miniasm - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

miniasm - assembler de novo untuk urutan baca yang panjang

RINGKASAN

minimalis [-b12V] [-m pertandingan min] [-i minIden] [-s rentang menit] [-c minCov] [-o menitOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgUkuran] [-f bacaFile] [-n
putaran] [-r dropRasio] [-F rasio jatuh akhir] [-p informasi keluaran] pemetaan.paf > keluaran.gfa

DESKRIPSI

Miniasm adalah assembler de novo berbasis OLC yang sangat cepat untuk pembacaan panjang yang bising. Dibutuhkan semua-vs-
semua membaca pemetaan diri dalam format PAF sebagai input dan output grafik perakitan di GFA
format. Berbeda dengan assembler mainstream, miniasme tidak memiliki langkah konsensus. Dia
hanya menggabungkan potongan-potongan urutan baca untuk menghasilkan urutan unitig akhir. Dengan demikian
tingkat kesalahan per basis mirip dengan pembacaan input mentah.

PILIHAN

Pemilihan pendahuluan Pilihan
-m INT Jatuhkan pemetaan yang memiliki kurang dari INT basa yang cocok (col10 dalam PAF) [100]. Ini
opsi memiliki peran yang sama dengan -L dari minimap.

-s INT Jatuhkan pemetaan lebih pendek dari INT-bp [1000]. Opsi ini juga memengaruhi yang kedua
putaran penyaringan baca dan panjang tumpang tindih minimal.

-i FLOAT Selama pemfilteran baca, abaikan pemetaan dengan col10/col11 di bawah FLOAT [0.05].
Pemetaan yang diabaikan masih digunakan untuk tumpang tindih baca.

-c INT Cakupan minimal oleh bacaan lain [3]. Di putaran pertama penyaringan, miniasm
menemukan daerah terpanjang yang dicakup oleh INT atau lebih banyak bacaan. Di babak kedua, itu
selain itu, setiap pangkalan yang tersisa harus ditutupi oleh INT dasar setidaknya
rentang menit/2 dari akhir bacaan lainnya.

Tumpang tindih Pilihan
-o INT Panjang tumpang tindih minimal [sama dengan rentang menit]

-h INT Panjang overhang maksimum [1000]. Overhang adalah wilayah yang belum dipetakan yang seharusnya
dipetakan diberikan tumpang tindih yang benar atau penahanan yang benar. Jika overhang terlalu panjang,
pemetaan dianggap kecocokan internal dan akan diabaikan.

-I FLOAT Rasio minimal panjang pemetaan untuk pemetaan + panjang overhang untuk pemetaan
dianggap sebagai penahanan atau tumpang tindih [0.8]. Opsi ini memiliki peran yang mirip dengan
-h, kecuali bahwa ia mengontrol rasio, bukan panjangnya.

Grafik tata ruang Pilihan
-g INT Perbedaan gap maksimal antara dua pembacaan dalam pemetaan [1000]. Parameter ini adalah
hanya digunakan untuk reduksi transitif.

-d INT Jarak probing maksimal untuk bubble popping [50000]. Gelembung lebih panjang dari INT
tidak akan meletus.

-e INT Satuan dianggap kecil jika terdiri dari kurang dari INT membaca [4].
Miniasme mungkin mencoba menghilangkan unit-unit kecil pada berbagai langkah.

-f FILE Baca file urutan dalam format FASTA atau FASTQ untuk menghasilkan urutan unitig
[batal]. Jika opsi ini tidak ada, miniasm menghasilkan output GFA tanpa
urutan

-r FLOAT1,[FLOAT2]
Rasio jatuh tumpang tindih maks dan min [0.7,0.5]. Biarkan tumpang tindih (v->w) menjadi tumpang tindih
panjang edge v->w dan maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} menjadi panjang terbesar
tumpang tindih. Miniasme turun overlap v->w jika overlap(v->w)/maxovlp(v) di bawah a
ambang batas dikendalikan oleh opsi ini. Minias berlaku putaran putaran pendek
penghapusan tumpang tindih dengan ambang batas yang meningkat antara terapung1 dan terapung2.

-n INT Putaran penghilangan overlap pendek [3].

-F FLOAT Ambang batas rasio penurunan yang tumpang tindih setelah penghapusan unitig singkat [0.8]

bermacam-macam Pilihan
-b Tunjukkan bahwa dalam input, pemetaan yang sama kemungkinan akan diberikan dua kali

-1 Lewati putaran pertama pemilihan baca pra-perakitan

-2 Lewati putaran kedua pemilihan baca pra-perakitan

-p STR Informasi dan format keluaran [ug]. Mungkin STR nilai termasuk - tempat tidur: Pos-
daerah baca yang difilter dalam format BED; paf: pemetaan antara pasca-filter
membaca; sg: membaca grafik tumpang tindih dalam format GFA; ug: graf unitig dalam GFA
Format.

-V Cetak nomor versi ke stdout

INPUT FORMAT

Miniasm membaca posisi pemetaan dalam Pairwise mApping Format (PAF), yang merupakan TAB-
format teks dibatasi dengan setiap baris terdiri dari setidaknya 12 bidang seperti yang dijelaskan dalam
tabel berikut:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Kol │ Tipe │ Deskripsi Produk │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
1 string Nama urutan kueri
2 int Panjang urutan kueri
3 int Koordinat awal kueri (berbasis 0)
4 int Koordinat akhir kueri (berbasis 0)
5 char `+' jika query dan target pada untai yang sama; `-' jika berlawanan
6 string Nama urutan target
7 int Target panjang urutan
8 int Koordinat awal target pada untai asli
9 int Koordinat ujung target pada untai asli
10 int Jumlah basis yang cocok dalam pemetaan
11 int Basis bilangan, termasuk celah, dalam pemetaan
12 int Kualitas pemetaan (0-255 dengan 255 untuk hilang)
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Silakan lihat peta kecil(1) untuk deskripsi rinci dari setiap bidang.

KELUARAN FORMAT

Miniasm menampilkan perakitan dalam format Graphical Fragment Assembly (GFA). Ini adalah sebuah
format garis berbasis TAB-delimited, dengan huruf depan menunjukkan jenis garis.
Tabel berikut memberikan jenis garis yang digunakan oleh miniasm:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
│baris │ Pesan │ Tetap bidang │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
H Tajuk T/A
│ S Segmen segName segSeq
L Tumpang tindih segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR
a Jalur emas utgName utgStart readName:start-end readOri length
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘

Gunakan miniasm online menggunakan layanan onworks.net