkan dari jumlah histogram dan bin
pusat, sehingga hasil seperti median tidak akan sama persis dengan nilai sebenarnya untuk
semua termasuk voxel. Misalnya, kesalahan pada median bisa sebesar setengah bin
lebar. Selanjutnya, jika rentang histogram lebih kecil dari pada voxel yang disertakan, maka
hasil hanya berlaku untuk voxel yang termasuk dalam histogram.

-hist_count
Cetak jumlah voxel dalam histogram. Ini mungkin berbeda dari jumlah
termasuk dan menutupi voxel jika rentang histogram kurang dari rentang
termasuk data.

-hist_persen
Persentase cetak voxel yang disertakan dalam histogram.

-median
Cetak median histogram.

-mayoritas
Cetak bagian tengah nampan (nilai intensitas) untuk nampan yang paling banyak dihitung.

-biModalT
Cetak ambang bi-modal yang memisahkan volume menjadi dua kelas Standarnya adalah
untuk menggunakan metode otsu (lihat opsi di bawah)

-otsu Gunakan metode yang dijelaskan dalam Otsu N, "Metode Pemilihan Ambang Batas dari Tingkat Abu-abu
Histogram", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 hingga
menghitung ambang

-anak kucing
Gunakan algoritma Kittler&Illingworth '86 untuk menghitung ambang batas bimodal.
Kittler, J. & Illingworth J., "Minimum error thresholding", Pengenalan Pola,
jilid 19, hal 41-47, 1986.

-kapur Gunakan Kapur dkk. '85 algoritma untuk menghitung ambang bimodal. Kapur,
Sahoo & Wong "Metode baru untuk ambang batas gambar tingkat abu-abu menggunakan entropi
histogram", Computer Vision, Grafik, dan Pemrosesan Gambar, vol 29, hal
273-285, 1985.

-sederhana
Gunakan algoritma mean-of-means sederhana untuk menghitung ambang bimodal Ini lebih
mahal secara komputasi daripada beberapa alternatif, dan sepertinya tidak berhasil
kerja bagus. Tapi itu tampaknya lebih kuat daripada beberapa metode lainnya.

-pctT Cetak ambang batas yang diperlukan untuk persentase kritis tertentu dari histogram.

-entropi
Cetak entropi Shannon.

H(x) = - Jumlah(P(i) * log2(P(i))

di mana P(i) adalah probabilitas bin

Umum Pilihan untuk semua perintah:

-bantu Cetak ringkasan opsi baris perintah dan keluar.

-versi
Cetak nomor versi program dan keluar.

Gunakan mincstats online menggunakan layanan onworks.net